PRACTICA1-COURSERA

Share Embed Donate


Short Description

Bioinformatica...

Description

������������� ������� �

��� �

�AB 1� � ��������� �CB�

�S������� ������: ��� ������� T�� N������� C����� ��� B������������ I���������� (NCBI) ���������� �� ��� US N������� L������ �� M������� ��� N������� I��������� �� H����� �� ��� �� ��� ������� ���� ��������� ��������� ��� ������������ ��� ���������� ����. T��� ��������� ������ �������� �������� �� ��������� ������� �� ��������� ���������� �� ������������ ������ �� �������, �������, ���  ����������� ����������� ���� ��� ����� ��� ������ �� ����. E����� �������, ���� ������� �� ������, ��� ��������, ���������, ��� ���������������� ������ ����� ��������, ���� ���� ������� ��� ������ ��� �� ������ �� ���� �� ������� ��� ���. B�� ��� ���� �� ���� �) ���� ������ ������� ���  ������� ��� , ��� �) ���� ������ ������� ��  ��  �� ��� �������� ��� �� ����� ���������. T��� �� ���� ���� ����� ��� �� ����� �� ���� ��� ��. N��� ���� G����� ��� ����� ������ ������� ��������� �� ��� ����� ��������������� ��������, ����� �� ��� �� ������ �� ���� ��� ��������� ��� ����������� ���� �� ������ �� NCBI. T�� ������� ������ ��� ��������� ���� �� NCBI �� ������ ������. ������. B�� �����, ����� ����� � � ��������  NCBI�� ������� ��� ��������� ��� ���������, ����� ��������� �������� ������. 1. O��� ���� W�� ������� ��� �� �� NCBI�� ��������: ���.����.���.���.��� ���.����.���.���.���.. T��� ����  �������� ����� �� ��� �� NCBI ��������� ��� ���������. I��� ����� ��������� ���� ���� �� ��� � ������ ���� �� ��� ����� �� NCBI. I� ��� ����� A���� ��� �CB�  ��� ���� �� ����� �� � ���� ����������� ���� �� ����� ���������. Y�� ��� ���� ����� ��� ��� ���� ��� ���� ��������  (����://���.����.���.���.���/�����/NBK21101/ ����://���.����.���.���.���/�����/NBK21101/)) ��� ���� �����������.

������ 1. T�� NCBI ��������.

1 C�������� � 2016 �� D.S. G������ ��� N.J. P������

������������� ������� �

��� �

2.  N�� ����� ���� �� ��� ������ ���� ��������� (���� ��������� (���� ����� �� ������) ������) ������ � ������ A�� D��������  ���� ��� ���������� ��� �� ��� ��� �� ��� NCBI ����� ����, �� �������� �S������ �� ��� ����� �����. F����, ���� ���� ��� ���������� �� ��������� ������� ������� ������� ���� ������. Y�� ���� ������ ����� �� ���������� ���� ��� ���������� ���������� �� P��M�� �� ���������� ���������, �������� ���������, ������� ��������� ���������, ��� ���������� ������� ���������. L���� ��� ���� ������� ���� ��� �� �� �������� ������ �� ��� ����. I� ��� "S����� ������ ���������" ���, ���� �� ��������. T�� ������ �� � ������� ���� �� ��� ������ �� ���� �� ���� �������. A ������ �� �������� ����� �������� �� ���� � ��� ���� �������. W� ���� ���������.

������ 2. T�� ������ ���� ��������� ������ ��������� ������ ���� ���� �������� ���� �� � ������ ����.

3. U������ ���� ��������� ����� ���������, ��� ���� ������ � ������ �� DNA �� � ������� (��  ������� ��������) �� ��������. F�� ���� ��� ������ �� ����� � ���� ���� ����������� ���� ����������� ��������, ��������, � ����� ��������� ����� ���� �� ���� ��� ����� ��� �� ��� ����� ����� �� �� ��� � ������������� ����� ���� ����� ��� �������� ������ ����� �� ����. T�� ������� ������� �� ���� ���� �� �������� ����� ��������� ������ NP�565676, ��� �� �� � ���������� ��������� �� ��� ��������.

2 C�������� � 2016 �� D.S. G������ ��� N.J. P������

������������� ������� �

��� �

4. G� ���� �� ��� NCBI ������ ������ ���� ��� ��� � ���� ������� ������. U�� ��� ������ ����� ����� ���������� ���� ��� ���� �������� ����� �� ����� ���� ��� G��B��� F���� Q��������� ����� ����� (� ���� ���� �� ���������� �� ��������� �� A������� 1). T�� ��� ���� ��������� �������� ��������� �����: •







���� �������� �.�. ���������� ����������� �� �������� ���� ������� AND �������� �.�. ���������� ����������� �� �������� ��� ����������� �������� ���� ������� �PROT� AND �������� �ORGN� �.�. ���������� ����������� �� �������� ������ ��� ����������� ��������  ������  ��������� �� GI ������ �.�. ���565676 

��� ���� �������� �

T��� �������� ������ ���� �������������!  N��� ���� ����� ����������� ��� �� ���� ������� �� ������ ���� ��� ��� ������ � ���� ��� ����. F�� �������: •

 ��� ��� (����� ������ �� ����������� ������)

�� � ���� ��������� ������ ���� 

 ��� ��� ����� ������ �� ����������� ������

A���, ����� ��������� ����� ��� ���� ������������ ������ ���� ������ (��: 16� �RNA ��. �16� �RNA�). F������, ������ ���������� ��� B������ ��������� ���� �� AND / OR / NOT. U���������, ��� ���� �������� ������ ����� ��� ��� ��� ��� GI �� ��������� �������. B�� 1. A�������� �������, ������� �������, ��� �� �������

A� A�������� ������ �� � ������ ���������� ��� � ���������� �������� ������. A� ��������� ������ �� �������� �� � �������� ������ ��� ����� ���� ���� ������ �������. I� ����� �����, A�������� ������� ����� � ���������� ������ ��� �� ��� ������ ���� �� ��� ����������� �� ��� ������ �� ������� �� ��� ������'� ������� (�.�. �� � ������ ���������� �� ���� �������� �������� �� ��������). A�������� ������� ��� ������� � ����������� �� � ������(�) ��� �������, ���� �� � ������ ������ �������� �� ���� ������ (�.�., U123 45) �� ��� ������� �������� �� ��� ������ (�.�., AF123456). ������� �������  ������ ��� A�������� ������ ��� �������� ��� �������� ������� �� ���� ����� �������� ���� 1 ��� ���������� ���� ���� ��������. T�� �������� ������ �� A��������.V������. 3 C�������� � 2016 �� D.S. G������ ��� N.J. P������

������������� ������� �

��� �

A �� ������ (G��I��� I��������� � ��������� ������� �� ����� ����, "��") �� ������ � ������ �� ������ ���� ��� �������� ������������� �� ���� �������� ������ ��������� �� NCBI. T�� GI ������ �� ����������� ���� �������� �� ��� � ��������.������� ������; ���������, �� ��� DNA ��  ������� �������� ������� �� ��� ���, �� ���� ������� � ��� GI ������,  �������: W��� � ��� ����� �� ��������� �� G��B��� �� ���� �� �������� �� ��������� ������ (��� AF000001). S���� ���� �� ��� ����� ������� ��� A�������� ���� �� �������� ���� �.1�, �� �� ���� ���� ���� AF000001.1. A� ��� ���� ���� �� ���� �� ����� � GI ������ (��� GI:1234567).  N�� ������� ���� ��� ���������� ��� ���������� ��������� ��� ������ ����� �� ������ ��� �����������. T�� ������� ������ ���� ���� ��� ���� A�������� ������, ��� �������� �� ������� ������ (AF000001.2), ����� ��� ��� ������ ���� �� ����� � ���������� ��� GI ������ (��� GI:9876543). W�� �� ���� ���������? T�� ��������� ������  ���� ������ ���� ��� ��� ���� ���������� ����������� �� � ������, ����� ��� �� ������  ���� ������ ���� ��� �� � �������� ������. T���� ��� ����� ���� ��� ���� ��� ���� ������� �����������, ��� ����� ����� ���� ��� ���� �� ����� �� � ���������� ����� �� ����������� ���� � ���������� ����� �� ���� (�.�. � ���������� ������ ���� ��� ��� �� �������� ����), ���� �� ���� ����������� ��� ���� ������������ �����.

B�� 2. �CB� ����

T��� �� � ���� ���� �� ��� �������� ���� NCBI�� �������� ���� ����� ��� ������ ���������. W��� ���� �����, ��� ������ �� ���� �� ������ ���� �� ��� ���������� ��� ���� ��� ������������� ��� ����� ��������� ���� �� ���� ��� (������� ���� �� NCBI Y��T��� �������, �� ������ �� �������� �� ������� ���� ����������� ���� ���). 1. T� ��� ����� �� ��� ������ ���� ��� �� ��� ������ ������ ���� �� ��� ���� ����. C���� �� ��. 2. Y�� ��� ��� �� E����� H���. T�� E����� ���������� �� ��������� �� ������� ���� ��� ��� ��� GQ���� ���������. N��� ��� ������� �� ��� ����� ������� ���� �������� ���������� ���� ������ ������� �� ������ ���� �� �������. 3.  N����� ���� ����� ��� ������� ����� ��� A������� ������ ���� �� C�������� C������ ������ ����������  ���� ����� ����������� ���������� ��� �����.

5. S����� ��� ���� ����� ��������� ������ ������� ��� ������ ������ ���� (�.�. NP�565676 ���� �����). I� ������ ���� ��� ��� ������� �������� ���. C���� �� �� ��� ��� ��������� ���� �� ���� ��� ��� ��� ���� G��B��� �����������.

4 C�������� � 2016 �� D.S. G������ ��� N.J. P������

������������� ������� �

��� �



� ������ 3. G��B��� ������ ��� ��������� NP�565676, �� G��P��� ������.

5 C�������� � 2016 �� D.S. G������ ��� N.J. P������

������������� ������� �

��� �

6.  N����� ��� ��� ���������� ������ ��� ����. I� ����� �����, ��� �� �� ���� ���������������. F�� �������, ��� ��������� �����������, ����� �� ��� ����C� ���A���� ���������. S��� ������� ���� ����� �� ��� ������� ����������� ����� ���� �������� ��� ���������� ����� �� � ��B��D ������ ��������� (��� ��� ���� �� ��� ����� �������, ��� ����� �� � P��M�� ��������� ��� ��� ��������). C���� ������ �� ��������� ����� ��� ��� ���� ��� ����. �. ���� �� ��� ��������� ������� �� ���� ��������� �.  ��� ��� ������ �� ���� �������� ���� ���������, �.�. �� ����� � ������ �������� �.  �� ��, ��� ��� ���� ��� ��������� ��� ��� ���� �������� �� ��� �� ��� ������������ 

�� ���� ��� ���� ���� ����������� �� ��� ��������� �� ��� ���B��� ���� �� ����://���.����.���.���.���/�������/������������.����

7. G� ���� �� ��� G��B��� ������ ��� ����� �� ��� CD� ����, ���� ����� ��� ������ �������� (������� �� ��� �� F����� 3 �� ��� �������� ����). �. ����� ��� ���� ���� ��� �� ���� �������� ���� ��� ��� ����� 8. G� ���� �� ��� G��B��� ������ ��� ������� ��� ������� �����������  ������� �� ��� ����� �����. T��� ����� ��� ������ ����� �� ����� ��������� ���� ����������� �� ���� �����. F��� ��� ���� ����.

������ 4. T�� ������� �����������  ����, �� ��� ����� �� ��� ������.

9. S����� ���� ���� ��� ������� ����������� ����. T��� �� � ����� ������� �������� �� NCBI. S����� ������� ��� ��������� ��������. U�� ���� �� ������ ��� ��������� ���������. �. ����� �� ���� ������ �������� �� ��� ������ (���� ���������� ��� ����� ���, ����� ���������� ��� ���� �� ��� �������� ������)� �. ���� ��� ��� ����� �� ��� ����� ����������� �� (������� �������)� �.  ���� �� ���� ��� ��������� ������� (������ ���� �� ��� ������ ���������� �������, ����� ���������� �� ��� ��� ���� ��� ����)� ���� ��� ���� ������� �. ���� ���������� ������� (���� �������� �����) �� ���� ���� �������� ���� (�����,  ������ ����!)� 6 C�������� � 2016 �� D.S. G������ ��� N.J. P������

������������� ������� �

��� �

������ 5 . G��B��� G��� ���� ��� AT2G28830.

10. O� ��� G��� ����, ����� ��� ���� ����� ����� (��� ��� ������� �� ��� �����) �� ������� � ������ ���������, �������� ��� ������������ ������������� �������.  C���� �� A��������� ����� . �. ���� ���� �� ����������� ���� ���� ������� ���� ����  R����� �� ��� G��� ���� ��� ����� �� ��� ������ ���� ��� ������� �����������  ����.  U�� ��� �������� �� ��� ���� ���� ���� �� ��� ������ �� ���� �� ��� ���. S����� ����� ��� ������ �� ��� ��� ����� �� �����. U�� ��� ������ ����� ��� (����� �� ��� G��� ����) �� ���� ���� ���� ���� ��� ����� ��� S����� ��������. NCBI ����� �� ���� ���� ��� ������� ���� ����� ���� ���� ��� ��� ���� ��� ����. Y�� ��� ������ ����� ��� ������ �� �������� ��� ����� �� ��� ���� ������ �� ��� ��� ��� ������ �� ��� ��������� ������ �������.  C���� �� ��� ����� ����� ��� ������� �� �� ��� ������ ����� ���. �.  ��� ���� ����� �� ��� ��� �� ���� ����� ���� ���� ��� ���� �� ���������� ���� ��� ���� ������ �������� ������ ��������� ���� ����� ���� ��� ������  G� ���� �� ��� M�� V�����.  C���� ������ ��� ������� ��� ������� �� ���� ���� ���� �� �������������� ��� ��������� (����� �����, ��� ����� ����� ��������). 7 C�������� � 2016 �� D.S. G������ ��� N.J. P������

������������� ������� �

��� �

������ 6. NCBI M�� V����� ��� ���� �� ����������� �������� ���������� 2.

B�� 3. ������� ����� ��� �CB� ��������

O� ���� NCBI ������ ����� (������, �����, GQ����) ����� �� �S��� S������ ����� ��� ������  ���. R������� ��� �� ������� ��� ���� ���� ������. Y�� ��� ���� ������� �������� �������� ����� ��� �������  ��� ��� ��� ������ ������� ������ ������ ��, �� ���� �� ���� ���� �������� �� ����������� ��� � �� ����  �������, �� ��� ����� ���� �� ���� ������� ��� ���� �������� �� ��� ������. ��� 1� � B���� B�A�� ( ������) ��� �� ��� ���� ��������� ������������� ���������� ���� ��� ��� ���������� ���������� �� ����� ��� ������� �� �� ������� ��� �������� �� ��������������� ����� �� �������� ����� �� ����� ���������� �� ��������� ���� ������ ���������� �����������. B�A�� �� ������� ��� ������ ���� ��������� ���� ��� ������� �������� ��������� ���� ��� ������� �� � ����� �� ��������.

8 C�������� � 2016 �� D.S. G������ ��� N.J. P������

������������� ������� �

��� �

B�� 4. B�A�� ��� ��������

T�� B���� L���� A�������� ��� S����� T��� (BLAST) �� � ���� �������� �������� �� ����������� �������� ��������� ���� ����� ����� ���������� �� � ����� �������� (��� ����� ��� �����������). T���� �� � ���� ��������� ����� �� ����������� ���� �� ���������� �������� ���� �� ��������� �������� ���� ����� BLAST: H��������� ����� ����� �������� ���������� O���������� ����� ���� ��� ������� ���������� ����� �������� ������� O���������� ����� ���� ������ ���� ������� ��������� C�����������, ��������� ���� ��� ���� ������� ������� �������� ������� ����� ������� ��������� •







 N���, �� �� ���� ��������� �� ���������� ���� ����� ��� ���� �����������, ��� ����� ��� ���� ������� ��� ��������� ����� ����� ����������� ����� �� �� �����. N�����������, ���� ��� � ���������� �������� �����.  �����������: ������� ���������  � ��������� ���� ����� � ����������� ������ �� �������� (����������� �� ����� �����). S�������� ��� �� ������� ��� �� �������� �� ������ �� ������. T�� ������ ��� ���������� ������� ���������, ��� ���� ������ ���� ��� �� �� ����������. ���������� ���������  � ��������� ���� ��� ������� ������� ������ ��������. H������� �� ����������� � ��� ��������� ������ ���, �� ��� ��� ������� ������� ������ ��������. H��������� ��������� ��� ���� ������� �� ����� ����� �� ���������� � ���� 100% �� 0%. ����������� ���������  � ��������� ���� ��� ������� ������� � ���� ���������� �����. O���������� ��������� ��� ������� �� ����� ������ ���������. ���������� ���������  � ��������� ���� ��� ������� ������� � ���� ���� ����������� �����. G���� ����� ������� �� �������� ����� �����������; ���������, ���������� ��������� ��� ��� ������� �� ����� � ������ ��������. ����� ��������  � ���� ��������; ��� �������� ��� ��� ���������� �� ������� ���� �����. ���� ������� ������� ����  (HSP) � ������ �� ��� ��������. A ����������� �����  ������� ���� ����� �������� ��� � �������� �������� �������� �� BLAST. ����� ���������  � � �������� ��������� ���� ������� ���� ������ ���� �� ��� ��������. ������ ��������� � � �������� ��������� ���� ������� ������ ��� ������ �������� (���� ��� �� ���). •







• •

• •

1. F����, �� ���� � ����� �������� ��� ��� ������. L���� ����� ���� ��� ����� ���� �����, ��� ���� ���� ����� ��� ��� ������������� ���������� ��������, ��� ��� ������� ��������. F���� ��� ������� ��� ������ DNA �������� ����� GQ���� �����. •

O� ��� ������ ���� ��������� (������) P����� (A�� D��������) ����, ������ ��� ���� ����� ������� �������� ����� ����� ��� A�������� �� GI ������ (�� �������������, �� ���� �� ��� ������ ��� ����� �� ���� NCBI �������). U���� ��� ������� ���� ��� ����� ���� �� ���� ���, �� ����� ������ ��� ���565676 . 9

C�������� � 2016 �� D.S. G������ ��� N.J. P������

������������� ������� �



��� �

T�� ����� ���� ���� ����� �� �� ��� ������� ����. O��� ������ �� ���� ���� ��� ��� ���� �� ��� �������� �� ��������. I� ���� ���� ��� �������� ���'� ���� ���� �� ��� ���� ��������� ����� ��� ��� � ���� �������� ������.

������ 7. ������ ������ ������� ��� NP�565676 (������� ����). •

T�� �������� ��� ���� ����. D��� ��� G��� ���� ���� ��� ��� ���� �������� �����? W��� �� ��� ��� �������? N��� ��� ������� �������� ���� ����� ���� ��� �� ���� ��� ����� ���� ��� ������� �� ��� ���� ���� ���� ����� �������. Y�� ��� ����� �� ��� ���� �� ���  ��� �� ���� �� ��� ����� �� ������� ��������� ��� �������� ���������� ���� ��� ����.  N��� ���� ��� ����� ����� �� � ��������� �� ��� �RNA ��� CDS ������ � ����� �� ������ ��� NM� �� NP� ������ �� ��� ��� ������������� �� ��� ����� ����� (F����� 8).

10 C�������� � 2016 �� D.S. G������ ��� N.J. P������

������������� ������� �

��� �

������ 8. P��� �� ��� G��� ���� ��� NP�565676, ������� ������ �� �������� �����. •



C���� �� ��� �RNA ���� ( ���128442.5 � ��� �M� �� ��� ��������� ������ ������� �RNA) ��� ������ ���B��� ���� (��� ��� ���� �� ������ �� ��� ����� �� ������ ���� ����). T��� ����� ��� �� ��� �RNA ���� ������� ��� ������� ��� ���� ���� ������� ��.  N����� ��� ������� ���� �� ��� ������. O�� F������ �� ��� G��B��� ������ �� ����, ��� ����������� �� ���� �������� 1 � 3218 �� ���� ������. A������ �������� �� ��� ������ �������� (CD�), ����� ����������� �� ���� �������� 77 � 2965. �. ����� ���� ������� ���������� ���������, ��� �� ��� ����� ����� ��� ���������� O� ��� ������ �� ��� G��� ���� ����� �� ��� N��������� L��� � ���003071.7 (12,366,748..12,370,684)�, ��� ������ ���B��� ����. T��� ����� ��� �� ��� ������� ������ ���� ������� ��� �RNA ��� ���� ���� ������� ��. N����� ��� ��� ���� ������� ����������� �� ��������� 1 � 3937, ����� ��� ���A ������� ����������� �� ��������� 1� 814, 882�1007, 1129�1394, 1670�2768, 2855�3304, 3388�3504, ��� 3592�3937, ����� ��� CD� ������� ����������� �� ��������� 254�814, 882�1007, 1129�1394, 1670�2768, 2855�3304, 3388�3504, ��� 3592�3861. �.  �����, ��� ��� ����� ���������� ���� ������ ��� ������� ����� �� ���������  �������.

11 C�������� � 2016 �� D.S. G������ ��� N.J. P������

������������� ������� �

��� �



� ������ 9. G��B��� ������ ��� NM�128442 �RNA.

12 C�������� � 2016 �� D.S. G������ ��� N.J. P������

������������� ������� �







��� �

L��'� ������ ��� �RNA ������ �� ���� ���������� ������� ���� (NM�128442). C���� �� ��� CD� ����. N�� ��� ��� ������� �� ��� ����������� ��� ��� ������ ��������, �� ������� �� ��� ����� ���� �� ������� (����������� ��  ����� ). U���� ��� �D������: FASTA� ������ �� ��� ���� ��� �� ��� ������ �� ��� ���� �������� � FASTA���������� ������� �� ��� CDS.  N�� ��� ���� ��� �������� �� ��� ���� ����� ��� ������ ������� ������ � �A��A ������. FASTA ������ �� ������ � ������ ���� ���� ������ ���� � �>� �������� �� ���� ���������� ��� ��������, ��� ���� ��� ������ �������� ��������� �� ��� ���� ����. T�� �������� ��� �� ������ DNA �� �������, ��� ��� �� ���������� (��������� ��� ��� ����), �� ��� ���� ���� ���������� ������� ��������� ������� ������� 60�80 ��������.

������ 10. S������� �� FASTA ���� ������.

2. L���� �� ���� BLAST���! U�� ��� �R�� BLAST� ���� �� ��� �A������ T��� S�������� ���� �� ��� �������. �O� ���� � ��� ��� �� ������ �� ���� ������� ��� �� ���� �� ��� NCBI ���� ���� (���.����.���.���.���), ���� ������ B�A�� ���� ��� R�������� �������� ����� ��� ���, ����� ��� DNA&RNA �����������. T���� ��� ���� �� ������� ����. W� ���� ������� ���� �� ����� ���� ���, ��� ����� ��� ����� ���� ���� ��� ��������. S���� ��� �������� �� � ���������� ��������, �� ���� �� �� � ���������� ����� . •

O� ��� BLAST ����, ���� ���� ����� ��� ����� ����� ��������  �������, ��� NCBI 13

C�������� � 2016 �� D.S. G������ ��� N.J. P������

������������� ������� �

��� �

������ ��� ������������� ������� ��� ��������� ������ (��� ��� ��� ���� �����  � �� ������, ��  �A��A �������� ) ��� �������� (����� �� ��������� ���� ���� ��� ������ �������� ���� �� ��� �RNA ��������). Y�� ����� ���� �������������� ��� FASTA ��������� CDS �������� ��� ����� �� �� F����� 10 ���� ��� ����� ��� �������  �������� � �������� � ��� ������ �� ����� �� ��� ���������� ������� �� �RNA �������� ��� ������ �������� �� ���� �����...

������ 11. T�� ������ ����� ����, ���� ������������ ��� �S������� ������� ���������� ��������. •



• •

S��� ��� �������� �� ��� ����. Y�� ���� ����� � ��� �� ������� ���� ��� ��� ��������� ���� (������������ �� ��� ����� A�������� ����������  ���� ��� ������. W� ���� �� ����� ��� ���� NCBI ��������; ��� NCBI ������� ������ ��� ������������� ������� ��� ������� D�������  (����� �� H����) �� �����  ��� ���������� ���������� (��/��) ������� ��� �������� �� ���������. T�� �� �������� �� ��� ������������� ���������� �� ��������� �� G��B���. C����� ��� ������� �������� / ��������� ��� �� �������� ������� ��������� (������).  N��� ��� ��� ����� �������� ���� ����� ������ ��� ����. C���� ��� ��� �� ����� �� ���� ��� ���� ����� ��� ���������� ���������. F�� �������, �� �������� ��� �������� ���� �� ��� ������� ���������  ������� ��� ��� � ���� ����� ������� �� ��� ��������� �������. B� �������� ���� ��� ���� �� � ��� ���� ���� ���� ������������� ��� ��� ����������.

14 C�������� � 2016 �� D.S. G������ ��� N.J. P������

������������� ������� �

��� �

�. ���� ����� ��� ���� �� ��� ���������� ���� ����� ������������� ���������� (�� ��� ���� ����, ��� ���� ��� ��� ��� ���� ������� ������)

������ 12. A�������� ���������� ��� ������. •





O��� ��� A�������� P��������� ���� ��� ������. �. ���� �� ��� ������ ��������� � ��� ���� �. ���� ����� ������ �� ��� ��������� ��� ��������� ��� �������� � �. ���� ����� �� ��� ������ �� ���������� ��� ���� ����� �. ��� �� ����� � ��� ���������� ������� ������� ������ �� ���� �� ��� M��� ���� ��� ���� ���� ����� �������� ������� �� ��� ����� ���, ��� ����� ��� ��� ���� �� ���� ������� �� � ��� ������ ���� ��� B�A�� ������. N�� (�������) ����� ��� B�A�� ������. W���� BLAST �� ������� �� ����� ��� ������ �� �������� ��� ��� ������ �� ������ ��� ������ �� ��� ������ ������� �� �������� �� ��� ������ �������  ����. W� ����� �� ���� ����� ���, �� ��� �������� ������� ���� ����.

B�� 5. ��� ���� �� �� ���?

T�� ������� �� � BLAST HSP �� ���������� �� � ������ �� ��������� ����. I� �� ��������� ���� ��� ���������� ��� ����������� ������� ����� ������� ��� ��� ��� ����������� ���. •



I������� � ��� ������ �� ����� ��� ��������� ��� ���������. A ���� ���� ������� ����� �� ������� ���� ���� ������� ��� ���������� �� �������� ������������� (�.�. � ����� ������ �� � ������ ��������� ������ ������ ��� ��������� ���� ��� ��������� ���� ������ ���������). B�� ����� � ��� ��������� ����� (S). A ���� ������� ������� ���� �� ���������� ���� ���  ���������� ����� ������ ��������. S������ ���� ��� ������������ �� ����� ��������� �� ��� ������ �� ��� �����. 15

C�������� � 2016 �� D.S. G������ ��� N.J. P������

������������� ������� �



��� �

E ����� � ��� ������ �����. A ����������� ����� ���� �� ����� �� ��� ������ �� ��������� ���������� ���� ������ �� ����� �� ���� �� ���� ��������, ����� ��� �������� �� ����� ������ �� ������. T�� ����� ��� E �����, ��� ���� ����������� ��� �����. T��� �� �� ��� ��� ���� ������ �� ��� ����� ������� �� ��������� �������� �� ��� ���� �������� ��� �� ������� ��������. N��� ���� E ����� �� ��������� �� ��� ���� �� ��� �������� (�) ��� ��� ������ �� ��� ����� �������� (�). T�� ���� �������� �������� �� ��������� ��������� ���������� ��������� ��� ��������� ����� ������ �� ��������� E ������ ����� ��������.  � � ��2��  W���� �� ���� ������� ������ ����� ���� ����������� �� ���� ������ �����.

3. •

T�� R������ ���� �� ������ �� ���� ��������. A� ��� ���� ��� �� ��� ��� �������, ����� ������ ����� ������� ����� ���� ����� ��� ��� �������� ��������. Y�� ��� ���� ���� ������� ����� ���� ������ �� �������� ������ �������. �.  ��� ���� ��������� ��� �� ��� �� ��������� �. ���� ��������� ��� ��� �������� �� ��� �� ��������� (����� ��������� ���� ����������� �� �������� ��������� �� �������� �� �� � �������� ���� ������ ���  �������� ������ �� ��� ����� ����!)

������ 13. B����� ������ ������ �������. •

 N��� �� ��� ������� ������� . S����� ���� ����� ���� ��� �������� ����. �. ���� �� ��� �������� ���� ����� �.  ��� ���� ��� ������ ���� ����� �. ���� ����������� �� ��������� �� ��� ��� ���� ��� ��� �� ��� ������� ��������  �. ���� �� ��� ������ ����� ��� ������������ ������ �� ��� ���� ���� ��� ���������  ��������  �. ���� �� ��� ����� ��� ������� �� ��� ��� (����) ���� �. ���� ������� �� ��� ����� �� ��� �� ��� ��������

16 C�������� � 2016 �� D.S. G������ ��� N.J. P������

������������� ������� �

��� �

������ 14 . B����� ������ ������� �������. •

T�� D����������� ������� �� ����, �������: D���������� ������������ �� ������������� A��������(�) �� A��������� �������� ��� ����� � ��� ��������� ��� ����� ����� �����  � ������� ��������� ��� ����� ����� ��� ������ ���� ��� ��� ����� �� ���� ����� ������� � ������ �������� ����� �� �������� �������. ����� C�������  � ���� ������� �� ��� ����� ��� ���������� �� ��� �������� ���. ������� � �������� ��� ���� ������� �� ��� �������. S������ ������� ���� ������ ����, ���� 0.0 ����� ��� ���� ����� ��������. ��������  � ��� ������� �������� ����� ������� ����� ��� HSP. A��������  � ������ �� ��� ��������� �������� �� NCBI • • •

• •

• •

�.  ��� ���� �������� ������� ��� ������ ��� ���� ����� ��������� ��� ��� ���� �������� (��� ��� ���� ����� �������� �� ����� ����, ���� �� ��������, �����, ��� ����� ����� ��������.)  �. ���� ������� �� ��� ����� ��� ��������� �������� �. ���� ������� �� ��� ����� ��� ���������� ��������

17 C�������� � 2016 �� D.S. G������ ��� N.J. P������

������������� ������� �

������ 15. B����� ������ ������������ •

��� �

��� ���� �������� �

F������ �� ��� ���� �� ��� ������ HSP A��������� . C������ ��� ����������� ��������� ��� ��� ����� HS P ��������� �� ��� ����� ����� �� ��� ��������� ������� ��� HSP �������. A� ��� ������ ���� ��� ����������, ��� ���� ��� ��� ��������� ������� ���� � ���� ��, ��� ������� ���������. �. ���� �� ��� �������� ���� ( � )��������� ������� ��� ����� ��� ��� �����  (�������� ��������)� �. ���� ���� �����������/���� , �����������/����� ����� ����� ��� ����� ������ �� ��� ���� ��������� �� � ����� �� ����������� ���� G� ���� �� ��� ��� �� ��� ���� ��� ����� ���������� ������� . C����� ��� A�������� ���� �� �������������� ���� ���� ��� ���������� . C���� �������� ��� ����� ���� �� ��� HSP ��������� �������. �.  �������� ��� ���������� ������� ���� ������ ��� ��� �������� ������. ��� ��� ������� ����� ����� ��� ��������� ������� ����� �� ���� ������� �.  ���� ���� ����� ������ ������� �� ��� � ���� ��� ���� ���� ����. •







R����� ��� ���������� �� ��� �������� ��������  ������. G� ���� �� ��� ��������� �������. I� ����� ��� ��� ����������� �������� (�.�.: ����� �� ���������� ������), ����� �� ���. 18

C�������� � 2016 �� D.S. G������ ��� N.J. P������

������������� ������� �

��� �

�. ���� �� ��� �������� �.  ���� �� ���� � ���� ������� ��������? �� ��, ��� ����� ����� ���� �� ���� �  ���� ��������  �.  �� ��� ����� ����� ���� ��� ����������� ��� �� ��� ����

������ 16. B����� ������ ����������.

E�� �� L��!

19 C�������� � 2016 �� D.S. G������ ��� N.J. P������

������������� ������� �

��� �

��� 1 ����������

B� ��� ��� �� L�� 1 (���������� ��� ��� ��������� ��� �����, ��� ��� �������), ��� ������: •











• •

���� ��� �� ������ ��� ������� �� NCBI, ���� ����� ������ ����� �� ����������� (����� ���� �� ���) ��� GQ����, �� ����� � ���������� �������� ��� BLAST; ���� ��� ���������� ������� � G��B��� ��������� ������, � ������� ������, ��� � GI ������; ���������� ��� ���������� ������� ��� ���������� �������� �������� ���� �� G��B��� ��� ��� ������� �������� ���� �� ��; ���� ��� ����� �� � G��B��� ������ ��� �� ���� �� ������ ������� �������� ������� (�.�. �� FASTA ������);  �� �������� ���� ��� ������������������ �� ������� NCBI ��������� ��� �� ���� �� ���� �� ������ ������� ���� ����;  �� ���� �� ��� ���������� BLAST (B�����) �� ������ G��B���, ��� �� ���� � � ��������� ��� ������ � ���� ���� ��� E������ ���� ��� ���.?; ���������� ��� ������� �� ����������, �����������, ��� ���������� ���������;  �� ���� �� ��� ��� H��� �������� �� ������� ��� �������� ��� ��� ���� ���� ������� �� ���  NCBI ��������� (�� ��� ���� ��� ��������� �� ���������� ��������, ����� �� ���� ��� ������ ��� ���� ������ �� C�������!).

D� ��� �������� �� ���� ��� ��������� ��� ����� ���� �� ��� F���� ������� �� ��� C������� ������� ��� ���� ������ �� ��� �� ��� ���������� ��� �� ��� ����� ����� ������� ��� �������� ��������.

������� �������

S������ I �I����������� ��� B��������� D��������� ��  ��������� �������������� �� J�� X����, C�������� U��������� P����, 2006. �� 3�27. SF A������� , TL M����� , AA S������� , J ����� , � ����� , W M����� , ��� DJ L����� (1997) G����� BLAST ��� PSI�BLAST: � ��� ���������� �� ������� �������� ������ ��������. N���. A���� R��. 25: 3389�3402.  NM L�������, D G��������, M G������� (2001) W��� �� ��������������? A� ������������ ��� ������� �. Y�������� �� M������ I���������� 2001:83. CA K������, KM S���� (2011) U���� BLAST �� T���� ��E���������������� C�������. PL�S B��� 9(2): �1001014. ����://��.���.���/10.1371/�������.����.1001014 .

20 C�������� � 2016 �� D.S. G������ ��� N.J. P������

������������� ������� �

��� �

A������� 1: ���B��� ����� ���������� F��� ����://���.����.���.���.���/�����/NBK3837/#E�����H���.E������S���������O������

A�������� �ACCN� C������� ��� ������ ��������� ������ �� ��� �������� �� ������, �������� �� ��� ����������, �������, ���������, ������ ������, �� P��S�� �� � �������� �������� �������. T�� S�������� �������� ��������� ����� �������� ��� PDB ID� ��� ��� ��� MMDB ID�. A�� F����� �ALL� C������� ��� ����� ���� ��� ���������� �������� ������ �� ��� ��������. A����� N��� �AUTH� C������� ��� ������� ���� ��� ���������� �� ��� �������� �������. T�� ������ �� ���� ���� ����� ����� �������(�), �������  ����������� (�.�., ������ ��). EC/RN N����� �ECNO�  N����� �������� �� ��� E����� C��������� �� C������� A������� S������ (CAS) �� ��������� � ���������� ������ �� ��������, ������������. F������ K�� �FKEY� C������� ��� ���������� �������� �������� �� ��������� �� ��� ���������� ��������� ��� ������� �� ��� DDBJ/EMBL/G��B��� F������ T���� (����://���.����.���.���.���/��������/������/FT/�����.����). N�� ��������� ��� ��� P������ �� S�������� ���������. F����� �FILT� C������� ������������� �� �������� ������� �� ��� ������� ���������. T���� ������� �� ������� ��� ������� �� �������� ������� ���� ��� �������� ������ �� ����� GQ���� ��������� �� ������ ��� ���� ��������. F�� �������, ��� P��S�� �������� F����� ����� �������� P��S�� ���, P��S�� �������, P��S�� ����������, ��� P��S�� �������. T�� P��S�� ������� ������ �������� ��� P��S�� ������� ���� ����� �� P��M��; ��� P��S�� ���������� ������ �������� ��� P��S�� ������� ���� ����� �� ��� ���������� ��������; ���, ��� P��S�� ������� ������ �������� ��� P��S�� ������� ���� ����� �� ��� ������� ��������. T�� P��S�� ��� ������ �������� ��� P��S�� �������. G��� N��� �GENE� C������� ��� �������� ��� ������ ����� �� ����� ����� �� ��� �������� �������. T��� ����� �� ��� ��������� �� S�������� ��������. I���� �ISS� C������� ��� ����� ������ �� ��� ������� �� ����� ��� ���� ���� ���������. J������ N��� �JOUR� C������� ��� ���� �� ��� ������� �� ����� ��� ���� ���� ���������. J������ ����� ��� ������� �� ��� �������� �� ����������� ���� (�.�., J B��� C���). J������� ��� ���� ������� �� ����� �� ISSN�. B����� ��� ����� �� ��� �� ��� ���� ��� ISSN �� ��� ��� ���� ��� � ���������� ������� ���� �� �����������. K������ �KYWD� C������� ������� ����� ����� ���� ��� ���������� ������������ ���������� ���� ��� G��B���, EMBL, DDBJ, SWISS� P���, PIR, PRF, �� PDB ���������. B����� ��� K������ ������� �� ��� ���������� ��������� �� ������ �������� ���� ����� ������������. A K������ ����� �� ��� ��������� �� ��� S�������� ��������. M����������� D��� �MDAT� C������� ��� ���� ���� ��� ���� ������ ������������ �� ���� ������ �� ������� �� GQ����, �� ��� ������ YYYY/MM/DD (�.�., 1999/08/05). A ���� �����, (�.�., 1999) ���� �������� ��� ������� �������� ��� ���� ����; � ���� ��� ����� (�.�., 1999/03) ��������� ��� ������� �������� ��� ���� ����� ���� ��� ������� �� GQ����. M�������� W����� �MOLWT� M�������� ������ �� � �������, �� D������ (D�), ���������� �� ��� ������ ��������� �� ��� S�������� �� M�������� 21 C�������� � 2016 �� D.S. G������ ��� N.J. P������

������������� ������� �

��� �

W����� ������� �� ��� GQ���� ���� ��������. N��� ���� ��������� ������ ���� �� ������� �� � ����� 6 ����� �����, ������ ���� ������� ����� (��� ������ O), �.�., 002002 �MOLWT� O������� �ORGN� C������� ��� ���������� ��� ������ ����� ��� ��� ��������� ���������� ���� ������� ��� ���������� ���������. P��� N����� �PAGE� C������� ��� ������ �� ��� ����� ������� ���� �� ��� ������� �� ����� ��� ���� ���� ���������. P������ A�������� �PACC� C������� ��� ������� ��������� ������ �� ��� �������� �� ������, �������� �� ��� ����������, �������, ���������, ������ ������, �� P��S�� �� � �������� �������� �������. A P������ A�������� ����� �� ��� ��������� �� ��� S�������� ��������. P��������� �PROP� C������� ���������� �� ��� ���������� �� ������� ��������. F�� �������, ��� N��������� ��������'� P��������� ����� �������� �������� �����, ����������� ������, �������� ���������, ��� G��B��� ���������. A P��������� ����� �� ��� ��������� �� ��� S�������� ��������. P������ N��� �PROT� C������� ��� �������� ����� �� �������� ����� �� �������� �������. C����� ����� ��� ��� �� ������� �� ���� ����� �� �� �� ���� �� ���� �������� A�� F����� �� T��� W����. A P������ N��� ����� �� ��� ��������� �� ��� S�������� ��������. P���������� D��� �PDAT� C������� ��� ���� ���� ������� ��� �������� ���� GQ����, �� ��� ������ YYYY/MM/DD (�.�., 1999/08/05). I� �� ��� ���� ��� ����� ����� �������� �� G��B��� ���������� ������� �� GQ����. A ���� �����, (�.�., 1999) ���� �������� ��� ������� ��� ���� ����; � ���� ��� ����� (�.�., 1999/03) ���� �������� ��� ������� �������� ���� G��B��� ��� ���� �����. S��ID S����� �SQID� C������� ��� ������� ������ ����������, ������� �� � FASTA ����������, ��� � ����� ��������. A S��ID S����� ����� �� ��� ��������� �� ��� S�������� ��������. S������� L����� �SLEN� C������� ��� ����� ������ �� ��� ��������. S������� L����� ������� ��� ��� ��������� �� ��� S�������� �� P��S�� ���������. S�������� N��� �SUBS� C������� ��� ����� �� ��� ��������� ���������� ���� ���� ������ ���� ��� CAS �������� ��� ��� MEDLINE N��� �� S�������� �����. S�������� N��� ������� ��� ��� ��������� �� ��� G����� �� P��S�� ���������. T��� W��� �WORD� C������� ��� �� ��� "���� ����" ���������� ���� � ������. T���� W��� �TITL� I������� ���� ����� ����� ����� �� ��� ���������� ���� �� � ������. T�� ���������� ���� ���������� ��� ������� �� ��� �������� ��� �� ��������� ����������� �� �������� �����. A �������� ���������� ���� ���� ������� ��� ��������, ������� ����, ���� ������, �������� ���� ��� ������� �� �� � ������� �� �������� ���. T���� W��� ������� ��� ��� ��������� �� ��� S�������� �� P��S�� ���������. U�� �UID� C������� ��� M������ ������ ���������� ��� ������� ���� ������� ��������� ���������� ���� ��� ������ �� P��M��. T�� U�� ����� �� ��� ���������. V����� �VOL� C������� ��� ������ ������ �� ��� ������� �� ����� ��� ���� ���� ���������. 22 C�������� � 2016 �� D.S. G������ ��� N.J. P������

View more...

Comments

Copyright ©2017 KUPDF Inc.
SUPPORT KUPDF