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Description
En recherche appliquée
En recherche fondamentale
Application de la transgénèse végétale
Principes de la transgénèse végétale
la transgénèse végétale
Biotechnologie
La biotechnologie végétale est un domaine précis dans lequel des techniques scientifiques servent à mettre au point de nouvelles variétés de plante.
La biotechnologie recouvre l'emploi de l'ADN recombinant, la fusion cellulaire et les nouveaux procédés biotechnologiques.
Ensemble de techniques biologiques, provenant de la recherche fondamentale, qui sont appliquées à la recherche et au développement de produits.
la transgénèse végétale 1
Objectifs de la biotechnologie végétale
La plupart des expériences de transgénèse végétale nécessite la culture in vitro
- Utilisations variables: bio production, multiplication
cellules, tissus, organes, plantes
* Produire de la biomasse
-introduire un nouveau caractère -supprimer un caractère préexistant
* Modifier le génotype d’une plante
la transgénèse végétale 2
La culture in vitro
Cette totipotentialité cellulaire s'accompagne d'une possibilité de multiplication indéfinie que l'on peut observer dans les zones de croissance de la plante : les méristèmes, cellules restant dans un état de dédifférenciation permanent.
Totipotence: aptitude de la cellule végétale à exprimer la totalité des potentialités du génome pour donner un organisme entier
Scleiden et Schwann: La théorie cellulaire: une cellule végétale différenciée peut devenir totipotente
Henri Duhamel du Monceau, des bourgeons apparaissent entre le bois et le cortex quand on enlève l’écorce
dédifférenciation de la cellule végétale différenciée
la transgénèse végétale 3
La culture in vitro : les explants
- une embryogenèse somatique
- une organogenèse
Enchaînement de mitoses donne - une callogenèse
- de tout type de tissus sans cellule méristématiques ( dédifférenciation-redifférenciation)
- d’explant avec cellule méristématique (non différenciée, juvénile)
Mise au point de la culture in vitro à partir :
la transgénèse végétale 4
(photosensible)
AIA
Le transport de l'auxine s'effectue de façon polarisée, de l'apex vers la base dans la tige.
La synthèse de l'auxine s'effectue dans les apex des tiges, dans les méristèmes et dans les jeunes feuilles des bourgeons terminaux.
Stimulation de l'élongation cellulaire, la division cellulaire et de l’organogenèse (rhyzogenèse).
tryptophane
dérivent d’un acide aminé: le tryptophane, exp: l’acide indole acétique
Les AUXINES
La culture in vitro : les régulateurs de croissance
la transgénèse végétale 5
Synthèse dans les racines puis migrent dans la plante via la sève brute
Stimule la division cellulaire (nom en relation avec cytokinèse ) et l’organogenèse (caulogenèse: bourgeon)
Dérivent d’une base de l’ADN: l’adénosine
LES CYTOKININES
la transgénèse végétale 6
Formation de cals
Auxines = Cytokinines
Cellules végétales + auxines + cytokinines
En concentrations égales->division de cellules indifférenciées, callogenèse
Rôle des auxines et des cytokinines dans la callogenèse
la transgénèse végétale 7
Auxines majoritaires
Auxine Æ formation de racines
Cytokinines majoritaires
Cytokinines Æ bourgeons
Le rapport auxines / cytokinines détermine le devenir des tissus en culture
Rôle des auxines et des cytokinines dans l’organogenèse
la transgénèse végétale 8
La transgénèse végétale
Viticulture, sylviculture Æ problèmes
La galle du collet (crown gall ou « cancer des plantes » )
Certaines bactéries infectent les cellules végétales et provoquent des tumeurs ou proliférations cellulaires chez les plantes infectées
la transgénèse végétale 9
Réponse trouvée par l’utilisation de la technique de culture in vitro
Comment la bactérie entraîne une multiplication incontrôlée des cellules végétales ?
Smith et Townsend montrent en 1907 que le crown-gall est causé par une bactérie Agrobacterium tumefaciens
la transgénèse végétale 10
Propriétés des cellules de la tumeurs
Prélèvement de cellules de la tumeurs et mise en culture in vitro en absence d’auxines et de cytokinines
Productions de cals
Braun montre en 1943 que les cellules de la tumeur peuvent se multiplier indéfiniment en absence de bactéries et en absence de substances de croissance (auxines, cytokinines ).
la transgénèse végétale 11
la transgénèse végétale 12
2) Croissance indépendante d’ajout d’hormones
Organisation du plasmide Ti (Tumor inducing)
Bordures, séquences consensus
A. Tumefaciens -> plasmide Ti
ADN circulaire extrachromosomique, autonomie de réplication, plusieurs exemplaires/Cel
Les agrobactéries hébergent de très grands plasmides nécessaires à la formation des tumeurs
la transgénèse végétale 13
Gènes de synthèse d’auxines et de cytokinines
-ADN-T contient des gènes qui permettent - de produire des auxines et des cytokinines d’où une augmentation anormale des quantités d’hormones - la synthèse et la sécrétion d’opines
- 1 ou 2 ADN-T (ADN Transféré)
Les plasmides Ti
la transgénèse végétale 14
Plasmide Ti à octopine
Les gènes nécessaires au transfert du T-DNA sont portés par la zone vir (virulence) des plasmides Ti
la transgénèse végétale 15
Il y aurait 195 ORF: - 20 gènes impliqués dans la conjugaison - 3 gènes de réplication - 7 gènes de modification du plasmide - 22 gènes de pathogenèse - 38 gènes assurant le transfert de l’ADN-T - 24 gènes impliqués dans le métabolisme des opines - 12 gènes assurant des fonctions diverses telles que le transport de ribose, le chimiotactisme… - 84 séquences non répertoriées
- réplication du plasmide (région ori) - de transfert conjugatif (région tar)
Gènes impliqués dans les fonctions de :
Dans le plasmide Ti, en dehors de la région de transfert et de la région vir
la transgénèse végétale 16
Les inducteurs des gènes de virulence
Induction par pH extracellulaire très bas (5 - 5,5) Æ inhibition de la croissance bactérienne donc favorise le transfert de l’ADN-T
Egalement induction par monosaccharides (arabinose, fucose, xyloseÆ constituants de la paroi …)
La transcription des gènes vir est induite par des composés phénoliques émis par les cellules blessées ex: acétosyringone
la transgénèse végétale 17
Induction des gènes vir
Fixation à la cellule végétale, récepteurs spécifiques à identifier Synthèse de filaments de cellulose
Chimiotactisme, déplacement de la bactérie via son flagelle
composés phénoliques, monosaccharides
Blessure
Reconnaissance cellules végétales - bactéries
la transgénèse végétale 18
autophosphorylation
Modèle d’activation des gènes de virulence
Souche hypervirulente = forte quantité de virG (quand croissance libre, peu de virG)
VirG, faible expression constitutive, interagit avec boites vir dans région promotrice des opérons (12pb conservées), autorégulation de virG
chvE nécessaire dans l’induction par les sucres monosaccharides
virA faible expression constitutive, chimiorécepteur membranaire et kinase
la transgénèse végétale 19
la transgénèse végétale 20
Vir D2
Vir D2
coupures
VIR D2
Vir D2
Vir D2
Vir D2
VIR D2
Vir D2
Ici coupure simple brin d’où intermédiaire ADN-T simple brin, on peut avoir des coupures double brin et un intermédiaire ADN-T double brin, dépend des souches
Modèle de synthèse de l’ADN-T
VirD2 et VirE2 contiennent un signal de localisation nucléaire (NLS)
cytosol
Cellule végétale
Membrane cellulaire
Agrobactérie
Modèle de synthèse de l’ADN-T
Transfert dans le cytoplasme de la cellule, apparenté à une conjugaison de type bactérien
la transgénèse végétale 21
= délétion de l’ADN génomique
Utilise la machinerie cellulaire
Recombinaison non homologue !
3’
3’
Modèle d’intégration de l’ADN-T dans l’ADN végétal
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Des gènes du plasmide Ti de l’agrobactérie possèdent les éléments de régulation de la transcription par Pol II
Possibilité d’avoir plusieurs copies, nature des tissus, de la souche
Intégration aléatoire dans le génome, plutôt régions transcrites
la transgénèse végétale 23
la transgénèse végétale 24
ADN-T
BG
pNos
R gène de sélection
Structure d’un transgène
R
Système de transformation binaire
p35S
gène à exprimer
BD
La transformation génétique comme outil de biotechnologie
la transgénèse végétale 25
CYTOKININES>>AUXINES
Bourgeon
AUXINES = CYTOKININES
Agent de sélection Antibiotique kanamycine
Cal
BG BD
Racine
AUXINES>>CYTOKININES
Les étapes de la transformation génétique du tabac
la transgénèse végétale 26
Intégration aléatoire dans le génome
Transmission de l’ADN-T à la génération d’après
Cellules Disques foliaires
n o i t a m r fo s n tra
ou OGM ou PGM
Les étapes de la transformation génétique du tabac
la transgénèse végétale 27
Applications de la transgénèse végétale
-par complémentation ou par modification de leur expression (surexpression ou sous-expression (RNAi prochain cours) ) -Par étude de mutants ‘perte de fonction’, production de mutants d’insertion
3) Recherche de la fonction des gènes
2) Etude de l’adressage des protéines
1) Etude des promoteurs
Applications fondamentales
la transgénèse végétale 28
BLANC
BLEU
Le gène marqueur de la B-glucuronidase de E.coli (GUS)
1) Étude de l’activité d’un promoteur
la transgénèse végétale 29
Promoteur nervure spécifique
STOP
Promoteur méristème spécifique
ATG
5’ UTR Séq codante GUS UTR 3’
Promoteur actif lors de la division cellulaire
- Observations
Promoteur à étudier
1) Étude de l’activité d’un promoteur - Détails de la construction
la transgénèse végétale 30
Promoteur à étudier
- Détails de la construction
la transgénèse végétale 31
STOP
Promoteur racine spécifique
Fluorophore
Émission
PROTEINE GFP
Absorbtion
ATG
5’ UTR Séq codante GFP UTR 3’
Absorbtion à 395 nm
Marquage des noyaux avec une fusion NLS-GFP dans une plante transgénique
Émission à 508 nm
GFP; Green fluorescent protein (Aequora victoria), protéine avec chromophore
2) Etude de l’adressage des protéines
la transgénèse végétale 32
3) Production de banques de mutants d’Arabidopsis thaliana par insertions d’ADN de Transfert
la transgénèse végétale 33
(0,1 à 3%)
En général, obtention de mutants dits perte de fonction, mutation récessive
Plusieurs dizaines de milliers de transformants indépendants, donc d’insertions situées à différents emplacements dans le génome
3) Production de banque de mutants d’insertion d’ADN de transfert
la transgénèse végétale 34
la transgénèse végétale 35
BG
T-DNA
Gène X
BD
Gene X
transgénèse, insertion au hasard du T-DNA
BD
Localisation du T-DNA dans le gène X grâce à la connaissance de la séquence complète du génome
Gène X
AATCGTAGTACTAGAT CTGCAGACTTGAGTACAAGGGTGATGATGCGGACATTCTATCTGCTTA……...
Séquençage de la région flanquant une des bordures du T-DNA
Gene X
Exemple d’une insertion dans un gène
Production de banque de mutants par insertion d’ADN de transfert
la transgénèse végétale 36
LB: Left Border
FST : Flanking Sequence Tags
ADN génomique
Séquençage des régions flanquantes de l’ADN de transfert
la transgénèse végétale 37
acaaatttct ttattattaa ttgattaaaa aatagttaat ctttaaaatt aattaagaaa ttcctccctc atacagatta aatcggacgg AGGAGCTCGT AAGTAGCCAT tccgaatttt tttttgtttt TCTCGTAGAG AAGCTTACCG CGTGGTAAGA ACCAAATCTG ttcttctatt tgattcatag ggttcagcag tgtgcttacc GTGATGATGC ATATGACTAG aggcagatca tttcagGTCA GATTCAGCAA CTTCAAGGAT CTGAGTGACT TCGGAGATGA ACATCTATGC CCTGATGATA atcacaacct GAAGACACTT ATAGATGATA CAACCAAAGC tacgaaatct gctatgggtc TGAAGACTCG GGAGAATGCA CGTCATTAGT tgtatttctt cggaaaagtt agagaagaaa ttagtgcatc aaagggattt gcaaccaaag gacttcgata ttgcaggtga
acagaggatg atctttttta ttctaaacca actactcggt gttaggaccg ataaaaataa caaattatta cagagagcga tttagtgaaa TGGTCACTAT CAGCGAGGTC ctgaatttca gaacagTCCA AAAACAACAA GAGAATCTGT TTGGTCATAA ATTGGGTTAT catatatata ttagaatttg ctattttagg tccggaaatt GGACATTCTA TAGTGCAGGT aaaaagagct ACCAATCACG ATCATGGCCA CATTCAACCC ATATCGACCT TTTGGAAGCA AACAGCATTA GCAGTGATAC atatcgcttc CGAGCTCCAC TTCCATCATT AGCAGAGCAA gaatcaacat tgctttcagG ATCAAGATAC CAGTGGAACT TGGATCATTC agaatgtgtg tgaagttata aatgcagaaa gttttgtggt tacatgagac ttgcatttgc caaaatctca tatgtctata
atattcaatc attgttaaat tcataagtaa ttactacatg gtaaaaccat aaggaataaa gatataccaa gagagatcga ATGGAGGATC CTCCGTAACA AACATCTGTA tttgcaagta GTCAAAGTAC AGGGAATCGA TGAGGTCAAG AAGGGTTTTG CCACGAGTTC tatatatata agttatgcaa cttagcttac ttacagAGGA TCTGCTTATG TCTGTGgtga tgtgtctact TCAACGAAAT GCAGTTTAAT TCTCCTTGAG GCAACAGCAA TGTGATTGAA CAGTGATCAC TGAAACTGGA tatatctcac TGATAGTGTT GAACATTATT AGAAAAGgtt ttcatcaaaa TGATAAGTTC CTCCATCCAC ATCTCAAGAA TTGTTGGTTA tttttttttg ttttattagt atcatatata gtagtttata ccaaatatga aaggaaatga aacaatacat gaaaaacggg
cacggttcac tggtttaaat aaaataatat aaatttcata accaattaaa ttgtcttatt accagagaaa cggcgaagct AAGTTGGGTT AAATCGAAGG GCTACGATCC atcgatttag BG AAATCGAGAG CAGAGCAGGA GACCAGTGGG GTGTTCCTCG CACTACGACC tatgtggata attagaaact tctcaccaat CATATGTCAT CAATAGATCC gtctttctcc gatttgatgt TCAGGATCTT GAAAACTCTA TATGATTTTG GTTCCTTACT GAAAATTTTG CGGCCCAAAA TCAATGgtaa acgctgaatt GGTAGTTCAG GAGCCTTTGC taacactctc agatttagtc GCAGAAAAGC CAACACGGTG CATGATCATT Agaggtcaaa tttttttttc atgtaaagaa tgaattggaa taaataaagt gtaaagggtg aaaggtgtta cttcaactgt tgggaatgga
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T-DNA
localisation de l’insertion dans le génome
FST
gène X
Recherche d’homologie entre la séquence flanquant la bordure du T-DNA (FST) et le génome d’Arabidopsis
la transgénèse végétale 38
Salk_074723
BG
T-DNA BD
AT1G01010
Dr. Jonas Salk, developer of the polio vaccine, established the Salk Institute for Biological Studies more than 40 years ago.
AT1G01010
Recherche dans le gène At1g01010
Indentification d’un mutant d’insertion dans un gène d’intérêt
la transgénèse végétale 39
>SALK_074723.37.35.x ATATATATGAATAGAAGAAAACCTGATGTTCTGGTAAGAGGTCGTAGTGGAACTCGTGGATAAC CCAATCAGATTTGGTTTTGTCAGGGTATCTTCCATCGAGGAACACCAAAACCCTTTTATGACCA ATCTTACCACGAAAGCCCTCACTACAAAATCCCCACTGGTCCTTGACCTCAACAGATTCTCCGG TAAGCT
HITS At1g01010[Seq] [Transcriptome] [RiceGE] [GO] [NCBI] [NCBI Map] [TAIR] [MIPS] [MPSS] [AMPDB] [KEGG] TYPE Gene TITL no apical meristem (NAM) family protein similar to NAC domain protein NAM GB: AAD17313 GI:4325282 from [Arabidopsis thaliana]; go_function: transcription factor activity [goid 0003700]; go_process: development [goid 0007275] LOCN Intron COOR W/3760-3913,3996-4276,4486-4605,4706-5095,5174-5326,5439-5630
CLON SALK_074723.37.35.x[seq] [About & Citation] [analysis] [Order from ABRC] [Order from NASC] TYPE SALK T-DNA CHRO chr1 EVAL 1e-41 COOR C/4101-4298
la transgénèse végétale 40
The Arabidopsis Information Resource (TAIR)
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1081 1141 1201 1261 1321 1381 1441 1501 1561 1621 1681 1741 1801 1861 1921 1981 2041 2101 2161 2221 2281 2341
tgattcatag ggttcagcag tgtgcttacc GTGATGATGC ATATGACTAG aggcagatca tttcagGTCA GATTCAGCAA CTTCAAGGAT CTGAGTGACT TCGGAGATGA ACATCTATGC CCTGATGATA atcacaacct GAAGACACTT ATAGATGATA CAACCAAAGC tacgaaatct gctatgggtc TGAAGACTCG GGAGAATGCA CGTCATTAGT
cacggttcac tggtttaaat aaaataatat aaatttcata accaattaaa ttgtcttatt accagagaaa cggcgaagct AAGTTGGGTT AAATCGAAGG GCTACGATCC atcgatttag AAATCGAGAG CAGAGCAGGA GACCAGTGGG GTGTTCCTCG CACTACGACC tatgtggata
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autofécondation
Homozygotes
Hétérozygotes
Hétérozygotes Homozygotes
Sauvage
T3
Sauvage
T2
autofécondation
Réception de graines de T3 Æ Sélection des Homozygotes par PCR
Hétérozygote (0,1 à 3%)
Sauvage
T1 SELECTION
autofécondation
Fleurs de T0 infectées par l’agrobactérie
la transgénèse végétale 44
Exemple de mutant perte de fonction ici affecté dans la croissance
la transgénèse végétale 45
Le code génétique est universel, pas de barrière d’espèces
Introduction de caractéristiques nouvelles et production de molécules d’intérêt
Santé-pharmacie
Environnement
Industries
Agroalimentaire
Agriculture
Nombreux domaines d’application
la transgénèse végétale 46
Moins d’insecticides chimiques, maïs, tomate, pomme de terre, coton, laitue, peuplier,
-protoxine clivée dans l’intestin de l’insecte par protéase + pH alcalin -Toxine active qui se fixe à des sites de l’intestin -ulcération, perte d’appétit -Rupture des cellules, mort des larves
Par endotoxine (insecticide naturel) de Bacillus thuriengensis (Bt) contre larve de lépidoptère (Pyrale)
Résistance à la pyrale
Résistance aux herbicides, aux insectes et contre certains virus et bactéries
Agriculture
la transgénèse végétale 47
Riz doré (golden rice) carence en vitamine A (antioxydant), 400 millions de personnes (cécités, sensibilité accrue aux infections) Introduction de 4 gènes Æ synthèse de B-carotène (précurseur de la Vit A)
Introduction de caractères pour obtenir des avantages nutritionnels, gustatifs
Agroalimentaire
Résistance aux stress (chaleur, froid, sécheresse et salinité)
Agriculture
la transgénèse végétale 48
Tolérance aux herbicides (Afrique du Sud, Argentine, Canada, Etats-Unis d'Amérique, Union européenne (pour la transformation seulement)
Tolérance aux herbicides (Canada, Etats-Unis d'Amérique, Australie)
Soja
Colza
Pomme de Terre Résistance aux insectes / tolérance aux herbicides (Canada, Etats-Unis)
Courge Résistance aux virus Etats-Unis d'Amérique
Chicorée Tolérance aux herbicides Union européenne
Résistance aux insectes, Tolérance aux herbicides (Afrique du Sud, Argentine, Canada, Etats-Unis d'Amérique, Union européenne, Argentine, Canada, EtatsUnis d'Amérique, Union européenne)
Maïs
Culture Caractéristique Territoires/pays où elle est homologuée
Quels aliments transgéniques trouve-t-on sur le marché international ?
la transgénèse végétale 49
la transgénèse végétale 49 bis
Coton génétiquement modifiées pour obtenir des vêtements en fibres naturelles moins froissables ou des cotons colorés qui éviteront l'utilisation de teintures nécessitant de nombreux contrôles et des systèmes d'épuration des eaux usées des teintureries lourds et coûteux à mettre en place.
Industrie papetière, papier à partir de cellulose du bois, Présence de lignine, imperméable et inextensible Æ très coûteux à éliminer et source de pollution (utilisation de chlore et consomme une très grande quantité d'eau) Diminution du taux de lignine par transgénèse
Industries
la transgénèse végétale 50
Actuellement les huiles représentent seulement 43 % de la masse des graines de colza. Des recherches sont menées pour accroître ce rendement. Le gène qui code l'enzyme intervenant dans la dernière synthèse de l'huile a été isolé. Des copies supplémentaires de ce gène ont été introduites dans du colza. Certaines graines ont ainsi produit une quantité d'huile correspondant à plus de 75 % de leur masse.
De nouvelles variétés de colza ont été obtenues par transgénèse pour diminuer la viscosité et augmenter l'indice d'octane du diester.
Huile de Colza
Biocarburants
Industries
la transgénèse végétale 51
Plantes non porteuses des agents pathogènes couramment associés aux infections humaines (virus, bactéries)
Ces modifications possibles chez les plantes, difficiles voir impossible chez les bactéries ou levures
Les protéines humaines subissent des modifications post traductionnelles (glycosylation, carboxylation, lipidation) nécessaire à leur activité biologique
Machinerie cellulaire complexe et sophistiquée
Plante alternative intéressante comparée aux microorganismes ou aux cellules des mammifères
Avantage des cellules végétales
Production de vaccins, d’anticorps, de protéines (hémoglobine…)
Santé-pharmacie
la transgénèse végétale 52
Biomasse la moins onéreuse à produire à ce jour par unité de volume
Leur production à grande échelle ou en conditions contrôlées fait partie du patrimoine culturel de toutes les nations
Les plantes peuvent être propagées à l’infini
-Si protéine recombinante administrée par voie orale, consommation directe de la plante possible
- Facilite l’extraction et la purification
- Stockage stable des protéines recombinées dans des endroits stratégiques de la plante (tubercule, feuilles, graines, fruits…)
Leur contenu cellulaire, hormis la protéine recombinante, connu de l’homme par son utilisation dans l’alimentation, en cosmétique et en pharmacie.
Avantage des cellules végétales
la transgénèse végétale 53
Lactoferrine Humaine: protéine multifonctionnelle du lait à activités antibactérienne, anti-fongique et anti-virale. (attente d’autorisation de mise sur le marché)
Hémoglobine humaine produite à partir de tabac transgénique l'hémoglobine (des biologistes français ont déposé une demande de brevet)
Molécules plasmatiques, albumine humaine (HSA) Remplacement d'éléments sanguins (sang "artificiel"), coût de production 5 fois moins élevé que si albumine purifiée à partir du plasma, pas de contaminations
Exemples de molécules obtenues
Santé-pharmacie
la transgénèse végétale 54
Rage: glycoprotéine du virus produit par la tomate
Choléra, production de la sous unité de la toxine dans la pomme de terre
- Vaccins dit « comestibles »
Production de vaccins
Hirudine, puissant inhibiteur de la thrombine utilisée comme anticoagulant, source naturelle la sangsue, production dans graines de colza transgénique,
Collagène, phase de développement, soigner l'arthrose et aider à la réparation des tissus en cas de chirurgie ou traumatismes
Exemples de molécules obtenues
Santé-pharmacie
la transgénèse végétale 55
Une autre solution ? Æ la production chez les plantes
Il faut aussi des œufs exempts de virus
pour fabriquer 1,2 milliard de doses, il est nécessaire de disposer de... 4 milliards d’oeufs embryonnés et d’au moins six mois au minimum.
Vaccin basé sur l’inoculation du virus de la grippe humaine dans des œufs fertilisés ou embryonnés, puis purification du virus et inactivation
La prochaine pandémie (épidémie planétaire) pourrait être d’origine aviaire (si virus de la grippe aviaire H5N1 muté très contagieux pour l’homme)
Production de vaccins
Exemples de molécules obtenues
Santé-pharmacie
la transgénèse végétale 56
Expression transitoire pour production à grande échelle en utilisant des agrobactéries infiltrées dans les feuilles de tabac
Production de ("VLP") Virus-Like Particle dans des plants de tabac pour faire un vaccin contre le virus H5N1
la transgénèse végétale 57
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