Extracción y Purificación de ADN

 

 

Extracción y purificación de ADN  Anandika Dhaliwal (anandika (anandika dot dhaliwal at gmail dot com) com) Rutgers University, New Jersey, United States Translator  Agustin Carbajal (quiocarbajal (quiocarbajal at gmail dot com) Cordoba, Argentina DOI //dx.doi.org/10.13070/mm.es.3.191 Date fecha : 2018-05-24; original version : 2013-05-26 Cite as

 

MATER METHODS METHODS es 2013;3:191

Resumen Revisión exhaustiva sobre kits de extracción y purificación de ADN citados en literatura. English Abstract  A comprehensive comprehensive review review about about DNA extraction and purification purification kits cited in literature. literature. Introducción Consideraciones básicas

La extracción del ADN es necesaria en multitud de aplicaciones de la biología molecular. Existe un gran número de kitsdiferentes comerciales. Se ADN ha demostrado que la sensibilidad de detección de la PCR es diferente para kits de [1]. [agrandar]   [agrandar]

 

1. Pasos básicos involucrados en todos los métodos de extracción de ADN. Figura 1. Pasos

Seleccionar el kit correcto puede ahorrar un valioso tiempo en la optimización del kit y la ejecución del experimento. Los factores a considerar para seleccionar un kit incluyen: 1.

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Origen de la muestra: diferentes diferentes kits son utilizados utilizados para diferentes diferentes orígenes, incluyendo tejidos humanos, sangre, pelo, tejidos de roedores, hojas, bacterias, levaduras, hongos, insectos, heces, fluidos corporales, esporas, suelo, muestras clínicas (por ej. muestras de biopsias, aspirados), muestras forenses (por ej. manchas de sangre seca, hisopados bucales) y huellas dactilares. Método de preparación: preparación: la preparación de la muestra puede ser: precipitados precipitados frescos o previamente congelados, secciones de en tejidos embebidos enpreservadas parafina o fijados con formalina, secciones de tejido congelado, células fijadas etanol y muestras en Orange® . Uso previsto: la calidad y pureza del ADN obtenido con el kit debe ser la adecuada adecuada para las subsiguientes aplicaciones, las cuales pueden ser secuenciación, determinación determinación del perfilgenético, PCR, qPCR, Southern blot, RAPD, AFLP y RFLP, digestiones con enzimas de restricción, preparación de bibliotecas génicas mediante secuenciación por “shotgun”.  “shotgun”.  Contenido húmico: húmico: si la muestra presenta presenta contenido húmico húmico tal como compost, compost, sedimento sedimento y estiércol, estiércol, se debe utilizar un kit/método que elimine tales substancias, ya que podrían inhibir las subsiguientes aplicaciones como la PCR. Cantidad de muestra: muestra: el kit a ser ser utilizado depende depende del número de células de mamífero cultivadas (10 (10 5-107) 6 11 y células bacterianas (10 -10 ), tejido (mg), cantidad de sangre (100 ul to 1 ml), suelo (250 mg - 10 g), tejido de hoja de planta (mg), etc. Rendimiento. Automatización. Simplicidad: la operación operación del kit depende de la experiencia experiencia del personal.

Origen de muestra CC TM Sa Ba Fu Al Le Pl In

microbios  Bacterial Genomic DNA Mini-prep Kit (BayGene)

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QIAprep Spin Miniprep Kit (Qiagen)

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QIASymphony Virus/Bacteria Kits (Qiagen)

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ZR Fecal DNA Mini Prep (Zymo Research)

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Plasmid Maxi Kit (Qiagen)

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BACMAX DNA purification kit (Epicentre Biotechnologies)

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PowerMax Soil DNA Isolation Kit (MO BIO Laboratories)

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PowerSoil DNA isolation kit (MO BIO Laboratories)

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C élul lulas as y tej tej i do doss de ma mam mí fer os  AccuPrep Genomic DNA Extraction Kit (Bioneer)

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Arcturus DNA Extraction Kit (Arcturus)

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GFX Genomic Blood DNA Purification Kit (GE Healthcare)

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DNA Isolation Kit for mammalian blood (Roche)

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InnuPrep DNA minikit (AJ Innuscreen)

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QIAamp DNA mini kit (Qiagen)

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AllPrep DNA/RNA Mini Kit (Qiagen)

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Agencourt DNAdvance Kit (Beckman Coulter)

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 pla  plant nta as   NucleoSpin 8 Plant and NucleoSpin 96 Plant II, Clontech

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DNeasy 96 Plant Kit (Qiagen)

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 Nucleon Kits (GE PhytoPure Healthcare)Genomic DNA Extraction

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C élulas de mamí fer os y mi mi crob cr obii os  DNA Isolation Kit for cells and tissues (Roche)

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Purelink Genomic DNA extraction kit (Invitrogen)

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DNeasy Blood and Tissue Kit (Qiagen)

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Genomic DNA from Tissue kit (Macherey  Nagel)

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GeneJET Genomic DNA Purification Kit

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FastDNA SPIN Kit ( MP Biomedicals)

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ArchivePure DNA purification kit (5Prime)

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DNA Isolation Kits (BioBasic)

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FastDNA Kit (MP Biomedicals LLC)

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DNAzol® Reagent (Invitrogen)

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Easy-DNA® Kit (Invitrogen)

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Células de mamíferos, microbios y plantas 

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Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega)

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 sangre  sa ngre  DNA Isolation Kit for mammalian blood (Roche)

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InnuPREP Blood DNA Mini Kit (AJ Innuscreen)

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Porductos de PCR   Wizard® PCR Preps DNA Purification System (Promega) QIAquick PCR Purification Kit (Qiagen) MinElute PCR Purification Kit (Qiagen) GenElute™ PCR Clean-Up Clean-Up (Sigma-Aldrich) PureLink® PCR Purification Kit (Life Technologies) GeneJet PCR Purification Kit (Thermo Scientific)

E xtr xtra acción d de e gel  MinElute Gel Extraction Kit (Qiagen) ZymocleanTM Gel DNA Recovery Kit (Zymo Research)

Ot Otrr os K Kii ts   NEBNext DNA Sample Prep Reagent Set 1 (New England Biolabs) GS FLX Titanium Rapid Library Preparation Kit (Roche) 1.. Kits Tabla 1

para la extracción y purificación de ADN. CC: células en cultivo; TM: tejido de mamíferos; Sa: sangre; Ba: bacterias; Fu: hongos (fungi); Al: algas; Le: levaduras; Pl: plantas; In: insectos Los criterios básicos que debería cumplir un método para purificar ADN de cualquier origen incluyen: (1) extracción eficiente, (2) cantidad de ADN purificado suficiente para las subsiguientes aplicaciones, (3) eliminación de contaminantes, (4) calidad y pureza del ADN. La absorción ultravioleta puede ser utilizada para evaluar la pureza del ADN extraído. Para una muestra pura de ADN, la relación entre la absorbancia a 260 y 280 nm (A260/A280) es 1.8. Una relación < 1.8 indica que la muestra se encuentra contaminada con proteínas o solventes

 

orgánicos como fenol. En la figura 1 se listan los pasos básicos involucrados en el método de purificación de ADN. Métodos comunes de purificación de ADN

Diferentes métodos de extracción resultan en diferente pureza y rendimiento de ADN. Algunos de los métodos han sido evaluados sistemáticamente para aplicaciones específicas tales como muestras de suelo y sedimento [2], microbioma humano [3], y muestras fecales [4-6]. Extracción orgánica

En este método convencional, ampliamente utilizado, las células son lisadas y los restos celulares se eliminan generalmente por centrifugación. Las proteínas son desnaturalizadas/digeridas utilizando una proteasa y precipitadas con disolventes orgánicos tales como fenol, o una mezcla 1:1 de fenol y cloroformo, y el precipitado de proteínas es eliminado por centrifugación. El ADN purificado suele ser recuperado por precipitación con etanol o isopropanol. En presencia de cationes monovalentes como el Na+, y a temperatura de -20°C, el etanol absoluto precipita eficientemente los ácidos nucleicos poliméricos dejando atrás ácidos nucleicos monoméricos y de cadena corta, incluyendo los ribonucleótidos del tratamiento con RNAsa en solución. Este método utiliza disolventes orgánicos tóxicos, relativamente laborioso, y el fenol o cloroformo residual pueden afectar las aplicaciones subsiguientes tales como la PCR. El kit Easy-DNA® Kit (Invitrogen) es un ejemplo. Tecnología basada en sílica

Este es un método ampliamente utilizado en los kits actuales. El ADN se adsorbe específicamente a membranas/esferas/partículas de sílica en presencia de ciertas sales y a un pH particular. Los contaminantes celulares celular es son eliminados mediante diferentes pasos de lavado. El ADN es eluído en un búfer de baja salinidad o búfer de elución. Se utilizan sales caotrópicas para promover la desnaturalización de proteínas y la extracción del ADN. Este método puede ser incorporados en columnas de centrifugado y microchips, es rentable, tiene un procedimiento más simple y rápido que la extracción orgánica, y es compatible con la automatización. Los kits basados en este método incluyen el Purelink Genomic DNA extraction kit (Invitrogen) y el DNeasy Blood and Tissue Kit (Qiagen). Separación magnética

Este método está basado en la unión reversible del ADN a una superficie/esferas/partículas sólidas magnéticas, las cuales han sido recubiertas con un anticuerpo que une ADN o un grupo funcional que interactúa específicamente con el ADN. Tras la unión del ADN, las esferas son separadas de otros componentes celulares contaminantes, lavadas y finalmente el ADN purificado es eluído utilizando extracción con etanol. Este método es rápido y puede ser automatizado. Sin embargo, puede ser más costoso que otras metodologías. Ejemplos son el kit Agencourt DNAdvance (Beckman Coulter) y el Magnetic Beads Genomic DNA Extraction Kit (Geneaid). Tecnología de intercambio aniónico

Este método se basa en la interacción específica entre los fosfatos cargados negativamente presentes en los ácidos nucleicos y moléculas de superficie cargadas positivamente en el substrato. Esta tecnología es utilizada más comúnmente en kits para el aislamiento de plásmidos, tales como el PureLink® HiPure Plasmid DNA Purification Kits (Invitrogen), Qiagen plasmid mini/midi kits y Genomic-tip, y NucleoBond® PC kits (Macherey Nagel). Otros

Otros métodos incluyen la precipitación por sales (“salting out”), grad ientes de densidad de cloruro de cesio y resina chelex 100. Los métodos de aislamiento de ADN suelen ser modificados y optimizados para diferentes tipos celulares. El bromuro de cetiltrimetilamonio (BCTA) y el tiocianato de guanidinio (TCGI) suelen utilizarse en los protocolos de extracción de  ADN de de materias materias vegetales, vegetales, y se analizan analizan con con más detalle en en la sección sección “extracción “extracción de de ADN de tejidos y células vegetales vegetales". ". Kits Comerciales La tabla 1 muestra los kits utilizados en general para la extracción y purificación de ADNsegún el material de Aislamiento de origen. ADN de microbios

 

Las células bacterianas se crecen en medio líquido hasta que alcanzan una densidad máxima de 2-3x109 células/ml, y luego son recolectadas. Las células recolectadas son lisadas, generalmente mediante el uso de reactivos químicos como la lisozima, EDTA, lisozima y EDTA, detergentes, etc., seguido de la eliminación de componentes celulares utilizando el método de extracción por disolvente, o tecnología basada en sílica, etc.. El último paso conlleva la precipitación del ADN para obtener ADN puro y en alta concentración. Para levaduras y otros microbios se sigue un procedimiento similar. Los kits disponibles incorporan modificaciones en el búfer de lisis, el método de separación del  ADN, la membrana membrana utilizada, el búfer búfer de lavado y la recuperació recuperación n del del ADN, ADN, tal como se describe describe a continuación y en la tabla 2. 1.

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Bacterial Genomic Genomic DNA Mini-prep Mini-prep Kit (BayGene/Sigma-Aldric (BayGene/Sigma-Aldrich): h): este kit es aplicable aplicable tanto a bacterias Gram negativas como positivas y el ADN extraído es adecuado para digestiones por endonucleasas de restricción, PCR y Southern blots. Utiliza un sistema basado en sílica con un formato de microcentrifugado y puede aislar ADN de hasta 50 kb de largo. En este kit las células se lisan enzimáticamente enzimáticamente en una solución que contiene sales caotrópicas, y el ADN es adsorbido específicamente específicamente en la membrana de sílica, luego los otros componentes del lisado son lavados y los contaminantes eliminados. Por último, el ADN es eluído en un búfer apropiado. BACMAX DNA purification kit (Epicentre (Epicentre Biotechnologies/Cambio): Biotechnologies/Cambio): es es ideal para aislar ADN de clones de de copia única de BAC (cromosoma bacteriano artificial) o clones BAC CopyControl® inducidos, para aplicaciones tales como secuenciación, identificación genética, PCR y preparación de bibliotecas de secuenciación por “shotgun”. Se basa en un procedimiento de lisis alcalina modificado, y utiliza una mezcla de EPICENTRE's® RiboShredder® y ARNasa junto con varios pasos de precipitación selectiva para eliminar contaminantes. QIASymphony Virus/Bacteria Kits (Qiagen): estos kits kits son utilizados utilizados en combinación con el QIASymphony QIASymphony SP, y pueden purificar ADN de virus de ADN y ARN, así como de bacterias Gram negativas o positivas. Permiten la purificación automática y simultánea de ácidos nucleicos virales del suero, plasma, o fluido cerebroespinal, o ácidos nucleicos virales y bacterianos de varias muestras incluyendo hisopados, aspirados, esputo, lavaje broncoalveolar, orina e hisopados urogenitales. Estos kits están basados en tecnología de partículas magnéticas y producen ácidos nucleicos para ser utilizados directamente en aplicaciones posteriores, incluyendo amplificación y reacciones enzimáticas.Este enzimáticas.Este kit es especialmente aplicable para analizar la microbiota fecal y ha demostrado proporcionar la más alta diversidad, la más alta calidad de ADN y el más alto rendimiento con muestras fecales humanas, comparado con otros kits ampliamente utilizados [4]. ZR Fecal DNA Mini Prep (Zymo Research): ADN tanto del huesped como de las bacterias y protistas (hasta 25 μg/prep) puede ser eficientemente extraído utilizando utilizando este kit a partir de ≤ 150 mg de muestra de heces de mamífero. Las muestras son eficientemente lisadas mediante el batido de de microesferas de ultra alta densidad BashingBeads™. Se utilizan columnas de centrifugado rápido para aislar el ADN, que luego se filtra para eliminar ácidos/polifenoles húmicos que puedan inhibir la PCR. El  ADN eluído está listo listo para ser utilizado en aplicaciones aplicaciones posteriores de base molecular incluyendo PCR, microarrays, genotipación y detección de metilación. Este kit también ha demostrado proporcionar proporcionar una mayor mayor diversidad,un ADN de mayor mayor calidad y un mejor rendimiento a partir de muestras fecales humanas comparado con otros kits de amplio uso, aunque similar a los kits QIASymphony Virus/Bacteria Virus/Bacteria Kits [4]. PowerSoil DNA isolation kit (MO BIO Laboratories Inc): este kit puede ser utilizado utilizado para aislar ADN genómico de microbios de todo tipo de suelos y muestras ambientales, así como de muestras fecales y biosólidos. Incluye un procedimiento patentado para la eliminación de substancias húmicas/marrones húmicas/marrones que elimina los inhibidores de PCR de hasta los tipos de suelo más difíciles, y produce ADN de alta calidad que puede ser utilizado en aplicaciones posteriores tales como PCR, qPCR y secuenciación de última generación. Este kit ha sido empleado para la extracción de ADN para evaluar la microbiota de intestinos humanos por secuenciación de ARNr 16S [5]. PowerMax Soil DNA Isolation Isolation Kit (MO BIO Laboratories Inc): este kit aísla ADN de grandes cantidades cantidades de cualquier muestra ambiental o de suelo, con alta o baja carga microbiana incluyendo bacterias Gram positivas y negativas, hongos, algas y actinomicetes, y con contenido húmico i ncluyendo compost, sedimento y estiércol. Está basado en el kit PowerSoil® ADN Isolation Kit y además utiliza una nueva y patentada tecnología para la eliminación de inhibidores de PCR, incluyendo substancias húmicas. húmicas. El color marrón a menudo se asocia con ADN de suelo. UltraClean Microbial Microbial DNA Isolation Isolation Kit (MO BIO Laboratories Inc): este kit proporciona el aislamiento de  ADN genómico de alta calidad de hasta hasta 50 kb o más, más, a partir de 1,8 1,8 ml de cultivo cultivo microbiano de varios varios de microorganismos incluyendo levaduras, hongos, y bacterias y esporas Gram negativas y positivas. El método de este kit consiste en lisar los microorganismos por una combinación de calor, detergentes y fuerza mecánica con unas microesferas especiales. El ADN liberado es luego unido a una columna de

 

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centrifugado de sílica, lavado y recuperado en tampón Tris certificado de no contener ADN. Este kit ha sido ampliamente utilizado para analizar microbiomas fecales [ 6]. QIAprep Spin Miniprep Kit (Qiagen): este kit proporciona un método miniprep para plásmidos plásmidos que es rápido, simple y rentable para aplicaciones rutinarias de laboratorio de biología molecular. Está basado en la tecnología de membrana de sílica. El procedimiento está basado en la lisis alcalina de las células bacterianas seguido de adsorción del ADN en sílica en presencia de alta cantidad de sales. El ADN plasmídico purificado está listo para ser usado. La extracción por fenol y la precipitación por etanol no son necesarios, y ADN plasmídico plasmídico de alta calidad es eluído en un pequeño volumen de agua o tampón Tris. Plasmid Maxi Maxi Kit (Qiagen): este kit puede ser utilizado para preparar ADN plasmídico superenrollado ultra puro Está en un procedimiento modificado de lisis alcalina, seguido de la unióncon del alto ADNrendimiento. plasmídico a unabasado resina patentada de QIAGEN bajo condiciones apropiadas de baja salinidad y de pH. El ARN, proteínas, tintes, e impurezas de bajo peso molecular son eliminadas mediante un lavado de salinidad media. Finalmente, el ADN es eluído en un tampón de alta salinidad y luego concentrado y desalado por precipitación con isopropanol. Productos relacionados: QIAGEN Plasmid Midi Kit [7] y QIAGEN Plasmid Mini Kit [8].

Kit

Bacterial Genomic DNA Mini-prep Kit (BayGene)

Origen

Cultivo

Rendimiento

Usos y ventaja

Produce ADN  para digestiones  por endonucleasas El rendimiento de restricción, varía desde 15 ug PCR y Southern - 20 ug de ADN a El ADN  partir de 0.8 - 1.5  blots.  purificado posee ml de cultivo de una relación toda la noche, A260/A280 entre dependiendo del 1.6 y 1.9. origen y la Incluye OD600 por ml. diluyente de lisozima y solución ARNasa

Referencias

[9] 

El ADN  purificado es

BACMAX DNA  purification kit (Epicentre Biotechnologies)

BAC Cultivo de cromosomas artificiales de  bacterias (CAB)

adecuado para el secuenciación, la genotipificación, Produce de 0.6 a PCR y 25 ug de ADN de  preparación de CAB a partir de de bibliotecas de 1.5 a 100 ml de [10] 10]  secuenciación un cultivo de  por “shotgun”. copia única de Evita el uso de CAB. columnas o resinas de unión que disminuyen el rendimiento y rompen el ADN.

 

Sin solventes orgánicos tóxicos. Totalmente automatizable y aplicable para

Materiales varios: suero, QIAsymphony Virus/Bacteria kits

 plasma, líquido cefalorraquídeo (LCR), hisopados, aspirados, esputo, heces, lavaje  bronqueoalveolar

hasta 96 muestras, en lotes de 24, son  procesadas en una única tanda

Hasta 25 μg de ZR Fecal DNA Mini Prep (Zymo Research)

Heces de mamíferos (humanos, ratas, ratones, ganado) y aves

ADN total es eluido en ≥25 μl de búfer de elución por muestra (≤ 150 mg)

 purificaciones simultáneas de ADN viral y  bacteriano. Provee ADN de alta calidad para aplicaciones  posteriores.

[4] 

Aísla ADN libre de inhibidores de PCR y es adecuado para PCR, microarrays, genotipificación, [4]  detección de metilación, etc. Omite el use de desnaturalizantes orgánicos (proteinasas). Produce ADN altamente  purificado libre

PowerMax Soil DNA Isolation Kit (MO BIO Laboratories)

Muestras Purifica ADN a ambientales o de  partir de 10 g de suelo con alto o suelo en 30  bajo contenido minutos. microbiano

de inhibidores de PCR, el cual  puede ser utilizado para PCR y qPCR. 11]  [2, 11] Alta sensibilidad de detección en muestras con  baja carga microbiana. Produce ADN altamente  purificado libre

 

de inhibidores de PCR.. PowerSoil DNA isolation kit (MO BIO

Suelo, muestras ambientales; fecales, heces y muestras

Laboratories)

 biosólidas.

UltraClean Microbial DNA Isolation Kit (MO BIO Laboratories)

Hongos,  bacterias Gram  positivas y negativas, esporas  bacterianas

Purifica ADN de 250 mg de suelo en 30 minutos

Provee ADN  para PCR, qPCR 14]]  y secuenciación [1212-14 de última generación

Provee ADN Produce ADN de  para PCR, digestión de más de 50 kb de restricción. No alta calidad. Purifica ADN de se requieren disolventes cultivos orgánicos microbianos en tóxicos ni 20 minutos. enzimas.

[11] 11] 

Produce ADN

QIAprep Spin Miniprep Kit (Qiagen)

cultivo

 plasmídico alta calidad.de Preparación de  plásmidos de Un cultivo de toda la noche de  bajas copias o 1,5 ml puede dar cósmidos a partir de 1 a 10 ml de de 5 a 15 ug de ADN plasmídico. cultivo de toda la [15, 15, 16] 16]  Procesa de 1 a 24 noche de cultivos de E. muestras simultáneamente coli cultivos crecidos en en menos de 30 medio LB. minutos. Purificación de  plásmidos muy grandes (>50 kb).

Plasmid Maxi Kit (Qiagen)

Cultivo

Provee ADN  plasmídico Rinde hasta 500 superenrollado ug de plásmidos de alta calidad de alta calidad de [8, 17con alto 17-19 19]]  hasta rendimiento para aproximadamente aplicaciones de 150 kb.  biología molecular,

 

transcripción y traducción in vitro, y modificaciones enzimáticas. Tabla 2. 2. Análisis general de los kits de extracción y purificación de ADN microbiano. Extracción de ADN de células y tejidos animales

Los pasos básicos involucrados en la extracción de ADN de células y tejidos animales son los mismos que los descritos en la introducción y para los microbios. Sin embargo, los kits necesitan necesi tan incorporar modificaciones para tener en cuenta las características especiales de las células animales. El cultivo y la preparación de células animales son a menudo diferentes de los utilizados para células microbianas. La mayoría de las células animales no tienen pared celular como las células microbianas, y consecuentemente, son más fáciles de lisar y pueden ser lisadas utilizando sólo detergentes. Sin embargo, el tejido animal necesita primero ser homogeneizado mecánicamente o tratando con enzimas para ser lisado. La lisis celular es seguida de la separación del ADN de otros componentes celulares, y su purificación. Muchos kits no utilizan el método convencional de extracción orgánica requiriendo fenol/cloroformo y la precipitación con etanol. Esto resulta útil ya que minimiza el daño al DNA producido por los disolventes orgánicos. Por ejemplo, los kits AccuPrep Genomic DNA Extraction Kit (Bioneer) y GFX Genomic Blood DNA Purification Kit (GE Healthcare) Healthcar e) emplean empaques de columnas con fibra de vidrio para extraer el ADN. El kit QIAamp DNA mini kit (Qiagen) utiliza columnas que contienen membrana de sílicacapaces de retener el ADN bajo ciertas condiciones de salinidad y pH. El kit Agencourt DNAdvance Kit (Beckman Coulter) utiliza separación magnética. Los kits disponibles para la extracción y purificación de ADN de células y tejidos de mamíferos son descritos más abajo. Se incluye un resumen de estos kits en la tabla 3. 1.

AccuPrep Genomic Genomic DNA Extraction Kit (Bioneer): este kit puede ser utilizado utilizado para extraer extraer un promedio promedio de 6 6 ug de ADN a partir de 200 ul de sangre humana total y hasta 20 ug a partir de 5x10  linfocitos, 25-50 mg de tejido de mamífero, o 104-108 células cultivadas. Este kit es adecuado para sangre total tratada con citrato o EDTA. No utiliza el método convencional para el aislamiento de ADN, y no requiere extracción con fenol/cloroformo, precipitación precipitación por etanol, etc. Primero se homogeneiza el tejido utilizando un mortero. Este kit utiliza fibras de vidrio dentro de la columna, las cuales son capaces de unir ADN en presencia de sales caotrópicas. Tras lavar los contaminantes, el ADN es eluido con una solución de baja salinidad. 2. Arcturus® PicoPure® DNA Extraction Kit (Arcturus® (Arcturus® PicoPure® PicoPure® DNA Extraction Kit, LifeTechnologiesLifeTechnologiesInvitrogen): estos kits pueden ser utilizados para cantidades muy pequeñas de células o tejidos. Utiliza la técnica de microdisección por captura láser habilitada por láser IR, la cual es ideal para la microdisección de una sola célula o un número pequeño de células. El ADN puede ser extraído y amplificado en el mismo tubo, lo que minimiza la pérdida de ADN y maximiza la cantidad de ADN aislado. Además, no requiere de disolventes orgánicos ni columnas de centrifugado. Si bien la muestra puede ser preparada utilizando diversos métodos, los mejores resultados se obtienen a partir de secciones de tejidos fijados en formalina y embebidos en parafina, secciones de tejidos congelados, células fijadas con etanol, frotis citológicos y precipitados de células frescas o previamente congeladas. 3. GFX Genomic Blood DNA Purification Kit (Amersham (Amersham Bioscience, Bioscience, GE Healthcare): este este kit puede puede ser utilizado para la purificación de ADN a partir de sangre total, capa leucocitaria, médula ósea, células eritroides nucleadas, células cultivadas, linfocitos y células bucales. Es adecuado para aplicaciones que requieren de hasta 15 ug de ADN genómico, genó mico, y utiliza columnas empacadas con una matriz de fibra de vidrio. El kit permite tres métodos de purificación: 1) el método directo para procesar hasta 100 ul de sangre, 2) el método escalable para procesar hasta 1 ml de sangre completa o médula ósea y hasta 50 ul de capa leucocitaria, y 3) el procedimiento para linfocitos y células cultivadas el cual procesa hasta 5x106 de células cultivadas o hasta ha sta 1x107 de linfocitos. 4. InnuPrep DNA minikit (Analytik (Analytik Jena): este kit aísla ADN de muestras de tejido (hasta (hasta 50 mg), colas de roedores (0,5-1 cm), muestras de tejidos embebidos en parafina y células eucariotas (5x106 células). Este kit está basado en una tecnología patentada Dual Chemistry (DC) que combina un restrictivo tampón de lisis con un novedoso tampón de unión que ayudan a minimizar el tiempo requerido para purificar ADN,  junto con columnas columnas de filtrado por centrifugado. Después Después del paso inicial de lisis utilizando utilizando el tampón de

 

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lisis, la extracción dura menos de 8 minutos. Productos relacionados: InnuPREP DNA Micro Kit, InnuPREP DNA/RNA Mini Kit. QIAamp DNA mini kit (Qiagen): este este kit extrae extrae ADN genómico, genómico, mitocondrial, mitocondrial, bacteriano, bacteriano, parasítico o viral a partir de tejidos humanos, hisopados (bucales, de ojo, nasal, faríngeo y otros), LCR, sangre, fluidos corporales, y células lavadas de orina. El tejido es lisado enzimáticamente. Este kit es particularmente útil para el análisis de la estructura de la comunidad bacteriana del microbioma humano. El uso del kit QIAamp DNA mini kit junto con el e l empleo del batido con de microesferas y/o mutanolisina para la lisis celular han demostrado proporcionar una mejor representación de la diversidad microbiana en la muestra comparado con métodos sin ninguno de los dos (por ej. DNeasy Tissue kit, QIAamp stool kit) [ 3]. Productos relacionados: QIAamp DNA micro kitkit[10 10] ], ,QIAamp DNA blood mini kit [20 2023] ],,QIAamp DNA stool [16 16,, 24 24--28 28]], QIAmp DNA Blood Midi [29 29,  30 30]], QIAamp 96 DNA Blood Kit-23 [31 31,  32 32]] y Blood Maxi Kitmini kit [33 33,, 34 34]]. Gentra Puregene Blood Kit (Qiagen): este este kit permite permite aislar ADN ADN a partir de sangre completa, completa, médula ósea, capa leucocitaria y fluidos corporales. Las células son lisadas con un detergente y aniónico en presencia de un estabilizador de ADN. El ARN es degradado por una enzima de digestión de ARN. Otros contaminantes, tales como proteínas, son eliminados por precipitación salina. Al final, el ADN genómico es recuperado por precipitación con etanol y disuelto en tampón TE (1 mM EDTA, 10 mM Tris-HCI pH 7.5). Productos relacionados: Gentra Puregene Tissue Kit [35 35--38 38]] y Gentra Puregene Cell Kit [23 23,, 39 39--41 41]]. AllPrep DNA/RNA DNA/RNA Mini Kit Kit (Qiagen): puede ser ser utilizado utilizado con hasta 107 células o 30 mg de tejido. Este kit permite la purificación simultánea de ADN y ARN total a partir de una única célula o una muestra de tejido, utilizando una innovadora columna de centrifugado AllPrep DNA Spin olumn, y una columna de centrifugado RNeasy Mini Spin Ccolumn. Productos relacionados: AllPrep DNA/RNA Micro Kit. Agencourt DNAdvance DNAdvance Kit (Beckman (Beckman Coulter): Coulter): es un kit de reactivos reactivos para el aislamiento aislamiento de alto rendimiento de ADN genómico a partir de muestras de tejidos de mamíferos frescas o congeladas. Utiliza la tecnología patentada por Agencourt de esferas paramagnéticas SPRI® para aislar ADN genómico. Este procedimiento se realiza en un formato de 96 pocillos y es adecuado para la automatización.

Kit

AccuPrep Genomic DNA Extraction Kit (Bioneer)

Origen

Sangre total, linfocitos, tejido de mamíferos y células en cultivo.

Tejido de mamíferos y células en Arcturus® cultivo PicoPure® Proporciona una fiable y DNA reproducible Extraction recuperación Kit (Invitrogen) de ADN de tan poco como 10 células  preparadas

Rendimiento

Uso y ventaja

6 ug de ADN genómico total a  partir de 200 ul de Extracción de ADN sangre humana completa y hasta 20 genómico total. Alta ug a partir de  pureza de ácidos 6 5x10  linfocitos, 25- nucleicos y alto rendimiento. 50 mg de tejido de 4 mamífero, o 10 108 células en cultivo. Proporciona ADN  para ensayos de PCR en tiempo real  para un cierto marcador o de forma [43 cuantitativa. 43]]  Funciona con la mayoría de los tejidos y  procedimientos de  preparación de

Referencia s

[42] 42] 

 

 por células. Extracción microdisecció eficiente. n por captura láser y también puede ser utilizada  para muestras mayores de hasta varios microgramos de tejido o  precipitados celulares

Sangre completa, capa leucocitaria, GFX médula ósea, Genomic células Blood eritroides DNA Purification nucleadas, células en Kit (GE Healthcare) cultivo, linfocitos y células  bucales.

Provee de 2 a 4 ug de ADN a partir de 100 ul de sangre completa humana y 10 a 15 ug a partir de 5 ul de células sanguíneas nucleadas utilizando el método directo, 4.5 a 7.5 ug de ADN a partir de 300 ul de sangre humana utilizando el método escalable, y 8 a 14 ug a partir de 2 x 106 células cultivadas.

Muestras de tejido, colas de roedores, InnuPrep muestras de DNA tejidos minikit (AJ embebidos en Innuscreen)  parafina y células eucariotas

El rendimiento y el tiempo de procesado dependen del uso de instrumentos FastPrep, adaptadores, y matrices de lisado. Posee una capacidad de unión de columna de: >100 ug ADNg y puede rendir hasta 65 ug.

Proporciona ADN  para PCR. Produce muestras de manera rápida y reproducible. Certificado para uso de diagnóstico in vitro

QIAamp DNA mini

Puede purificar ADN de hasta 50

Proporciona ADN  para PCR, RT-PCR,

Tejido humano,

Proporciona ADN  para digestiones de restricción, PCR e hibridización en Southern. El tiempo del procedimiento es de alrededor de 15-20 minutos. Noutiliza [44 44,, 45] 45]  fenol o cloroformo, evita tener que deshacerse de las soluciones de esferas de cristal, así como los lavados en tanda y las precipitaciones con etanol. Escalable

[46] 46] 

[4747-54] 54] 

 

kit (Qiagen)

AllPrep DNA/RNA Mini Kit (Qiagen)

hisopados (bucales, de ojo, nasal, faríngeo y otros), LCR, sangre, fluidos corporales y células lavadas de orina.

Muestras celulares o de tejido

kb. El rendimiento  para ácidos nucleicos o ADN depende del material de partida. Por ejemplo, rinde 4-12 ug de ADN a partir de 200 ul de sangre, 25-50 ug de ADN a  partir de 200 ul de capa leucocitaria y 15-20 ug de ADN a  partir de 106células.

El ADN genómico  purificado tiene en  promedio 15-30 kb dependiendo de las condiciones de homogeneización. El ARN total es de alta calidad y tiene un valor de RIN de 10 indicando que el ARN está intacto.

Southern blot, genotipificación por SNP y STR, e investigación farmacogenómica. Tiene un rendimiento alto y consistente. El ADN puede ser  purificado a partir de hasta 25 mg de tejido o de 200 ul de fluido en 20 minutos. Puede ser automatizado en el QIAcube Purificación simultánea de ADN y ARN total. El ADN genómico purificado es adecuado para Southern y análisis de dot y slot blot; y PCR y PCR Multiplex. El ARN total purificado es adecuado para RT- [55, 55, 56] 56]  PCR y RT-PCR en tiempo real; visualización diferencial (“diferential (“dife rential display”), síntesis de ADNc, Northern, dotslot blot; y microarrays.

Gentra Puregene Blood Kit (Qiagen)

Sangre total, médula ósea, capa leucocitaria y fluidos corporales.

El rendimiento depende del tipo de muestra, el tamaño del genoma del organismo origen, y el número de células en la muestra. El rendimiento también depende también de la calidad del

Proporciona ADN de alta calidad (relación A260/A280 superior a 1.7) para almacenar y  para su uso inmediato en aplicaciones  posteriores. Proporciona ADN  purificado de tamaño mayor a 50 kb,

material de partida. Por ejemplo, 16-50

típicamente en el kb. rango de 100-200

58]  [57, 57, 58]

 

ug a partir de 1 ml de sangre completa y 2-50 ug a partir de 1 ml de fluidos corporales.

Agencourt DNAdvanc e Kit (Beckman Coulter)

Tejido de mamíferos

PCR, qPCR, AFLP, RFLP, RAPD, microsatélite, análisis de SNP (para genotipificación, El rendimiento identificación depende del tipo de genómica, etc.), muestra. Puede secuenciación y  producir sobre unos resecuenciación 18, 25 y 35 ug de clínica, y análisis en ácidos nucleicos a geles de agarosa.  partir de 25 mg de Proporciona el [59] 59]  muestra de hígado aislamiento de ADN de rata, cerebro de genómico con un alto rata y cola de rata rendimiento. Sin (resumen del extracción orgánica o  producto, centrifugación/filtrad  beckmancoulter.com o. Tres placas de 96 )  pocillos pueden ser  procesadas en unos alrededor de 75 minutos con el equipo adecuado.

Tabla 3. 3. Resumen de los kits de extracción y purificación de ADN de tejidos y células animales. Extracción de ADN a partir de células y tejidos vegetales

Los pasos básicos utilizados en el aislamiento de ADN, como se menciona anteriormente, necesitan ser modificados para considerar las diferentes características de los l os tejidos y células vegetales. Los productos químicos o enzimas utilizados para lisar células microbianas pueden no ser igualmente efectivos con células vegetales. Más aún, el contenido bioquímico dentro de la célula vegetal es muy diferente al de microorganismos y células animales. Muchas especies de plantas poseen un alto contenido de polisacáridos y polifenoles los cuales no son eliminados mediante extracción con fenol (a diferencia de los microbios). Es necesario incluir en los kits métodos diferentes a los utilizados para microbios para poder abordar las características especiales de las células vegetales. Un método es utilizar un detergente llamado bromuro de cetiltrimetilamonio (BCTMA) el cual forma un complejo insoluble con ácidos nucleicos y precipita selectivamente el ADN, dejando atrás carbohidratos, proteínas y otros componentes contaminantes. El precipitado que contiene el ADN puede ser desacomplejado disolviéndolo en 1N NaCl. El BCTMA puede ser usado en cualquier paso del proceso de extracción. Para eliminar polifenoles se pueden utilizar concentraciones mayores de BCTMA con polivinilpirrolidona o polivinilpolipirrolidona. Otro método es maneras. utilizar tiocianato de guanidinio (TICG), que ayuda en laproteínas, purificación de ADN vegetal de dos En primer lugar, desnaturalizada y disuelve desintegra

 

estructuras celulares, y disocia nucleoproteínas presentes en los ácidos nucleicos. Debido a esta propiedad, el TICG puede ser utilizado para extraer el ADN de prácticamente cualquier tipo de tejido. En segundo lugar, el ADN se une fuertemente a partículas de sílica en presencia de TICG. Esta propiedad puede ser utilizada para separar el ADN de las proteínas desnaturalizadas y otros componentes bioquímicos o celulares. Comúnmente, las partículas de sílica se empaquetan en columnas de cromatografía y se les aplica el extracto de ADN tratado con TICG. El ADN se une selectivamente a la columna y puede ser eluído en el último últi mo paso una vez lavados los contaminantes celulares. En algunos procedimientos de extracción de ADN se puede añadir ácido ascórbico, ácido dietilditiocarbámico y 2-betamercaptoetanol para proteger el ADN contra la oxidación y degradación. El ARN puede ser eliminado utilizando ARNasa. La calidad del ADN aislado depende en gran medida de la condición fisiológica del material vegetal más que del protocolo del kit. Los kits disponibles para la extracción de ADN de materiales vegetales se analizan más abajo. Un resumen de estos kits se incluye en la tabla 4. Véase también los kits que pueden ser utilizados para células de mamíferos, microbios y plantas en general. 1.

NucleoSpin 8 Plant and NucleoSpin NucleoSpin 96 Plant Plant II (Clontech): estos estos kits pueden ser utilizados utilizados para el aislamiento de ADN genómico a partir de células y tejidos vegetales. Es adecuado para p ara PCR, Southern blot o cualquier tipo de reacción enzimática. También permite el aislamiento de ADN genómico en paralelo en un formato flexible de tiras de ocho pocillos y en bandejas de 96 pocillos de alta capacidad de procesado. Tras la homogeneización del material vegetal, el protocolo p rotocolo del kit utiliza un búfer de lisis conteniendo BCTA, garantizando la lisis el material vegetal. Como alternativa también incluye un tampón de lisis con SDS. Tras la eliminación de polisacáridos, contaminantes, y restos celulares residuales en el paso subsiguiente, el lisado conteniendo principalmente ADN es aplicado a una membrana de sílica para purificarlo aún más. Finalmente, el ADN es eluído en tampón de elución o en agua destilada. También se incluye en el kit  ARNasa para la eliminación eliminación eficiente del ARN. 2. DNeasy 96 Plant Plant Kit (Qiagen): éste puede ser utilizado utilizado para aislar aislar hasta 15 ug de ADN ADN celular total total por pocillo a partir de tejido vegetal, incluyendo células vegetales, tejidos vegetales vegetales y hongos. El kit DNeasy Plant Mini Kit puede ser utilizado para procesar hasta 100 mg de tejido, el kit DNeasy Plant Maxi Kit puede procesar hasta 1 g de tejido. Brevemente, el material vegetal es homogeneizado, y luego incubado en búfer de lisis conteniendo ARNasa. Tras la lisis, las proteínas y polisacáridos son precipitados con sal. Los restos celulares y el precipitado son eliminados utilizando la columna QIAshredder. La muestra luego es aplicada a una membrana de sílica empacada en columnas de centrifugado, y tras algunos pasos de lavado, el ADN es eluído en un tampón de baja salinidad o en agua. a gua. Está disponible en un formato conveniente de bandeja de 96 pocillos y propociona un rendimiento altamente reproducible de ADN celular total. Productos relacionados: DNeasy Plant Mini Kit [60 60--62 62]]. 3. Nucleon PhytoPure PhytoPure Genomic DNA Extraction Extraction Kits (GE Healthcare): este este kit puede ser utilizado utilizado para aislar aislar  ADN de muestras vegetales frescas, frescas, congeladas congeladas o liofilizadas, liofilizadas, y también puede ser utilizado utilizado para muestras fúngicas. Este kit utiliza un protocolo único con la resina Nucleon PhytoPure que une específicamente polisacáridos. El sistema de extracción Nucleon PhytoPure posee un protocolo relativamente más simple que no requiere fenol ni BCTMA. Brevemente, se rompe la pared celular y las células se lisan en un reactivo conteniendo dodecil sulfato de potasio. El dodecil sulfato se utiliza por su capacidad para formar complejos con proteínas y polisacáridos. Luego se agrega cloroformo junto con una resina especialmente modificada patentada por Nucleon PhytoPure, la cual une polisacáridos covalentemente. covalentemente. Como resultado se obtiene un ADN de alta calidad con este el último paso. Junto con cloroformo, este procedimiento utiliza isopropanol frío y etanol 70 %.

Kit

 NucleoSpin 8 Plant and  NucleoSpin 96 Plant II (Clontech)

Origen

Células y tejidos vegetales

Rendimiento

Uso y ventaja

Referencias

El ADN extraído puede ser utilizado para PCR, Puede aislar Southern blot, o cualquier fragmentos de 50 tipo de reacción  pb-30 kb en un 64]  enzimática. El procesado [63, 63, 64] volumen de se puede hacer por vacío o elución de 100-200  por centrifugado. ul. Adecuado para procesado manual y automático.

 

DNeasy 96 Plant Kit (Qiagen)

 Nucleon PhytoPure Genomic DNA Extraction Kits (GE Healthcare)

Células y tejidos vegetales, y hongos

El rendimiento típico es de 1-15 ug cada 50 mg de tejido de hoja vegetal, con un volumen de elución de 100-200 ul. La cantidad de ADN varía entre especies dependiendo del tamaño del genoma, ploidía, número de células y edad del tejido.

El ADN es apto para PCR, análisis RAPD, análisis AFLP, análisis RFLP, Southern blot, análisis de microsatélites, genotipificación por SNP y PCR en tiempo real 65]]  cuantitativa. No requiere [65 de extracción orgánica ni  precipitación por etanol. Proporciona un rendimiento reproducible y está disponible en un formato de bandeja con 96  pocillos.

Proporciona ADN apto  para digestión con enzimas de restricción, RAPD y AFLP. Protocolo rápido y simple. Evita el Muestras Puede generar uso de fenol o bromuro de vegetales altos rendimientos. cetiltrimetilamonio y fúngicas (BCTMA). El  procedimiento puede ser completado en alrededor de 1 hora.

[66 66]] 

Tabla 4. 4. Resumen de kits de extracción y purificación de ADN para tejidos y células vegetales. Kits para tejidos y células animales y microbios

 A continuació continuación n se detallan los kits que pueden ser utilizados para la extracción de ADN de mamíferos, así como de microorganismos. Un resumen de estos kits se muestra en la tabla 5. 1.

DNA Isolation Kit for cells cells and tissues tissues (Roche): este equipo puede ser utilizado utilizado para la extracción de ADN 7

11

genómico a de partir de tejidos (hasta 1 g), células cultivadas (hasta aniónico 10 ), bacterias (hasta 10 ) y levaduras. Evita el uso extracciones orgánicas orgánicas, , columnas de intercambio y reactivos caotrópicos. Provee  ADN genómico de entre 50 y 150 kb, y el procedimiento procedimiento puede ser completado completado en alrededor de 2,5 2,5 horas. 2. Purelink Genomic Genomic DNA extraction extraction kit (Invitrogen): este este kit aísla ADN a partir de un amplio rango de tamaños de muestras de sangre (100 ul a 1 ml), tejidos, células, bacterias, hisopados bucales, manchas manchas de sangre, tejidos FFPE, y muestras preservadas en Oragene®. Se basa en la tecnología de membrana de sílica. Este kit proporciona una flexibilidad mayor al incluir una versión de 96 pocillos que no requiere de ningún equipo especial y puede ser procesada manualmente o en plataformas automatizadas. automatizadas. 3. DNeasy Blood and Tissue Kit (Qiagen): este kit puede utilizarse utilizarse para aislar aislar ADN total total (genómico, mitocondrial, y patógeno) a partir de muestras de diversos orígenes incluyendo tejidos y células animales fijados en formalina o embebidos en parafina, colas de roedores, sangre, bacterias, levaduras, pelo, insectos, etc. El ADN purificado puede tener un tamaño de hasta 50 kb, predominando fragmentos de 30 kb. Recupera eficientemente fragmentos de ADN de tan solo 100 pb. Este kit utiliza una tecnología basada en sílica donde membranas de sílica con capacidad de unir específicamente el ADN son empacadas en columnas de centrifugado. Tras la lisis celular utilizando un tampón de lisis, el procedimiento de extracción de ADN puede completarse en alrededor de 20 minutos. 4. NucleoSpin® Tissue Tissue XS kit (Macherey Nagel): este kit puede utilizarse utilizarse para el aislamiento aislamiento de ADN genómico partir deen tejidos (por ej., riñónclínicas de ratón, disecciones conde micro láser),aspirados células (por ej., bacterias, levaduras a y células cultivo), muestras (por ej., muestras biopsias, de aguja fina) y muestras forenses (por ej., manchas de sangre seca, hisopados bucales, huellas dactilares). Su principal

 

5.

ventaja es que proporciona una recuperación de ADN reproducible y fiable a partir de tan solo 10 células obtenidas por microdisección por captura láser y también puede utilizarse para muestras mayores de hasta varios miligramos de tejido o precipitado de células. Este kit también utiliza una tecnología basada en membrana de sílica. Productos relacionados: Tissue, NucleoBond® AXG, NucleoSpin® 8 Tissue Core kit, NucleoSpin® 96 Tissue Core kit. GeneJET Genomic Genomic DNA Purification Purification Kit: Kit: este kit kit permite las purificación purificación rápida y eficiente de ADN genómico de alta calidad a partir de diversas muestras de tejidos y células en cultivo de mamíferos, sangre completa, bacterias y levaduras. Utiliza tecnología de membrana basada en sílica en forma de prácticas columnas de centrifugado y el procedimiento requiere menos de 20 minutos tras la lisis celular. Produce Pro duce

 ADN purificado de tamaño mayor a 30 kb que puede utilizarse utilizarse directamente en experimentos de PCR, Southern blot y reacciones enzimáticas. 6. FastDNA SPIN SPIN Kit (MP (MP Biomedicals): Biomedicals): este kit está diseñado para el aislamiento de ADN genómico a partir de plantas, animales, bacterias, levaduras, algas y hongos utilizando un método de centrifugado con filtro de sílica. Puede utilizarse junto con cualquier instrumento FastPrep® para lisar y luego aislar ADN de hasta 200 mg de prácticamente cualquier muestra en menos de 30 minutos. El instrumento FastPrep® es un dispositivo de sobremesa que utiliza un movimiento vertical angular patentado para homogeneizar las muestras por impacto simultáneo y multidireccional con partículas de la matriz de lisis. El instrumento FastPrep® proporciona una homogeneización extremadamente rápida, eficiente y altamente reproducible que supera los métodos tradicionales utilizando digestión enzimática, sonicado, mezclado, homogenizado (Dounce) y vortexado. Tras la lisis, las muestras son centrífugadas centr ífugadas para precipitar la matriz de lisis junto con los restos celulares. El ADN se purifica entonces a partir del sobrenadante con un procedimiento GENECLEAN basado en sílica utilizando filtros SPIN. El ADN purificado es apto para digestión, electroforesis, PCR y cualquier otra aplicación deseada.

Kit

DNA Isolation Kit for cells and tissues (Roche)

Origen

Tejido, células cultivadas,  bacterias y levaduras.

Rendimiento

Referencias

 proporciona El rendimiento y ADN para calidad del ADN PCR, depende en gran secuenciación y Southern medida de la  blots. No se calidad del requieren material de extracciones  partida, el [67 67]]  con número de disolventes células por orgánicos, muestra y el columnas de tamaño del genoma del origen de la muestra.

Sangre, tejidos, Purelink células, bacterias, Genomic hisopados bucales, DNA manchas de sangre, extraction tejidos FFPE, y kit muestras (Invitrogen  preservadas en ) Oragene®.

Uso y ventaja

intercambio aniónico ni reactivos caotrópicos.

Se puede obtener 5-25 ug de ADN ADNg de alta a partir de  pureza 5 5x10  (A260/A280= 6 5x10 células 1.86-1.88, HEK 293. A260/A230= 2.18-2.31), el cual es

[68, 68, 69 69]] 

 

adecuado  para PCR, PCRq, electroforesis, Shouthern  blot, genotipificaci ón y otros. Proporciona ADNg de alta  pureza, gran flexibilidad y  puede utilizarse para un amplio rango de tamaños de muestras.

DNeasy Blood and Tissue Kit (Qiagen)

Células o tejidos animales frescos o congelados, colas de roedores, sangre, bacterias, levaduras, pelo e insectos. Funciona con muestras embebidas en  parafina o fijadas con formalina.

Genomic DNA from Tissue kit (Macherey  Nagel)

El ADN obtenido  puede ser utilizarse para PCR, Shouthern  blot, RAPD, AFLP y RFLP. [8, 21, 21, 35, 35, 42 42,, 44 44,,  Recupera 70--97 97]]  70 eficientement e fragmentos de ADN de

El ADN  purificado tiene una relación A260/A280 entre 1.7-1.9, y su tamaño es de hasta 50 kb,  predominando fragmentos de 30 tan solo 100 kb.  pb. Permite el  procesado simultáneo de múltiples muestras.

Células frescas o congeladas, tejidos, manchas de sangre sobre filtros Guthrie/NucleoCar  d® /FTA,

La longitud de los fragmentos de ADN genómico  purificados dependen de la

Proporciona ADN para PCR en tiempo real y [53] 53]  PCR múltiple. Alta

hisopados bucales, muestras forenses

calidad materialdel de

recuperación de pequeñas

 

muestra y puede cantidades de ADN. variar entre 500 Volúmenes  pb en muestras microdisecciona de elución muy das por láser o  pequeños (5 a muestras forenses, y hasta 30 kb en tejidos frescos o células cultivadas.

GeneJET Genomic DNA Purificatio n Kit

30 ul), otorgando ADN altamente concentrado.

Puede usarse con muestras de células y tejidos de diferente  procedencia y  proporciona ADN El rendimiento genómico de depende de la cantidad y el alto peso origen de la molecular muestra, por (>30 kb) Muestras de ejemplo, rinde 4- adecuado células y tejidos de 6 µg de ADN a  para PCR, mamíferos, sangre  partir de 200 µl experimentos total, bacterias, de sangre, 10-15 de biología levaduras µg a partir de molecular, corazón de ratón experimentos y 5-20 µg a de Southern 6  partir de 2x10  blot, etc. Es

[98] 98] 

células HeLa

 

FastDNA SPIN Kit ( MP Biomedical s)

Aísla ADN a Células cultivadas,  partir de hasta  plantas, animales, 200 mg de  bacterias,  prácticamente levaduras, algas y hongos cualquier muestra en

fácil de usar y viene con columnas de centrifugado con tapa y ensambladas con tubos de recolección El ADN  purificado es apto para digestión, electroforesis, PCR y

[5] 

 

menos de 30 minutos.

cualquier otra aplicación deseada

5. Resumen de kits de extracción y purificación de ADN de células y tejidos animales y microbios. Tabla 5. Kits para células de mamíferos, microbios y plantas

Los kits versátiles que pueden usarse para la extracción de ADN a partir de la mayoría de orígenes, incluyendo mamíferos, microbios y plantas se detallan a continuación. Un resumen de estos kits se incluye en la tabla 6. 1.

2.

3.

4.

5.

6.

ArchivePure DNA DNA purification kit (5Prime): Este kit se utiliza para purificar ADN ADN genómico, mitocondrial o viral a partir de sangre total y médula ósea, células cultivadas, tejidos animales y vegetales, bacterias Gram positivas y negativas y levaduras. Posee un sistema de purificación de ADN genómico en fase liquida y utiliza detergentes no tóxicos y sales. El 95 % el ADN purificado posee una longitud mayor a 50 kb y se encuentra en general alrededor de las 100-200 kb. FastDNA Kit (MP Biomedicals): Biomedicals): Extrae Extrae ADN genómico a partir de tejidos vegetales vegetales y animales, animales, células células cultivadas, bacterias, levaduras, hongos, algas, virus e insectos. Utiliza tubos optimizados Lysing Matrix y un procedimiento GeneClean® basado en sílica para la purificación del ADN. DNAzol® Reagent (Invitrogen): Este reactivo reactivo puede utilizarse utilizarse para aislar ADN genómico a partir de muestras sólidas y líquidas de origen animal, vegetal, fúngico y bacteriano. ba cteriano. Está diseñado para utilizarse con tejidos, células o sangre. Es un reactivo completo y listo para usar. Easy-DNA® Kit (Invitrogen): Este kit puede usarse para para aislar ADN ADN genómico de alto peso molecular a partir de muchos tipos de células y tejidos incluyendo tejido de mamíferos, sangre, folículos pilosos, colas de ratones, hojas de plantas, levaduras y células de E. coli. Está basado en una modificación del método de extracción orgánica. Utiliza cloroformo para eliminar contaminantes y etanol para precipitar y recuperar el ADN aislado. Wizard® Genomic DNA Purification Purification Kit (Promega): (Promega): Puede utilizarse para aislar ADN a partir de sangre total, de glóbulos blancos, células de cultivo de tejidos, tejidos animales, tejidos vegetales, levaduras y bacterias Gram positivas y negativas. Brevemente, primero se lisan las células, luego se eliminan las proteínas celulares por tratamiento con sales, el ARN ser elimina utilizando ARNasa, y finalmente el ADN es precipitado utilizando isopropanol. DNA Isolation Kits Kits (BioBasic): (BioBasic): Incluye los los siguientes kits: kits: Animal tissue tissue & fungi genomic genomic DNA extraction extraction prep kit, Bacteria genomic DNA prep kit, Blood genomic DNA prep kit, Plant genomic DNA prep kit, Yeast genomic DNA extraction prep Kit. Los kits de BioBasic pueden utilizarse para aislar ADN a partir de d e sangre, tejidos vegetales, tejidos y células de mamífero, bacterias y hongos [ 99 99]].

Kit

Origen

Sangre completa, médula ósea,

Rendimiento

Uso y ventaja

Referencias

La cantidad y la calidad del ADN

Proporciona un

células cultivadas, ArchivePure tejidos DNA animales y  purification vegetales, kit (5Prime)  bacterias Gram  positivas y negativas y levadura.

depende en gran medida de la calidad del material de  partida, el número de células por muestra y el tamaño del genoma del origen de la muestra.

método ADN depara alto aislar peso molecular con alta  pureza. Procedimiento rápido. La relación A260/A280  para ADN aislado varía entre 1.7 y 2.0

Tejidos FastDNA Kit vegetales y (MP animales,

Utiliza tubos con matriz de lisado y

Aísla ADN listo para PCR. Proporciona [101] 101] 

un procedimiento

muestras de manera

100]]  [100

 

Biomedicals LLC)

células cultivadas,  bacterias, levaduras, hongos, algas, virus

GeneClean® basado rápida y en sílica para reproducible.  purificar el ADN.

de insectos.

DNAzol® Reagent (Invitrogen)

Material de origen animal, vegetal, fúngico y  bacteriano, incluyendo células, tejidos y sangre.

Células y tejidos incluyendo tejido de mamífero, sangre, Easy-DNA® folículos Kit  pilosos, colas (Invitrogen) de ratón, hojas de  plantas, levaduras y células de E coli.

Wizard® Genomic DNA

Sangre total, glóbulos  blancos,

Aísla ADN para utilizar en digestiones con endonucleasas de Puede aislar ADN restricción, Southern genómico a partir de  blots, , clonación 50 mg de tejido o 1 molecular y PCR. Es x 107 a 3 x un reactivo completo 107 células con un y listo para usar. Un mililitro de reactivo  procedimiento DNAzol® confiable, eficiente y simple que puede completarse en 3060 minutos.

104]]  [102102-104

Proporciona ADN adecuado para PCR, hibridización de ADN, construcción de bibliotecas génicas de ADN genómico y otras aplicaciones. Puede obtener ADN de alta calidad a partir de muestras grandes o  pequeñas de células, tejidos, plantas, levaduras, E. coli, sangre y folículos  pilosos. Un  procedimiento simple que puede completarse en 99 % de los cebadores y la mayoría de los dímeros de cebadores (100 >300 pb pb.o Puede utilizarse ya sea en una única columna 142]  [140140-142] o bien en placa de 96 pocillos y toma 6 ul de ADN purificado de alta calidad en 15 minutos [8, 151 151]]. Otros kits

También hay kits disponibles para 1) preparar muestras de ADN para aplicaciones aplicacio nes tales como secuenciación de última generación y preparación de bibliotecas de expresión, 2) purificar  ADN de doble doble hebra amplificado amplificado por PCR y 3) generar generar bibliotecas de fragment fragmentos os a partir de una muestra de ADN. Estos son los siguientes: 3.

NEBNext DNApara Sample Prep Reagent Prep Set 1 (Newpara England Biolabs): Consiste en enzimas y búferes son utilizados la preparación de laSet muestra la secuenciación de última generación, y para que la preparación de bibliotecas de expresión. Los componentes del kit son controlados por lote, tanto

 

4.

individualmente como en conjunto. Los reactivos pasan por controles de calidad adicionales, y son validados funcionalmente para proporcionar un rendimiento máximo. Las principales ventajas de este kit incluyen: se encuentra disponible en sets, mezclas maestras y módulos; todos los reactivos pasan por controles de calidad exhaustivos para asegurar una máxima calidad y pureza; y cada set o módulo de reactivos es validado funcionalmente. Además, prepara las muestras para secuenciación de última generación, construcción de bibliotecas de expresión, arrays de hibridización de alta densidad (SPRS2 y SPMMS2) y métodos de hibridización de sustracción genómica (SPRS2 y SPMMS SPMMS2) 2) [101 101,, 152 152,, 153 153]]. Wizard® PCR Preps DNA Purification System (Promega): (Promega): Este Este kit se se utiliza para para purificar ADN del doble cadena amplificado por PCR. Los productos de PCR son eficazmente purificados de contaminantes ,

incluyendo dímeros de cebadores y cebadores de amplificación. Proporciona una recuperación superior al 95 % cuando se aplican entre 50 ng y 16 1 6 ug de un producto de PCR de 500 pb a 1 ml de resina. Pueden esperarse rendimientos típicos de un 70-90 % para fragmentos de 500 pb en purificaciones a partir de agarosa de bajo punto de fusión. Los beneficios de este kit incluyen que es un método directo de purificación de 15 minutos, un proceso rápido y simple, y que es relativamente barato [ 58 58,, 151 151]]. 5. QIAquick PCR Purification Purification Kit (Qiagen): (Qiagen): este kit kit puede purificar purificar productos de PCR de doble o simple cadena (100 pb a 10 kb) de manera directa, a partir de reacciones de amplificación y limpiar el ADN de otras reacciones enzimáticas enzimáticas con un rendimiento de hasta 10 ug y una recuperación de un 90 -95 %. El sistema QIAquick combina las ventajas de la tecnología de columnas de centrifugado con las propiedades de unión de una membrana de sílica con un diseño único. El ADN se adsorbe a la membrana de sílica en presencia de altas concentraciones de sal mientras que los contaminantes fluyen a través. Las impurezas son eliminadas eficazmente, y el ADN puro es eluído con tampón Tris o agua. El  ADN purificado puede utilizarse para realizar realizar restricción, restricción, marcado, hibridización, hibridización, PCR, ligado ligado y transformación, secuenciación secuenciación radioactiva o fluorescente, transcripción in vitro o microinyección microinyección.. La principal ventaja de este kit es la rápida limpieza del DNA [15 15,, 48 48,, 89 89,, 100 100,, 107 107,, 113 113--128 128]]. Productos relacionados: QIAquick Nucleotide Removal Kit y QIAquick Gel Extraction Kit [ 11 11,, 47 47,, 56 56,, 77 77,, 122 122,, 129 129-133]]. 133 6.

GS FLX Titanium Rapid Library Library Preparation Kit (Roche): Este kit incluye los reactivos para la creación de una biblioteca de fragmentos a partir de una muestra de ADN a secuenciar, tal como ADN genómico de un organismo de interés. El procedimiento requiere de 500 ng de ADN, el cual debe ser de doble hebra, posee una relación A260/A280 de alrededor de 1,8 y una concentración de al menos 5 ng/ul. La biblioteca producida consistirá de un set de fragmentos de ADN de cadena simple representando la secuencia completa de la muestra. Cada fragmentado se encuentra flanqueado por adaptadores de ADN aptos para amplificación y secuenciación secuenciación,, y luego purificado y cuantificado. Las principales ventajas son que esta tecnología es adecuada para secuenciar genomas de cualquier tamaño, y que el proceso puede realizarse por una sola persona en e n un laboratorio adecuadamente equipado [154 154]].

Kits para la extracción y purificación de ADN en publicaciones Los kits de muchos proveedores se han utilizado para extraer o purificar ADN de distintos orígenes en las 271 publicaciones analizadas por Labome.

Kit

 Mii cro  M crob bios 

Tejidos y células de mamíferos 

 pla  plant nta as 

C élulas de mam amíí fer os y m mii crob cr obii os 

Núm

Proveedor

Núm

 25  Life Technologies

3

MO BIO Laboratories

6

Qiagen

16

Qiagen

18

Clontech

3

Qiagen

5

18 

8 

 32 

 

 

Life Technologies

2

Qiagen

30

Células de mamíferos, microbios y plantas  14  Epicentre Biotechnologies 2

 sangre  sa ngre co com mple letta 

Ot Otrr os K Kii ts 

Life Technologies

6

Promega

6

Illumina

3

GE Healthcare

5

Life Technologies

3

Qiagen

11

Beckman Coulter

7

Life Technologies

5

 New England Biolabs

3

Promega

2

Qiagen

39

Zymo Research

4

 22 

60 

8.. El número de publicaciones (Núm) que cita cada tipo principal de kit de purificación y Tabla 8 extracción de ADN de los principales proveedores, al día 1 de Abril del 2015. Aislamiento de ADN deDNA microbios El kit PowerMax Soil Isolation Kit de MO BIO Laboratories se utilizó para investigar los virus de Emiliania huxleyi en sedimentos del Mar Negro [2]  y el intercambio de genes de resistencia a antibióticos entre bacterias del suelo y patógenos humanos [11 11]]. El kit PowerSo PowerSoilil DNA isolation kit de la misma compañía se utilizó para estudiar la protección de las plantas contra hongos patógenos de las raíces debida a bacterias de la tierra [12 12]] y el efecto de la dieta a largo plazo en la composición del microbioma intestinal [14 14]]. El kit QIAamp DNA stool mini kit de Qiagen se utilizó para investigar el efecto de la microbiota intestinal en la infección i nfección por virus entérico [16 16]], el efecto regulatorio de PD-1 en la selección de IgA y la composición de la microflora intestinal [24 24]], la inmunidad protectora conferida por la microflora dermal [25 25]], la influencia de la interacción entre hongos comensales y Dectin-1 en la colitis [26 26]], la respuesta inmune a comensales inducida por infección gastrointestinal aguda [27 27]] y la protección contra el sistema inmune del mutualismo huésped-bacteria en el intestino otorgada por la lectina antibacteriana RegIIIgamma [28 28]]. El kit QIAprep Spin Miniprep Minipr ep Kit de la misma compañía fue utilizado para investigar la interacción entre p37 del virus

Vaccinia y proteínas asociadas a LE [15 15]] y el efecto de la microbiota intestinal en la infección por virus entérico [16 16]]. El kit Plasmid Maxi Kit, de la misma compañía, se utilizó para investigar

 

l os estados patogénicos y mutualistas de Photorhabdus luminescens la regulación de los luminescens [8] y la estructura de la subunidad ribosomal 60S eucariota en asociación con eIF6 [17 17]]. Extracción de ADN de células y tejidos de mamíferos

El kit AllPrep DNA/RNA Mini Kit de Qiagen se utilizó para investigar las diferencias entre las secuencias del ARN y el correspondiente ADN en el transcriptoma humano [55 55]] y el origen y evolución de los virus de reticuloendoteliosis reticuloendoteliosis [56 56]]. El kit QIAamp DNA Mini Kit, de la misma compañía, fue utilizado para investigar el origen de los transposones de ADN [52 52]], la protección de endosimbiontes de insectos por el péptido antimicrobial Co1A [53 53]], la interacción entre APOBEC3G y el virus de la leucemia murina [47 47]], loci metilados asociados con cáncer de próstata [48 48]], la mutación de EGFR y KRAS en pacientes con adenocarcinoma adenoc arcinoma de pulmón [49 49]], la relación entre el reloj circadiano y el riesgo de contraer cáncer [50 50]], la influencia de factores bacterianos y genéticos en el cáncer gástrico en Costa Rica [51 51]] y la relación entre la hipermetilación global y la inestabilidad cromosomal [ 54 54]]. El kit Gentra Puregene Tissue Kit, de la misma compañía, fue utilizado para investigar el rol de la metilación del ADN en la regulación génica [23 23]], la deleción del grupo de genes HoxC en peces elasmobranquios [36 36]], el daño al ADN y la tumorigénesis inducida por el metabolismo metabolis mo de PAH mediado por las células de Langerhans [35 35]], la fusión de cromosomas a través de los extremos con deficiencia de telomerasa [37 37]], la historia de la invasión de Solenopsis invicta  [38 invicta 38]], y la inhibición de la biogénesis del ribosoma bacteriano [155 155]]. El kit Gentra Puregene Cell Kit, de la misma compañía, fue utilizado para investigar la relación entre los polimorfismos de nucleótido único (SNPs) de GCH1 y el grado de dolor infligido por capsaicina [39 39]], la inducción de enfermedades linfoproliferativas por activación constitutiva de JAK3 en ratones [40 40]de ] yADN el roldede DGJ en la forma atípica de la enfermedad de Fabry [41 41]]. Extracción plantas Las columnas NucleoSpin de Clontech se utilizaron para investigar las mutaciones de NOTCH1 asociadas con los carcinomas de cuello y cabeza [100 100]] y oligodendriomas inducidos por mutaciones de CIC y FUBP1 [149 149]]. El kit DNeasy Plant Mini Kit de Qiagen se usó para investigar la cepa de Phytophthora infestans responsable de la patala en Irlanda [156 156]], las relaciones mutualistas entre orquídeas y abejas polinizad polinizadoras oras [60 60]], epigenomas de arroz [61 61]] y el mutualismo entre plantas y hongos micorrízicos [62 62]]. Extracción de ADN de células de mamíferos y microbios

El kit Purelink Genomic DNA extraction kit de Life Technologies Invitrogen se utilizó para investigar la transformación de linfocitos en pollos inducida por el virus de Marek en pollos [68 68]] y la l a resistencia bacteriana a antibióticos [69 69]]. El kit DNeasy Blood and Tissue Kit de Qiagen se utilizó para investigar la evolución de la virulencia del Mycoplasma gallisepticum [157 157]], la duración óptima del tratamiento con la combinación más potente de antibióticos para inhibir el crecimiento bacteriano [158 158]], la asociación de aneuploidía en células tumorales con la inactivación de STAG2 [71 71]], la relación entre la inestabilidad del genoma mitocondrial con el cáncer de mama humano [72 72]], mutaciones de KRAS en carcinomas de ovario [73 73]], el retrovirus recombinante XMRV en muestras humanas [74 74]], el daño al ADN y la tumorigénesis inducida por el metabolismo de PAH mediado por células de Langerhans [35 35]], falta de sueño en corremolinos/playeritos pectorales macho [44 44]], la relación entre de la sensibilidad al everolimus con la mutación de TSC1 en pacientes con cáncer [75 75]], la relación entre el estancamientode la Pol II, la regulación de la expresión génica génic a y la estructura de la cromatina [76 76]], el efecto del Anaplasma phagocytophilum en la actividad de catepsina L [77 77]], la función de la improntación de CDKN1C y de su activación [78 78]], la regulación de la estabilidad de DNMT1 [79 79]], los mecanismos moleculares de la génesis del meduloblastoma [80 80]], el rango de mutaciones del carcinoma escamoso de cuello y cabeza [81 81]], la diversificación de mamíferos [42 42]], genomas y metagenomas [82 82]], la adquisición de resistencia a avermectina en C. elegans  elegans [83 83]], la evolución de los cromosomas sexuales en las serpientes [84 84]], el rol de la decorina en cáncer [85 85]], los genes de la señalización de EGFR en líneas celulares de cáncer de pulmón [86 86]], la regulación de secreción de la proteína quimioatractiva 1 de monocitos [87 87]], la expresión de

 

PIK3CA en la superficie del epitelio del ovario [88 88]], los cambios en la metilación del promotor de ER beta en cáncer de ovario [89 89]], la hepatotoxicidad inducida por acetaminofeno [90 90]], la participación de las actividades de Parp/Parg en el mantenimiento de la metilación del ADN [91 91]], el mecanismo detrás de la resistencia resistenci a a la desecación en Sinorhizobium meliloti Rm1021 [92 92]], la relación entre PRDM9 y la activación de los lugares diana de recombinación en mamíferos [93 93]], el rol de Eos durante el silenciamiento de genes dependiente de Foxp3 [94 94]], la variación genética en Myodes glareolus [95 95]], el rol de FGF21 en el alargamiento de la vida en ratones [159 159]], la posible relación entre el síndrome de fatiga crónica y el virus de leucemia murina [21 21]], la influencia del ambiente en la expresión de Agouti [70 70]], el rol de LTA4H en la limitación de la inflamación neutrofílica pulmonar crónica [97 97]] y la regulación de los estados patogénicos y mutualistas de Photorhabdus luminescens [8]. Extracción de ADN de células de mamíferos, microbios y plantas

El kit DNAzol de Life Technologies Invitrogen se utilizó para estudiar la formación del heterodímero gE/gI en la extensión eficiente te de célula a célula [103 103]], la represión de una red pleiotrópica epigenética inducida por la mutación de CRABP2 [104 104]], los microADN en células de mamíferos [102 102]], y el ciclo celular asimétrico [160 160]]. El kit Easy-DNATM Kit de Invitrogen se utilizó para estudiar la proteína ClpB de Mycoplasma pneumonia  pneumonia [105 105]]  y la regeneración del del gusano “planaria” [106 106]]. El kit Genomic DNA Purification Kit de Promega Wizard® fue utilizado para investigar la regulación de la expresión de phosphacan por Egr-1 en astrocitos producido por infarto cerebral experimental [108 108]], las mutaciones en el exón 3 de CTNNB1 y la acumulación de beta catenina en pacientes con adenomas paratiroideos [109 109]], la relación entre polimorfismos en RMI1, TOP3A así como BLM y el riesgo de cáncer [32 32]], las características clínicas y mutaciones en los genes ENG, ACVRL1, y SMAD4 en pacientes coreanos con telangiectasia hemorrágica hereditaria [110 110]], el rol del polimorfismo A1818T en el intrón 2 del receptor de angiotensina II tipo 2 en el desarrollo desarrol lo de la nefropatía por inmunoglobulina inmunoglobuli na A [111 111]] y la relación entre la sensibilidad a TB y la severidad con polimorfismos en genes de citoquinas en pacientes pakistaníes [107 107]]. Extracción de ADN a partir de sangre completa

El kit GFX Genomic Blood DNA Purification Kit de GE Healthcare se utilizó para investigar la pérdida de sueño en corremolinos/playeritos pectorales macho [44 44]] y el tratamiento de perros Golden Retriever con distrofia muscular [45 45]]. El kit QIAamp 96 DNA Blood Kit de Qiagen se utilizó para investigar la relación entre los polimorfismos en RMI1, TOP3A así como BLM y el riesgo de cáncer [32 32]] y la asociación de los loci de susceptibilidad al cáncer de mama con la densidad mamográfica [31 31]]. El kit QIAmp DNA Blood Midi Kit, de la misma compañía, se utilizó para investigar el rol del ARN pequeño nuclear U4atac en el desarrollo humano temprano y en la supervivencia posnatal [29 29]] y la formación de tumores en la próstata humana [30 30]]. El kit DNA Blood Maxi Kit, de la misma compañía, se utilizó para investigar las mutaciones de RAS en pacientes con leucemia mieloide [33 33]]  y el rol de viperina en la infección humana por cytomegalovirus [34 34]]. El kit QIAamp DNA Blood Mini Kit, de la misma compañía, se usó para investigar la posible posibl e relación entre el síndrome de fatiga crónica y el virus de leucemia murina [21 21]], la función de ADAR1 en células madre hematopoyéticas [20 20]]  y la asociación entre el cáncer de próstata y los polimorfismos de MnSOD y NAT así como el hábito de fumar cigarrillos [22 22]]. El kit Gentra Puregene Blood Kit, de la misma compañía, se usó para investigar el diseño racional de fármacos para el cáncer de próstata resistente a la castración pero sin resistencia a antiandrógenos basada en mutaciones [18 18]], la influencia de la variación de CYP2C19 en la respuesta de pacientes con enfermedad arterial coronaria al prasugrel y el clopidogrel [57 57]] y la expresión del gen de arilsulfatasa I en células ARPE-19 [58 58]]. Otros kits

Las microesferas AMPure XP de Beckman Coulter fueron utilizadas para estudiar el almacenamiento información digital basado en ADN [161 161]], la pérdida somática de mutaciones que causan enfermedad en pacientes con ictiosis [162 162]], la influencia de perturbaciones en la dieta en la microbiota intestinal humana [134 134]], la modulación de la función del microbioma

 

intestinal por las dietas [130 130]], el mecanismo de control del crecimiento mediado por etileno en Arabidopsis [146 146]]  y la precisión en el control del tiempo por un activador cíclico en  Arabidopsis  Arabidop sis [163 163]]. Las microesferas Streptavidin Dynabeads M-280 de Life Technologies Invitrogen se usaron para investigar la transcripción por Pol I [164 164]]  y el splicing de intrones en el trastorno del desarrollo MOPD I [165 165]]. El kit NEBNext DNA Sample Prep Reagent Set 1 de New England Biolabs se utilizó para investigar las variantes de metilación en diferentes generaciones de Arabidop de  Arabidopsis sis thaliana  [152 thaliana 152]], las mutaciones de MED12 en pacientes con fibroides [101 101]] y la distribución de 5-hidroximetilcitosina en células madre de ratón [153 153]]. El kit PCR Preps DNA Purification System de Promega Wizard® se utilizó para investigar la expresión del gen de arilsulfatasa I en células ARPE-19 [58 58]]  y la convergencia adaptativa en E. coli  [151 151]]. El kit MinElute Gel Extraction Kit de Qiagen se utilizó para investigar el intercambio de genes de resistencia a antibióticos entre bacterias del suelo y patógenos humanos [11 11]], la influencia de los cambios en la dieta en la microbiota intestinal humana [134 134]] y el mecanismo de control del crecimiento mediado por etileno en Arabidopsis [146 146]]. El kit MinElute PCR Purification Kit, de la misma compañía, fue utilizado para investigar los roles de la carotenogénesis en maíz [147 147]], el método de mutación génetica en peces [148 148]], mutaciones de NOTCH1 asociadas con carcinomas escamosos de cuello y cabeza [100 100]], oligodendriomas inducidos por mutaciones en CIC y FUBP1 [149 149]], linajes de bacterias en la oscuridad del océano [150 150]]  y el intercambio de genes de resistencia a antibióticos entre bacterias del suelo y patógenos humanos [11 11]]. El kit QIAquick Gel Extraction Kit, de la misma compañía, fue utilizado para investigar la deficienciaen la diferenciación de células B inducida por TCDD [129 129]], la relación entre  APOBEC3G  APOBE C3G y los virus de leucemia murina [47 47]], el rol del grupo de genes ORF9-a-ORF12 en la replicación del virus varicella-zoster y la infección de piel [131 131]], el efecto de Anaplasma phagocytophilum en la actividad de catepsina L [77 77]], la función de HlyU en Vibrio vulnificus CMCP6 [122 122]], el valor de diagnóstico diagnóstic o de los patrones de metilación de islotesde islot esde CpG CXCL12 y ESR1 en el cáncer de mama esporádico [132 132]], el intercambio de genes de resistencia a antibióticos entre bacterias del suelo y patógenos humanos [11 11]], la modulación de la función del microbioma intestinal por las dietas [130 130]], la evolución de una ribozima capaz de sintetizar  ARN [133 133]] y el origen y la evolución de los virus de reticuloendoteliosis reticuloendoteliosis [56 56]]. El kit QIAquick PCR Purification Kit, de la misma compañía, se utilizó para investigar el efecto modulador de USF1 en los ritmos circadianos moleculares y del comportamiento en mamíferos [128 128]], el mecanismo del cambio de virulencia sensible a temperatura de Histoplasma capsulatum  capsulatum [114 114]], la interacción entre ENT4 y EWS/WT1 [113 113]], la relación entre expresión génica y marcas epigenéticas [115 115]], el valor predictivo de la deficiencia de C4A o C4B en la supervivencia al carcinoma metastásico de células renales [116 116]], loci metilados asociados al cáncer de próstata [48 48]], la fusión de genes en cáncer [117 117]], la asociación entre la sensibilidad a TB y la severidad con polimorfismos en genes de citoquinas en pacientes pakistaníes [107 107]], la interacción entre el p37 del virus Vaccinia y proteínas asociadas a LE [15 15]], polimorfismos del adaptador de TLR bajo presión selectiva por malaria [118 118]], mutaciones del gen de sulfotransferasa 6 de carbohidratos en pacientes con distrofia corneal macular [119 119]], las modificaciones metiladas del promotor ER beta en células de cáncer de ovario [89 89]], la regulación de la señalización de Bmp por Bmper [120 120]], la función de SIRT1 en adipocitos [121 121]], la función de HlyU en Vibrio vulnificus CMCP6 [122 122]], mutaciones de NOTCH1 asociadas con los carcinomas de cuello y cabeza [100 100]], la capacidad de polímeros genéticos sintéticos para almacenar información [123 123]], la síntesis del alcaloide noscapina en Papaver somniferum  somniferum [124 124]], el efecto regulatorio de Myrf sobre la mielinización del sistema nervioso central [125 125]], el rol de Lsd1 durante la maduración maduració n de células sanguíneas [126 126]] y el origen del Aboriginal Australians [127 127]].

 

El kit DNA Clean and Concentrator Kit de Zymo Research se utilizó para investigar la relación entre la estructura de la cromatina y la expresión génica [166 166]] y la convergencia adaptativa TM en E. coli  [151 151]]. El kit Zymoclean  Gel DNA Recovery Kit, de la misma compañía, se utilizó para investigar la convergencia adaptativa en E. coli  [151 151]]  y la regulación de los estados mutualistas y patogénicos de Photorhabdus luminescens [8]. Referencias 1.

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ISSN : 2329-5139