Práctica 1 Bases de Datos

 

UNIVERSIDAD DE LAS FUERZAS ARMADAS – ESPE DEPARTAMENTO DEPARTAMENT O DE CIENCIAS DE LA VIDA Y LA AGRICULTURA   

CÓDIGO: SGC.DI.505 VERSIÓN: 1.0 FECHA ULTIMA REVISIÓN:  26/10/16 

CARRERA:

GUÍA PARA LAS PRÁCTICAS DE LABORATORIO, TALLER O CAMPO ASIGNATURA:

Bioinformática

PERIODO LECTIVO: NRC:

DOCENTE: Francisco Flores- Cristian Peña LABORATORIO DONDE SE DESARROLLARÁ LA H 205 PRÁCTICA:   TEMA DE LA Bases de datos biológicas y formatos de secuencias PRÁCTICA: INTRODUCCIÓN:

Octubre 2016Febrero 2017

NIVEL:

6to

1665-1666

PRÁCTICA N°:

1

El conocimiento de las diferentes bases de datos biológicas, su uso y estructura, son de vital importancia en la búsqueda de información científica relevante en cualquier ámbito de la biotecnología moderna. En éstas se encuentra almacenada toda la información biológica que ha sido analizada hasta la presente fecha. En este sentido, Existen bases de datos primarias que contienen secuencias de DNA y de proteínas, estructuras de proteínas y perfiles de expresión de genes y proteínas. Cada registro de estas bases de datos contiene una secuencia y su correspondiente "anotación" (comentarios que incluyen información acerca de esa secuencia, habitualmente hechos de modo manual por algún anotador). Por otro lado, las bases de datos secundarias archivan los datos de quegenes, son fruto del análisis de las bases implicación de datos primarias, tales comoetc. familias de proteínas, motivos o dominios proteicos, familias mutaciones, polimorfismos, en enfermedades,  Asimismo, todas las secuencias almacenadas se encuentran en distintos formatos dependiendo de la base de datos donde se encuentren. El conocimiento de estos formatos, y su inter-conversión en formatos útiles, será de vital importancia a la hora de manipular y analizar secuencias en la gran variedad de programas bioinformáticos disponibles.

OBJETIVOS: Revisar y entender el uso de las diferentes bases de datos biológicas disponibles en la red.  Aprender a realizar búsquedas de secuencias biológicas en las bases de datos. Conocer los diferentes formatos de secuencias existentes para su uso en herramientas bioinformáticas.

     

MATERIALES: REACTIVOS: N/A 

INSUMOS: N/A 

EQUIPOS: Computador   MUESTRA: Diferentes secuencias obtenidas de las bases de datos.

INSTRUCCIONES: I Verifique su conexión a internet y utilice de preferencia el navegador Chrome o Firefox

-

 

ACTIVIDADES POR DESARROLLAR DESARROLLAR:: 1.  Bases de datos biológicas

a) Ingresar y familiarizarse con cada una de las siguientes bases de datos biológicas:  

•

NCBI 

 

UNIVERSIDAD DE LAS FUERZAS ARMADAS – ESPE DEPARTAMENTO DEPARTAMENT O DE CIENCIAS DE LA VIDA Y LA AGRICULTURA   

CARRERA:

•

SWISS-PROT  

•

GEN BANK  

•

GENE  (dentro  (dentro

•

KEGG 

•

OMIM 

•

RCSB PDB

•

Pub Med  

•

EMBL-EBI 

•

DDBJ 

de NCBI)

2.  Búsqueda simple de una secuencia biológica y conversión de formatos:

a) Ingresar a la base de datos de NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/))  

b) Seleccionar la base de datos “nucleotide” e ingresar en el cuadro de búsqueda: “BRC1”  

c)

 

Ingresar al primer resultado y obtener la secuencia en formato Genbank:

d) Convertir la secuencia encontrada en los siguientes formatos (usar EMBOSS Seqret):  

http://www.ebi.ac.uk/Tools/sfc/emboss_seqret/   http://www.ebi.ac.uk/Tools/sfc/emboss_seqret/ •

PEARSON/FASTA/fa

•

EMBL/em

•

GCG

CÓDIGO: SGC.DI.505 VERSIÓN: 1.0 FECHA ULTIMA REVISIÓN:  26/10/16 

 

UNIVERSIDAD DE LAS FUERZAS ARMADAS – ESPE DEPARTAMENTO DEPARTAMENT O DE CIENCIAS DE LA VIDA Y LA AGRICULTURA   

CÓDIGO: SGC.DI.505 VERSIÓN: 1.0 FECHA ULTIMA REVISIÓN:  26/10/16 

CARRERA:

•

PLAIN/Raw

3.  Manipulación básica de secuencias

a) De forma similar, buscar la secuencia PROTEICA: Pyruvate dehydrogenase (Seleccionar la base de datos  

“protein”) b) Seleccionar cualquiera de las proteínas encontradas  

c) Observar cada sección y comentar: locus, definition, accesion, features: regions, sites, cds, etc  

d) Manipular y comentar el formato GRAFICO  

e) Obtener la secuencia codificante de la proteína (nucleótidos) (haciendo click derecho en CDS y abriendo nueva  

pestaña)

f)

 

Traducir la secuencia de nucleótidos obtenida en secuencias de aminoácidos, con ayuda de la herramienta TRANSEQ http://www.ebi.ac.uk/Tools/st/emboss_transeq/ (escoger http://www.ebi.ac.uk/Tools/st/emboss_transeq/ (escoger los seis MARCOS DE LECTURA - FRAMES)

 

g) Encontrar el MARCO DE LECTURA correspondiente a la proteína “original” observando entre los SEIS obtenidos. Fijarse en la existencia de asteriscos “*”. Comparar con la proteína original encontrada en NCBI.

 

UNIVERSIDAD DE LAS FUERZAS ARMADAS – ESPE DEPARTAMENTO DEPARTAMENT O DE CIENCIAS DE LA VIDA Y LA AGRICULTURA   

CÓDIGO: SGC.DI.505 VERSIÓN: 1.0 FECHA ULTIMA REVISIÓN:  26/10/16 

CARRERA: h) Encontrar ORFs (Open Reading Frames) con ayuda de la herramienta ORF finder de NCBI  

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/  i)

 

Encontrar el marco de lectura abierto correspondiente a la proteína original y señalarlo.

4.  Ejercicios de soporte (No necesarios en el informe, solo para practicar)

a) Números de acceso en Genbank (NCBI) de secuencias proteicas (Repetir los pasos e) hasta i) de las instrucciones  

del numeral 3) KQY40102.1, KQX42690.1, KQX26069.1, KQW94497.1, KQW83797.1, KQW22974.1, KQU88239.1, KQU69897.1, NP_001260113.1, KQX88612.1, BAB50165.1, BAB50080.1, BAB50039.1, NP_001259175.1, BAB50049.1, CDX11043.1, WP_015809624.1, KQY28128.1,

RESULTADOS OBTENIDOS: Presentar un informe de la práctica con los siguientes puntos a completar:

1.  Bases de datos biológicas De cada base de datos visitada completar la siguiente información:          

LINK o dirección web de la Base de datos Logo principal Significado de las siglas (de ser el caso) Descripción general de la base de datos luego de una navegación rápida en la página web Enumerar otras bases de datos relacionadas que estén dentro de esta base de datos

2.  Búsqueda simple de una secuencia biológica y conversión de formatos    

Realizar capturas de pantalla (sin recortar) de todas los pasos dados en las instrucciones. Comentar los formatos utilizados (ventajas y desventajas entre los mismos)

3.  Manipulación básica de secuencias    

Realizar capturas de pantalla (sin recortar) de todas los pasos dados en las instrucciones. Realizar los comentarios respectivos en los pasos que se indican

CONCLUSIONES:  

 

El conocimiento y uso de las diferentes bases de datos permitirá que el estudiante acceda rápidamente a la información biológica requerida para las futuras prácticas de bioinformática y su desarrollo profesional en general. Los diferentes formatos de secuencias biológicas permiten al investigador obtener la información necesaria para manipular y analizar las secuencias correctamente en las distintas aplicaciones bioinformáticas.

RECOMENDACIONES:  

 

Se recomienda realizar la práctica en orden secuencial ya que los pasos previos sirven de base para el resto de la práctica. Las capturas de pantalla insertadas en el informe deberán ser íntegras, sin ningún tipo de recorte ni modificación con editores de gráficos.

FIRMAS F: …………………………………………. F: …………………………………………. Nombre:

F: …………………………………………….. Nombre: COORDINADOR DE LABORATORIOS

 

UNIVERSIDAD DE LAS FUERZAS ARMADAS – ESPE DEPARTAMENTO DEPARTAMENT O DE CIENCIAS DE LA VIDA Y LA AGRICULTURA   

CARRERA: COORDINADOR DE ÁREA DE CONOCIMIENTO

Nombre: DOCENTE

CÓDIGO: SGC.DI.505 VERSIÓN: 1.0 FECHA ULTIMA REVISIÓN:  26/10/16