Laporan Praktikum Sistematika Mikrobia Acara 2

 

 

BORANG

 No. Dokumen Dokumen Berlakusejak

FO-UGM-BI-07 FO-UGM-BI-07-13 -13 03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

1dari

LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA

KLASIFIKASI KHAMIR DENGAN METODE TAKSONOMI NUMERIKFENETIK  

 Nama

: Rio Tri Rahmawati

 NIM

: 17/411736/BI/09876 17/411736/BI/09876

Gol(Hari)/Kel

: A (Selasa) / III

Asisten

: Nurul Alifah Azahra

LABORATORIUM SISTEMATIKA MIKROBIA FAKULTAS BIOLOGI UNIVERSITAS GADJAH MADA YOGYAKARTA 2019

 

 

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

 No. Dokumen Dokumen Berlakusejak

FO-UGM-BI-07 FO-UGM-BI-07-13 -13 03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

2dari

A.  PENDAHULUAN a.  Latar Belakang

Para taksonomis mengelompokkan khamir (yeast) ke dalam kingdom fungi. Banyak anggota dari fungi meliputi kapang dan jamur (mushroom) yang multiselular, tetapi khamir adalah organisme uniselular. Hal tersebut berarti bahwa khamir tidak memiliki bentuk proteksi seperti organisme multiselular yaitu kulit (skin).Namun organisme uniselular uniselular ini memiliki laju replikasi yang yang sangat cepat.

Single cell

khamir berukuran 5  –   10 mikron dengan bentuk bulat oval. Saat ini terdapat 500 spesies lebih khamir dengan masing-masing spesies terdiri dari ribuan strain khamir (White and Zainaseff, 2010). Hingga saat ini ada dua   pendekatan untuk menyusun klasifikasi  dari sebuah kelompok organisme biologi,  yaitu sistem klasifikasi fenetik dan system  klasifikasi filogenetik. Sistem klasifikasi  fenetik merupakan suatu sistem klasifikasi  dimana menaksir hubungan berdasarkan   kepemilikan karakter yang sama dari   anggotaanggota suatu kelompok.  Sedangkan sistem klasifikasi filogenetik   (kladistik) didasarkan pada sebuah  hubungan perjalanan evolusi karakter dari  setiap anggota suatu kelompok yang  sedang dipelajari (Idramsa, 2013). Dalam praktikum yang dilakukan membahas cara klasifikasi dengan sistem fenetik. Metode analisis fenetik numerik terus digunakan dalam studi tentang pola variasi populasi dan pembatasan spesies (Sebola and Backwill.,2012). Sebagai langkah pertama, penting untuk memperjelas apa yang dimaksud dengan fenetik. Kata itu diperkenalkan oleh Kain & Harrison pada tahun 1960 untuk menggambarkan suatu pendekatan di mana "terbentuk atau disusun" berdasarkan kesamaan keseluruhan karakter tanpa bobot, yang tersedia. Dikatakan sebagai fenetik, karena mencangkup semua karakter yang dapat diamati. Kain & Harrison memandang memandang suatu pengaturan ini sebagai suatu hal yang berbeda dari klasifikasi: pengaturan ini menempatkan bentuk-bentuk serupa di dekat masing-masing karakter yang lain, sedangkan klasifikasi membatasi kelas diskrit (misalnya., taksa). Sementara itu McNeill dengan hati-hati membandingkan  pengaturan korelasi antar spesies yang diperkenalkan oleh Kain & Harrison, dengan dengan klasifikasi, yaitu dengan menciptakan "penyederhanaan "penyederhanaan yang yang memadai" dengan mengonversi Pengaturan fenetik " yang didefinisikan dengan jarak" (mis.,

 

 

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

 No. Dokumen Dokumen Berlakusejak

FO-UGM-BI-07 FO-UGM-BI-07-13 -13 03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

3dari

Dendrogram) ke dalam klasifikasi yang ditentukan dalam bentuk peringkat (Jensen.,2009). Taksonomi numeric fenetik didefinisikan oleh Sokal & Sneath (1973) sebagai “Pengelompokan dengan metode numerik unit taksonomi ke taksa  berdasarkan status karakter mereka ", dan mereka menekankan bahwa "tujuan luar  biasa dari taksonomi numeric adalah pengulangan dan objektivitas". Pengulangan dimaksudkan dengan harapan bahwa taksonomis individual dapat mencapai hasil yang sama ketika menggunakan metode yang sama untuk memeriksa karakter yang sama, sehingga menghilangkan bias dalam interpretasi. Sedangkan objektivitas mengacu pada mengesampingkan asumsi a priori tentang karakter mana yang harus diperiksa dan bagaimana mereka harus ditimbang, sehingga mengarah ke klasifikasi yang kurang subyektif sehubungan dengan hubungan ditampilkan di antara taksa. Kunci untuk pandangan objektivitas ini adalah bahwa "metode standar dalam memproses data dan mengevaluasi hasilnya hanya akan mengurangi bias kesubjektifannya " (Jensen, 2009). Taksonomi numerik fenetik meningkatkan identifikasi fenotipik dengan meningkatkan jumlah tes yang digunakan dan dengan menghitung koefisien kesamaan fenetik antara strain dan spesies. Untuk studi numerik, hasilnya ditabulasikan dalam tabel t organisme versus n karakter dan istilah OTU (taksonomi operasional unit) digunakan untuk strain individu. Masing  – masing masing karakternya adalah berbobot sama dan harus berasal dari berbagai berbagai kategori sifat (morfologi, fisiologi, biokimia, dll.). Jumlah umum karakteristik dianggap sebagai ukuran kuantitatif keterkaitan taksonomi, meskipun ini tidak berarti bahwa organisme juga terkait secara filogenetik (Schleifer, 2009).  Oleh karena itu untuk dapat melakukan karakterisasi suatu strain pembanding sehingga akan didapatkan sejumlah karakter yang dapat digunakan sebagai bukti untuk memperkuat strain yang dikarakterisasi. Salah satu syarat penggunaan taksonomi numeric fenetik adalah berdasarkan sebanyak-banyaknya karakter. Pada  praktikum yang telah dilakukan digunakan 6 macam strain khamir yang dikarakterisasi menggunakan pengamatan morfologi sel ,koloni, dan spora serta uji  biokimiawi. b.  Tujuan

 

 

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

 No. Dokumen Dokumen Berlakusejak

FO-UGM-BI-07 FO-UGM-BI-07-13 -13 03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

4dari

Tujuan dari praktium ini adalah untuk mempelajari perbandingan hasil dendogram kedua indeks similaritas Ssm dan Sj serta mempelajari klasifikasi OTU yang dihasilkan berdasarkan kedua indeks similaritas Ssm dan Sj. Kemudian untuk mengetahui hubungan kemiripan antar strain khamir berdasarkan kedua indeks similaritas Ssm dan Sj menggunakan metode taksonomi numeric fenetik. B.  METODE

 b.1. Alat dan Bahan Alat yang digunakan dalam praktikum ini adalah mikroskop cahaya, mikroskop  binokuler tabung reaksi, petridish, ose, rak tabung reaksi, bunsen, bunsen, tabung Durham, object  glass dan  glass  dan gelas penutup. Bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah 6 strain khamir (A, B,C, D, E, dan F) yang telah disediakan oleh laboratorium, medium NA, medium cair dan reagenreagen yang digunakan dalam uji karakter (cat methylene blue, blue, malachite green (5 green (5 %) dan  safranin   (0,5 %)), medium irisan wortel, medium basal fermentasi, medium YME ,  safranin glukosa, AAG.  b.2. Cara Kerja Dalam praktikum ini, terdapat berbagai langkah kerja yang harus dilakukan. Langkahlangkah kerja tersebut adalah sebagai berikut: a.  Morfologi sel Gelas benda dibersihkan dengan alkohol dan diganggang dengan bunsen. Kultur khamir diambil dengan ose dan diratakan di atas gelas benda. Fiksasi dilakukan dengan melalukan gelas benda di atas nyala lampu spiritus. Setelah dingin, gelas benda ditetesi dengan cat methylen blue  blue  dan didiamkan selama 2-5 menit. Cat dibilas dengan air mengalir, kemudian dikering-anginkan, dan dilakukan pengamatan pada perbesaran 40x atau 1000x. Dilakukan  pengamatan bentuk sel (oval, silindris, bulat, lemon-shaped / apiculate, triangular, pseudomycelium), pseudomycelium), tipe pertunasan (multilateral, (multilateral, monopolar,  fission).  fission ).  b.  Morfologi spora Strain khamir dikultur dalam medium irisan wortel dan diinkubasikan pada suhu kamar selama 1  –   2 minggu. Dibuat preparat pada gelas benda dan

 

 

BORANG

 No. Dokumen Dokumen Berlakusejak

FO-UGM-BI-07 FO-UGM-BI-07-13 -13 03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

5dari

LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

diwarnai dengan malachite green  green  (5 %) dan  safranin  safranin (0,5  (0,5 %). Selanjutnya dilakukan pengamtan bentuk akrospora (Tapered (Tapered bud conjugan, saturn, Head Shape with tip acrospore, Deli quiescent, tidak quiescent, tidak berspora). c.  Morfologi Koloni Strain khamir dikulturkan dan koloni diamati bentuk pertumbuhan koloni (circular, irregular, filamentous, curled, amoboid ), ), margin/tepi koloni ( smooth/entire,  smooth/entire, lobate, wavy/undulate, irregular, ciliate, filamentous), filamentous), elevasi (flat, raised, convex, droplike, umbonate), umbonate), profil ( smooth&flat,  smooth&raised, smooth-creater form), form), warna (putih, krem, coklat, abu-abu),  pada agar miring diamati bentuk pertumbuhan ( spreading, echinulate) echinulate) dan  pertumbuhannya (lebat, sedang, sedikit), ukuran single k koloni oloni ( small,  small, large), large),  pada

medium

cair

diamati

kejernihan

(opaque opaque//

tidak

tembus ,

translucent/transparan translucen t/transparan di luar, transparan), d.  Pengujian Karakter Fisiologis Dalam pengujian sifat biokimiawi, terdapat beberapa uji yang harus dilakukan, yaitu: 1.  Pertumbuhan dalam 1% AAG Strain khamir diinokulasikan pada media 1% asam asetat padat secara goresan dan diinkubasikan pada suhu kamar selama 3 – 6 hari. Hasil  positif ditandai dengan adanya pertumbuhan pertumbuhan koloni pada media. 2.  Pertumbuhan dalam 50% Glukosa Strain khamir diinokulasikan pada medium YME Agar plate yang mengandung 50 % (w/v) glukosa secara goresan. Inkubasi dilakukan  pada suhu kamar selama 3 hari. Pertumbuhan ditandai dengan tumbuhnya koloni khamir pada media. 3.  Produksi asam dari Glukosa Strain khamir diinokulasikan pada media glukosa 5% agar secara goresan dan diinkubasikan pada suhu kamar selama 3 hari. Apabila terdapat zona  jernih maka strain khamir tersebut mampu menghasilkan asam dari glukosa. 4.  Pertumbuhan dalam medium irisan wortel

 

 

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

 No. Dokumen Dokumen Berlakusejak

FO-UGM-BI-07 FO-UGM-BI-07-13 -13 03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

6dari

Strain khamir dikultur dalam medium irisan wortel dan diinkubasikan  pada suhu kamar selama s elama 1 –  1  –  2  2 minggu. Diamati pertumbuhannya (tidak tumbuh, tumbuh sedikit, sedang, lebat). 5.  Pertumbuhan dalam medium cair Strain khamir diinokulasikan pada media YME broth dan diinkubasikan  pada suhu kamar selama 3 hari - 1 minggu. Hasil positif ditandai dengan adanya endapan atau lapisan pada permukaan medium. 6.  Uji fermentasi Satu ose kultur murni khamir diinokulasikan ke dalam medium basal fermentasi (Wickerham medium) pada tabung reaksi yang telah dipasangi tabung Durham. Inkubasi dilakukan pada suhu kamar. Selanjutnya dilakukan pengamatan terhadap produksi gas CO2 dan  perubahan warna pada pada medium. Adanya gas gas CO2 dan warna kuning kuning pada medium menunjukkan hasil yang positif. 7.  Pertumbuhan dalam berbagai temperatur Strain khamir diinokulasikan pada medium YME Agar plate secara goresan. Inkubasi dilakukan pada temperatur 5º C, suhu kamar 27º C, dan 55º C selama 3 hari - 1 minggu. Hasil positif ditandai dengan adanya  pertumbuhan koloni khamir. khamir. 8.  Produksi ester Strain khamir diinokulasikan pada media YME agar miring secara goresan dan diinkubasikan pada suhu kamar selama 3 hari. Hasil positif ditunjukkan oleh adanya bau ester yang dihasilkan oleh strain khamir. Semua karakter yang telah diamati kemudian dicatat di table n x t. e.  Penghitungan Nilai Similaritas  Nilai similaritas dihitung menggunakan dua macam metode yaitu simple matching coefficient (Ssm) dan Jaccard coefficient (Sj). Rumus dari Ssm dan Sj adalahsebagai berikut :

Ssm

:

+  x 100 % +++  ++ x 100 %

Sj : Keterangan :

(Stuessy, 2009)

 

 

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

 No. Dokumen Dokumen Berlakusejak

FO-UGM-BI-07 FO-UGM-BI-07-13 -13 03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

7dari

a : jumlah karakter yang (+) untuk kedua strain  b : jumlah karakter yang (+) untuk strain pertama dan (-) untuk strain kedua c : jumlah karakter yang (-) untuk strain pertama pert ama dan (+) untuk strain kedua d : jumlah karakter yang (-) untuk kedua strain f.  Analisis Pengklusteran Analisis pengklusteran didapatkan dengan metode perhitungan algoritma  penglusteran. Algoritma pengklusteran yang yang digunakan adaah average linkage, yaitu nilai penyatuan dua strain atau lebih berada pada nilai rata-ratanya. r ata-ratanya. Dari perhitungan menggunaan average linkage didapatkan pada level tertentu terjadi terja di penyatuan strain mikrobia yang diidentifikasi. g.  Konstruksi Dendogram Setelah analisis pengklusteran selesai, maka dari hasil analisis tersebut dapat dibuat dendogram untuk mengklasifikasikan strain mikrobia mi krobia yang diidentifikasi. h.  Penghitungan Nilai Koefisien Korelasi Tingkat kemiripan antar OTU pada dendogram dapat dimasukan ke dalam matriks turunan (Y) kemudian dari matriks turunan dimasukkan dalam table korelasi kofenetik,begitu juga dengan matriks similaritas awal (X). Hasil Hasi l dari perhitungan (X) dan (Y) digunakan untuk penghitungan koefisien korelasi dengan rumus :

R hitung =

 ((∑∑ )−( )−(∑∑ )( )(∑∑ )  x 100 % √ ⌈ ∑ −( −(∑∑ ) ⌋ −(∑∑ ) ⌉ ⌊ ∑ −( (Stuessy, 2009)

Hasil koefisien korelasi diterima jika hasilnya lebih dari 60 %.

C.  HASIL

Hasil dari praktikum yang telah dilakukan adalah sebagai berikut : Tabel 1. Matriks n x t karakterisasi strain bakteri  No

Karakter (n) A

B

-

+

Strain (OTU) C D

E

F

-

+

Morfologi koloni 1.

Bentuk Koloni -Circular

-

-

 

 

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

2.

3.

4.

5.

6.

-Irregular Margin -Entire -Undulate Elevasi -Convex -Pulvinate Warna Koloni -Putih kekuningan -Putih Susu -Putih Kecoklatan Ukuran Koloni -Kecil -Besar -Sedang Transparansi Koloni -Transluent -Opaque

Morfologi Sel 1. Bentuk Sel -Oval -Pear Shaped -Elongated -Spherical -Lemon Shaped 2. Tipe Pertunasan -Bipolar -Monopolar -Multipolar Morfologi Spora -Bulat -Oval -Slindris -Tidak membentuk spora Sifat Biokimiawi 1. Fermentasi -Perubahan Warna -Gas -Perubahan Warna + Gas 2. Pertumbuhan Spora pada Wortel -Tidak Tumbuh -Tumbuh Sedang -Tumbuh Lebat 3. Pertumbuhan padaYME Broth -Endapan -Keruh

 No. Dokumen Dokumen Berlakusejak

FO-UGM-BI-07 FO-UGM-BI-07-13 -13 03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

8dari

+

-

+

+

+

-

+ -

+ -

+

+

+ -

+

+ -

+ -

-

+ -

+ -

+ -

+ -

+ -

+ -

+ -

+ -

+

+ -

+ -

+ -

+

+

+ -

+ -

+

+ -

+ -

+ -

+ -

+ -

+ -

+ -

+ -

+

+ -

+

+ -

+ -

+

+ -

+ -

+

+

-

-

+

-

-

-

+ -

+ -

-

+

+ -

+ -

+ + +

+ + +

+ + +

-

+

+

+ -

+ -

+

+ -

+ -

+ +

+ +

+ +

+ +

+ +

 

 

BORANG

 No. Dokumen Dokumen Berlakusejak

FO-UGM-BI-07 FO-UGM-BI-07-13 -13 03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

9dari

LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

4.

5.

6.

7.

8. 9.

Pertumbuhan pada Glukosa 50 % -Sedikit -Sedang -Lebat Pertumbuhan pada Asam Asetat 1 %

+ -

+ -

+ -

+

+ -

+

-Tidak Tumbuh -Tumbuh Pertumbuhan pada 0 ͦ C -Tidak Tumbuh - Sedikit - Sedang Pertumbuhan pada 37 37  ͦ C -Sedikit -Sedang -Lebat Pertumbuhan pada 55 55  ͦ C -Tidak Tumbuh Produksi Ester

+ -

+

+

+ -

+

+ -

+ -

+ -

+

+ -

+ -

+ -

+ -

+ -

+ -

+ -

+ -

+

+

+

+

+

+

+

-Menyengat -Sedang

+

+

+

+ -

+ -

+ -

Tabel 2. Matriks Similaritas Ssm Ssm A B C D E F

A 100 % 60.42% 52.08% 56.25% 60.42% 58.33%

B

C

D

E

F

100% 45.83% 41.67% 66.67% 47.92%

100% 58.33% 58.33% 43.75%

100% 70.83% 60.42%

100% 52.08%

100%

B

C

D

E

F

100 % 21.21% 17.65% 42.86% 19.35%

100 % 35.48% 35.48% 35.48% 18.18% 18.18%

100 % 50,00% 34.48%

100 % 25.81%

100 %

Tabel 3. Matriks Similaritas Sj Sj A B C D E F

A 100 % 32.14% 25.81% 30.00% 34.48% 28.57%

Tabel 4. Clustering analisis SSm

 

 

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

 No. Dokumen Dokumen Berlakusejak

FO-UGM-BI-07 FO-UGM-BI-07-13 -13 03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

10dari

Ssm

D

E

C

A

B

F

100 % 90 % 80 % 70.83 % 60.42 % 58.33 % 53.82 % 52.5 %

D D D

E E E

C C C C C

A A A A

B B B B

F F F F F F F

DE DE

AB AB

DEC DECAB DECABF

Tabel 5. Clustering analisis Sj Sj

D

E

C

A

B

F

100 % 90 % 80% 70% 60% 50% 40% 35.48% 32.14 % 28.67 % 25.28 %

D D D D D

E E E E E

C C C C C C C

A A A A A A A A

B B B B B B B B

F F F F F F F F F F

DE DE DEC DEC

AB DECAB DECABF

 

 

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

 No. Dokumen Dokumen Berlakusejak

FO-UGM-BI-07 FO-UGM-BI-07-13 -13 03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

11dari

D E

C

A B

F

52,5 %

53,82 %

58,33 %

60,42 %

70,83 %

80%

90%

100%

Gambar 1. Dendogram hasil analisis numeric fenetik Ssm

D

E

C

A

B

F

25,28

28,67

%

%

32,14

35,48

%

%

40%

50%

60%

70%

80%

Gambar 2. Dendrogram hasil analisis numeric fenetik feneti k Sj

90%

100%

 

 

BORANG

 No. Dokumen Dokumen Berlakusejak

FO-UGM-BI-07 FO-UGM-BI-07-13 -13 03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

12dari

LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

Tabel 6. Matriks turunan Ssm Ssm A B A 100 % B 60.42% 100% C D E F

53.82% 53.82% 53.82% 52.5%

53.82% 53.82% 53.82% 52.5%

Tabel 7. Matriks turunan Sj Sj A B A 100 % B 32.14% 100% C 28.67% 28.67% D 28.67% 28.67% E 28.67% 28.67% F 25.28% 25.28%

C

D

E

F

100% 58.33% 58.33% 52.5%

100% 70.83% 52.5%

100% 52.5%

100%

C

D

E

F

100% 35.48% 35.48% 25.28%

100% 50 % 25.28%

100% 25.28%

100%

 Nilai R Indeks Similaritas Ssm : 59.24 %  Nilai R Indeks Similaritas Sj : 70.21 %

D.  PEMBAHASAN Taksonomi numerik merupakan suatu pengelompokan dengan metode

numerik satuan taksonomi menjadi taksa berdasarkan status karakternya. Taksonomi numerik berupaya mendasarkan klasifikasi pada sejumlah besar karakter dari banyak kumpulan data dalam upaya menghasilkan klasifikasi fenetik sepenuhnya dari  prediktabilitas maksimum. Taksonomi numerik bertujuan untuk menentukan hubungan fenetik antara organisme atau taksa. Cain dan Harisson (1990) mendefinisikan hubungan fenetik sebagai suatu pengaturan oleh kesamaan keseluruhan, berdasarkan semua karakter tanpa bobot bobot yang tersedia (Singh, (Singh, 2010). Persamaan dan ketidaksamaan antara strain uji dapat diperkirakan setelah matriks nxt telah selesai dan data dimasukkan ke dalam computer, banyak koefisien similaritas yang diketahui, meskipun sedikit yang menemukan manfaat dalam taksonomi bakteri. Dua yang paling umum digunakan adalah Simple Matching (Ssm) dan Jaccard (Sj) koefisien, yang mengukur kesamaan antara data  biner berbasis OTU. Hubungan yang terdeteksi menggunakan menggunakan koefisien similaritas Ssm tidak didasarkan pada korelasi negatif. yaitu OTU dianggap serupa karena mereka memiliki banyak anggota anggota dari karakter negatif yang sama. Strain negatif mungkin mungkin gagal

 

 

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

 No. Dokumen Dokumen Berlakusejak

FO-UGM-BI-07 FO-UGM-BI-07-13 -13 03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

13dari

memberikan hasil positif karena alasan yang berbeda-beda. Misalnya, beberapa strain mungkin secara genetik tidak dapat memberikan respon positif, sedangkan organisme lain mungkin tidak dapat melakukannya dalam kondisi pengujian tertentu. Sedangkan koefisien Sj sangat berguna dalam studi yang melibatkan organisme yang tumbuh cepat dan lambat (Lengerler et al ., ., 2009). Pada praktikum ini digunakan 6 strain khamir dan dilakukan beberapa karakterisasi antara lain yaitu pengamatan morfologi koloni, morfologi sel, morfologi spora dan uji sifat biokimiawi dengan jumlah total karakter adalah 48 karakter. Pengamatan morfologi koloni menggunakan agar plate. Morfologi yang diamati antara lain yaitu bentuk koloni meliputi circular dan irregular, margin meliputi entire dan undulate, elevasi meliputi convex dan pulvinate, warna koloni meliputi putih kekuningan, putih susu dan putih kecoklatan, ukuran koloni meliputi kecil,besar dan sedang, dan transparansi koloni meliputi translucent dan opaque. Kemudian pengamatan morfologi sel terdiri dari pengamatan karakter bentuk sel yaitu berbentuk oval,pear shaped,elongated,spherical, atau lemon shaped, dan tipe pertunasan meliputi  bipolar,monopolar atau multipolar. Kemudian pengamatan morfologi spora terdiri dari  bentuk spora meliputi bulat,oval,silindris atau tidak membentuk spora. Karrakterisasi yang

terakhir

dilakukan

adalah

uji

biokimiawi

yang

terdiri

dari

uji

fermentasi,pertumbuhan spora pada wotel, YME Broth, Glukosa 50 %, Asam asetat 1 %,suhu 0  0 ͦ C, 37  37 ͦ C, dan 55  55 ͦ C serta pengamatan produksi ester. Berdasarkan hasil clustering yang telah dilakukan didapatkan hasil bahwa dari perhitungan indeks similaritas Ssm diketahui bahwa terjadi fusi dua strain bakteri yaitu D dan E di level 70.83 %. Fusi antara strain D dan E tersebut menunjukan bahwa kedua strain tersebut masih dikategorikan dalam satu spesies yang sama menurut taxo species concept. Berdasarkan clustering analysis analisis a nalisis tersebut jika dibuat dendogram diketahui bahwa didapatkan 5 spesies strain khamir dengan indeks similaritas Ssm. Sedangkan pada perhitungan dengan indeks similaritas Sj diketahui bahwa terjadi dua fusi strain khamir pada level 50 % dan tidak ada fusi antar strain di level ≥70%. ≥70% . Berdasarkan hasil tersebut jika dibuat dendogram didapatkan 6 spesies strain khamir dengan indeks similaritas Sj. Konsep satu spesies berdasarkan taxo-species concept yaitu  jika spesies yang beranggotakan strain-strain khamir memiliki kemiripan berada pada level ≥70% (Priest ≥70% (Priest and Goodfellow,1999). G oodfellow,1999).

 

 

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

 No. Dokumen Dokumen Berlakusejak

FO-UGM-BI-07 FO-UGM-BI-07-13 -13 03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

14dari

Kemudian dari dendogram yang didapatkan dilakukan evaluasi dendogram dan hasil evaluasi tersebut di masukan dalam matriks similaritas simil aritas dendogram atau matriks turunan. Selanjutnya dilakukan penghitungan korelasi kofenetik antara matriks similaritas awal dengan matriks turunan hasil evaluasi dendogram. Dari penghitungan korelasi kofenetik ini didapatkan nilai R atau koefisien korelasi indeks similaritas Ssm dan Sj sebesar 59.24% dan 70.21%. Hasil tersebut dapat diterima karena berada pada level diatas diatas ≥ 60%. ≥  60%. Berdasarkan hasil perhitungan koefisien korelasi indeks similaritas Ssm tidak dapat diterima karena berada pada level ≤ 60%. Perhitungan koefisien korelasi indeks similaritas Sj diterima karena berada pada level≥ 60%.  Nilai koefisien korelasi indeks similaritas Sj lebih tinggi dibandingkan dengan Ssm hal ini dapat disebabkan karena karakter yang didapatkan dan digunakan untuk menghitung indeks similaritas  jumlahnya berbeda. Pada indeks similaritas Ssm,sifat karakter yang “keduanya positif ”  (a), “ positif  –   negatif” negatif”   (b), “negatif - positif ”  (c), dan “keduanya negatif” negatif” (d)  (d) dihitung sedangkan pada Sj sifat karakter keduanya negatif (d) tidak ikut dihitung. Jadi nilai koefisien korelasi indeks similaritas Ssm lebih rendah dari Sj karena lebih banyak karakter “keduanya negatif” (d) dar ipada ipada karter lainnya.

E.  KESIMPULAN

Dari hasil praktikum yang telah dilaksanakan dapat disimpulkan bahwa pada klasifikasi numeric fenetik menggunakan perhitungan indeks similaritas Ssm didapatkan 5 spesies dari 6 strain khamir yang digunakan sedangkan pada indeks similaritas Sj didapatkan 6 spesies dari 6 strain khamir yang digunakan. Kemudian nilai koefisien korelasi indeks similaritas Sj lebih tinggi dibandingkan dengan indeks similaritas Ssm, dimana koefisien korelasi indeks similaritas Ssm tidak dapat diterima karena berada pada level ≤ 60%.  60%. 

F.  DAFTAR PUSTAKA

Idramsa. 2013. Peran sistematika mikrobia dalam mengungkap keanekaragaman mikroorganisme. Jurnal mikroorganisme.  Jurnal Keluarga Sehat Sejahtera Vol. Sejahtera Vol. 11 (22). P :58 –  :58  –  63  63 J.2009. 9. Phenetics: revolution, reform or natural consequence. consequence. Jensen, Richard J.200 Taxon..58 (1) • P: 50– 60 Taxon 60

 

 

BORANG

 No. Dokumen Dokumen Berlakusejak

FO-UGM-BI-07 FO-UGM-BI-07-13 -13 03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

15dari

LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

Lehngerler,J.W.,Dwes,Grehat.,Schlegel,h.G. 2009. Biology 2009. Biology of the prokaryotes.  prokaryotes.   New York. Blackwell Science. P : 682 Priest,Fegus and Goodfellow. 1999. Applied Mibcrobial Sistematics. Kluwer Academic Publisher. Netherland. P : 8-10, 94 Schleifer ,Karl Heinz. 2009. Classification of Bacteria and Archaea: Past, present and future. Science direct . 32 (2009) . P : 533 – 542 542 or Sebola ,R.J, Balkwill ,K. 2013. Calibration, verification and stepwise analysis ffor numerical phenetics: Olinia (Oliniaceae) as an example. example. South African  Journal of Botany. 88 (2013) 42 – 5 55 5 Singh,Gurcharan. 2010. Plant 2010. Plant systematics an itegrated approach. approach. New Jersey. Science Publisher. P : 210-212 Stuessy, T.D. 2009. Plant Taxonomy : The systematic Evaluation of Comparative  Data Second Edition. New York . Colombia University Press. Page : 63 White,Chrisa.,and Zainasheff,Jamil. 2010. Yeast Practical Guide To Beer  Fermentation.. Colorado. Brewer publication. Page : 17  Fermentation

G.  LAMPIRAN

Tabel 8. Koefisien Korelasi Indeks Similaritas Ssm

 2 

2 

XY

SSM

X

Y

AB

60.42

60.42

3650.576

3650.576

3650.576

AC

52.08

53.82

2712.326

2896.592

2802.946

AD

56.25

53.82

3164.063

2896.592

3027.375

AE

60.42

53.82

3650.576

2896.592

3251.804

AF

58.33

52.5

3402.389

2756.25

3062.325

BC

45.83

53.82

2100.389

2896.592

2466.571

BD

41.67

53.82

1736.389

2896.592

2242.679

BE

66.67

53.82

4444.889

2896.592

3588.179

BF

47.92

52.5

2296.326

2756.25

2515.8

CD

58.33

58.33

3402.389

3402.389

3402.389

CE

58.33

58.33

3402.389

3402.389

3402.389

CF

43.75

52.5

1914.063

2756.25

2296.875

DE

70.83

70.83

5016.889

5016.889

5016.889

DF

60.42

52.5

3650.576

2756.25

3172.05

EF

52.08

52.5

2712.326

2756.25

2734.2

Σ 

833.33

833.33

47256.56

46633.05

46633.05

 

 

BORANG

 No. Dokumen Dokumen Berlakusejak

FO-UGM-BI-07 FO-UGM-BI-07-13 -13 03 Maret 2008

Revisi

00

Halaman

16dari

LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

Perhitungan r : r 



 xy)  ( x)(  y)  x100%   2 2 2 2 [(n x )  ( x) ][( ][( n  y )  (   y ) ] n(

15(46633.05) (833.33)(833.33) 

r 

100%

 



x

[((15)(47256.56)) (833.33) 2 ][((15)(46633.05)) 



(833.33) 2 ]



59.24%

Tabel 9. Koefisien Korelasi Indeks Similaritas Sj

2  

 2 

XY

SJ

X

Y

AB

32.14

32.14

1032.98

1032.98

1032.98

AC

25.81

28.67

666.1561

821.9689

739.9727

AD

30

28.67

900

821.9689

860.1

AE

34.48

28.67

1188.87

821.9689

988.5416

AF BC

28.57 21.21

25.28 28.67

816.2449 449.8641

639.0784 821.9689

722.2496 608.0907

BD

17.65

28.67

311.5225

821.9689

506.0255

BE

42.86

28.67

1836.98

821.9689

1228.796

BF

19.35

25.28

374.4225

639.0784

489.168

CD

35.48

35.48

1258.83

1258.83

1258.83

CE

35.48

35.48

1258.83

1258.83

1258.83

CF

18.18

25.28

330.5124

639.0784

459.5904

DE

50

50

2500

2500

2500

DF

34.48

25.28

1188.87

639.0784

871.6544

EF

25.81

25.28

666.1561

639.0784

652.4768

Σz

451.5

451.52

14780.24

14177.85

14177.31

Perhitungan r :

r 



 xy)  ( x)(  y)  x100%   2 2 2 2 [(n x )  ( x) ][( ][( n  y )  (   y ) ] n(

15(14177.31) (451.5)(451.52) 

r 

 



[((15)(14780.24)) (451.5) 2 ][((15)(14177.85)) 

100%

x 

(451.52) 2 ]



70,21%