Habla sobre la mecanica molecular con aplicacion en la computación de moléculas. Sobre ecuaciones que no ayudan a determ...
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INSTITUTO TECNOLÓGICO SUPERIOR E PO!" RIC"#
Docente: M.C. David Cruz Alejandre Alumna: Ponce Lara Esther Guadalupe Carrera: Ingeniera en !anotecnologa $ $ en relación a la Mecánica molecular Sistemas poli-atómicos
Poza Rica de Hidalgo, Ver. er.
20 de Octubre del 2015
Mecánica Molecular La mecánica molecular es uno de los principales mtodos de cálculo disponible en la actualidad para estudios de sistemas !u"micos, as" como cual!uier tcnica presenta una serie de #enta$as e incon#enientes. %s por eso !ue conocer las condiciones de aplicaci&n ' limitaci&n es #ital para e#itar muc(as (oras de cálculo innecesarias o bien la obtenci&n de resultados err&neos. %ntre las #enta$as podemos mencionar) • •
Rapidez de los cálculos al compararlos con los mtodos cuánticos. *plicar estos mtodos a sistemas !u"micos mu' grandes.
+ambin se presentan algunas des#enta$as como las mencionadas a continuaci&n) • •
o tienen la capacidad de resol#er la %c. de -c(rdinger. o pueden ser aplicados a sistemas !ue impli!uen ni una ruptura ni /ormaci&n de enlaces.
La mecánica molecular se basa en un modelo mecano clásico simple de la estructura molecular. %n este modelo, las molculas son tratadas como un con$unto de átomos en el espacio, unidas entre s" mediante enlaces ' gobernadas por un con$unto de /unciones de potencial mecanoclásicas.
Representación de las interacciones moleculares. La in#estigaci&n te&rica sobre las in#estigaciones moleculares puede dar una in/ormaci&n mu' importante sobre la naturaleza ' or"genes de las /uerzas entre molculas, no es posible incluso en la actualidad obtener in/ormaci&n detallada sobre el potencial intermolecular para cual!uier sistema a cual!uier distancia mediante estudios mecano cuántico. Para resol#er este problema una soluci&n /ue obtener una representaci&n algebraica del potencial !ue depende de una serie de parámetros a$ustables de acuerdo a !ue las propiedades concuerden con los resultados eperimentados. %ntre los cuales se encuentran los sistemas monoat&micos ' poliat&micos
Sistemas Poli-atómicos. *l considerar este tipo de sistemas el nmero de #ariables aumenta 3además de la distancia se necesita conocer la orientaci&n relati#a4 ' por lo tanto es di/"cil representar
adecuadamente la energ"a de interacci&n. Por otro lado se tiene !ue para sistemas con di/erentes tipos de átomos se #an a necesitar calcular sus interacciones de Van der aals. 6na de las alternati#as más utilizadas consiste en descomponer la energ"a para un par de molculas en una suma de interacciones entre sitios de interacci&n !ue a menudo coinciden con los ncleos at&micos de las di/erentes molculas. %n estos casos las interacciones del tipo sitiositio se elige una /unci&n sencilla como la de L7 128. %ste tipo de /unci&n potencial se conoce como el potencial
multi-centro# La ecuaci&n
aplicada a dos molculas diat&micas, la /unci&n toma la /orma) 2
2
[
U ij =∑ ∑ 4 ε ab ( σ ab / r ab ) − ( σ ab / r ab ) a= 1 b = 1
12
6
]
Otra aproimaci&n utilizada es el potencial de epansi&n, es un principio capaz de reproducir eactamente cual!uier super/icie de potencial. -u e/icacia depende de la rapidez en !ue con#erge la epansi&n. U ( r , )=
∑ ∑ ∑ U (r ) F ij
i
j
( ω)
ijk
k
Las epresiones (asta a(ora deben ser aplicables a pares de molculas iguales o di/erentes. *s" las epresiones para
σ ab
'
ε ab
en /unci&n de los #alores para las sustancias puras
se obtienen a partir de reglas de combinaci&n. Las más utilizadas son las reglas de Lorentz 9ert(elot, en las cuales el diámetro de colisi&n se calcula a partir de la media aritmtica ' la pro/undidad del pozo a partir de la media geomtrica de los #alores de las especies puras. %n a!uellos casos en las !ue las interacciones entre molculas di/erentes pueden determinarse eperimentalmente, la media geomtrica a menudo sobre pasa
ε ab
,
especialmente cuando los pozos de potencial de las sustancias son mu' di/erentes. Por eso se sugiere otras combinaciones, como por e$emplo la media arm&nica para 1
ε ab
=
1 2
[
1
+
1
ε aa ε bb
]
ε ab
)
Interacción de más de dos moléculas
:uando ocurre una interacci&n de más de dos molculas, la energ"a de interacci&n total generalmente no es eactamente igual a la suma de las interacciones entre pares. %s decir, la presencia de una tercera molcula !ue perturba la interacci&n entre las otras dos. *ilrod ' +eller determinaron la contribuci&n atracti#a no aditi#a en la interacci&n de tres átomos a partir de la epresi&n) θc + 1 3 cos θ a cos θb cos ¿
¿ ¿
U abc =
C 6 6
+
C 6 6
r ab r bc
+
C 6 6
r ac
+ v abc ¿
%n esta ocasi&n solo se (a considerado las interacciones dipolodipolo, representan los ángulos internos del triángulo !ue /orman.
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