¿Cómo aprender a leer un artículo científico? Alfredo Prieto Martín Professor in Immunology at Alcalá University Coordinator of Post grade program in Immunology Consultant in the field of Problem Based Learning Administrator of: Web site on PBL http://www2.uah.es/problembasedlearning WebBlog site on PBL: http://www.e-pbl-es.tk
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Unidad mixta
CSIC/UAH
Plan de la clase •
Metodología para la asimilación de la información primaria
1.
Cómo comprender el significado de un texto científico.
•
Proceso de lectura sistemática ¿Cómo leer para entender el significado de un texto complejo?
• •
Búsqueda orientada de información ¿Qué información hay que buscar en cada sección?
•
2. Comprender e interpretar la iconografía (resultados). Método del paréntesis (). 3. Escribir un esquema, redactar un resumen de cada sección y una lista de dudas. –
Métodos de representación grafica de ideas
I. Comprensión del texto: Principios de lectura sistemática
1.
3.
Dividir la dificultad en partes y abordarlas sucesivamente. Localizar lo que no se entiende y aclararlo: Usar diccionario, libro de consulta e Internet para descifrarlo y comprenderlo. Registrar lo más relevante:
4.
Apuntar los significados descifrados e ideas principales. Recapitular para integrar:
2.
Releer, resumir y esquematizar para integrar la información.
1. Prácti ticca de la lectu turra si sist stem emát átiica: leer , releer y volver a releer
Primera lectura (descifrar palabras para comprender oraciones): buscar (diccionario, google) y apuntar significado palabras y hallar relación entre ellas. Descifrado el significado de los términos se comprende el mensaje de la oración.
Segunda lectura (recapitulación oraciones para comprender párrafo): relee y relaciona las oraciones y apuntar al margen el ema principal de cada párrafo.
Tercera lectura (releer párrafos para comprender sección): se lee de un tirón para relacionar temas de distintos párrafos.
Elaboración de listas de ideas principales y glosario.
I. C ompr ensi ón del text xto o: B ús úsq que ued da or i enta ntad da de i nf nfo or maci ció ón Estructura lógica del artículo :A + (I M R D) lectura crítica del buscar artículoen cada sección? Cuestionario para principales hay que ¿Qué mensajes A bstract resumen de todo Introducción ¿Por qué lo hicieron?
Materiales y métodos ¿Qué hicieron? R esultados ¿Qué encontraron? Discusión ¿Qué significa?
E l título El título identifica la idea principal del artículo, informa de los nuevos hallazgos
o conclusiones. ¿Qué se mide? ¿En qué modelo? ¿Se descubre su causa?
Abstract: Un resumen breve Background: Una oración que introduce la cuestión principal. Es opcional
Resultados: ¿Qué han encontrado? ¿Cuáles son los resultados y hallazgos más importantes?
Cuestión: ob objetivos o propósito: ¿Qué quiere contestar este trabajo? Esa es la cuestión.
Lass res La respue puesta stass: Cua uale less son las conclusiones del estudio. A veces al final se señalan
¿Qué métodos utilizan?
aplicaciones potenciales,
¿Qué experimentos hacen?
implicaciones e especulaciones.
incluso
Introducción Sitúa el estado del conocimiento actual Define los conceptos clave y premisas asumidas. Justifica esas asunciones. Explica por qué ué los autores p or q realizaron el estudio y define los objetivos del mismo. Establece la cuestión a la que responde el trabajo ¿qué se pretende encontrar? •
•
•
Establece hipótesis Proposición afirmativa de la que se deducen predicciones que serán con irm mad adas as o conffir rechazadas por los resultados experimentales
•
•
Se relaciona la cuestión con la aproximación experimental y se es esta tabl blec ece e esta A veces se an anticipa la respuesta encontrada
La introducción esta dirigida a una audiencia de especialistas
Material y Métodos Proporciona información (con detalles y referencias)
para que otro científico pueda evaluar o reproducir los experimentos. -Para analizar críticamente un diseño experimental debes comprender su marco conceptual y descubrir en qué premisas o asunciones se basa. -Para comprender esta sección dibuja esquemas de los protocolos explicados.
La revista ahorra en iconografía, tu no debes hacerlo en una presentación
Resultados -El texto expone los resultados de los experimentos
-Las tab repres esen enta tan n lo loss re resu sulta ltado doss tablas y figuras repr
principales. -El orden del texto de los resultados es paralelo al de la presentación de datos en ilustraciones.
-Cuando el texto te refiera a una tabla o figura haz un paréntesis : ( ) (Con suma atención lee el pie de la figura y tras ello intenta comprenderla)
Discusión
-Su función es responder
defiend nde e la - A continuación se defie
¿Qué significan los resultados, qué trascendencia tienen? Al principio se se establece respuesta
resaltando re
la los
hallazgos halla zgos relev relevantes antes y as aspe pect ctos os más novedosos.
validez de los hallazgos, usando los resultados del artículo y los publicados por otros autores. -Se explica: -¿Có ¿Cómo mo los res result ultado adoss soportan la respuesta a la cuestión? - ¿Porqué la respuesta es razonable? - ¿Cómo ajusta en el con onte tex xto de dell conocimiento actual (paradigmas y modelos actuales)?
Se destaca el valor de la respuesta - ¿Qué añade la la respuesta al conocimiento existente? - De Dedu duci cirr apli aplica caci cio one ness
o
impl im plic icac aciion ones es de de
la
respuesta
Finaliza restableciendo la respuesta, -Recuerda que añade al conocimiento actual Establecen
sus
implicaciones.
posibles aplicaciones e
2. Interpretar las ilustraciones un paréntesis () al llegar: 1. -Lee el texto que se refiera a la ilustración. 2. Lee el pie buscando el significado de las palabras y -Haz
siglas que no entiendas. 3. -Anota sobre la ilustración lo que significa cada curva cada símbolo o cada barra e intenta entender la figura. 4. Vuelve a empezar emp ezar hasta que lo entiendas
•
•
ILUSTRACIONES
Las ilustraciones son expresiones gráficas, visualmente mensajes clave transmiten difícilmente transmisibles mediante palabras. Sólo hay dos tipos: tablas y figuras
1. Tablas –
R epresenten aciófilas n yalcolumnas fanumérica ordenada
con
2. Figuras –
Una ilustración que no es una tabla
información
Tabla. 1#. Componentes de una tabla* †Marcador
‡Células
LLC -B quiesce quiescente nte
LLC -B no quiesce quiescente nte
Controles
(n=56) †
(n=56) †
(n=47)†
12.5±4.7§Φ 12.5±4.7§ Φ
5.4±2.7§Φ 5.4±2.7§ Φ
8.6±3.4§
15.6±6.1§Φ 15.6±6.1§ Φ
7.8±2.6§Φ 7.8±2.6§ Φ
12.5±2.9§
CD3CD56+(%)
‡Células ‡C élulas CD3+CD57+(%)
Este es el pie de la tabla. Se representan valores medios y desviaciones desviacion es estándar de las poblaciones estudiadas. LLC-B leucemia linfática crónica de células B. # Número de la tabla (según orden de citación en texto). * Título. † Encabezamiento de la columna.‡ Encabezamiento de la fila. § Campo.
ΦIndica
diferencia significativa con los controles (student t test).
Estructura típica de un gráfico numérico • Cada eje representa los valores de una variable. – Eje X variable independiente. – Eje Y variable dependiente.
Símbolos y líneas muestran como los cambios en la variable independiente (discreta o continua) afectan a los valores que toma la variable dependiente.
Healthy controls r=0.36 p=0.05
200
150
100
B-CLL patients r=0.48 p=0.001 50
0
0
10
20
30
40
50
% CD4+CD45RA+ cells
60
Ejercicio de interpretación de figuras
• ¿Cuales son las conclusiones que se pueden extraer de los resultados presentados en la figura? • ¿Cual es el mensaje principal de la figura?
Relación hipertextual entre texto, pie y figura
FIG. 1. Impact of the number of centrifugation-washing procedures on ce cellll loss loss and viabil viability ity of cultur cultured ed cells. cells. A: Represent Representativ ative e dot plot analyses of viable fresh cells used to adjust the levels for 7-AAD and annexin anne xin V positivity positivity.. B,C: Anal Analys yses es of cell cells s cult cultur ured ed fo forr 24 h in complete medium and acquired after one (B) or four wash procedures (C). The cell concen-tration (cells per milliliter) and the imprecision of replicated determina-tions (CV) are shown in each quadrant. The cell populations discrimi-nated in each quadrant are viable cells (annexin V negative/7-AAD negative) in the lower left quadrant, early apoptotic cells (annexin V positive/7-AAD negative) in the lower right quadrant, late apoptotic cells (annexin V positive/7-AAD positive) in the upper rightt quadrant, righ quadrant, and early necrotic cells (annexin (annexin V negative/7 negative/7-AAD -AAD positive) in the upper left quadrant. D –G: Percentages of cells after annexin V and antibody-labeling procedures, which employ different numbe numbers rs of cycles cyc of washi washingng-cen cen-tri -trifug fugati ation on (fro (from m 1early to 4). Vi Viabl able e cells (annexin V les negative/7-AAD negative; open bars), apoptotic cells (annexin V positive/7-AAD negative; very lightly shaded bars), late apoptotic cells (annexin V positive/7-AAD pos-itive; lightly shaded bars), and early necrotic cells (annexin V negative/ 7-AAD positive; da dark rk gr gray ay ba bars) rs).. In pa pane nels ls E an and d G, th the e blac black k ba bars rs repr repres esen entt th the e fraction of cells lost in the procedure. The PBMCs were cultured for 24 h in the presence (F,G) or absence (D,E) of cycloheximide (10 -3 M). Percentages of cells in relation to those that remain in the test tube (D,F) and in relation to the original number of cells in the sample (E,G). Data of one experiment representative of four are shown. To assess whether cell loss and damage oc-curred under standard experimental conditions of an-nexin V binding (18), aliquots of cycloheximide-treated and untreated cells were exposed to varying wash cycles and analyzed by double-color stainings for annexin VFITC binding and membrane permeability to 7-AAD. Wash cycles caused significant cell loss (Fig. 1A –C). This was cumulative (Fig. 1E,G) 1E, G) and and affec affected ted the accura accuracy cy of the enu enumer merati ation on by dec decrea reasin sing g the num number ber of enume enumerat rated ed cells cells in both both unsti unstimul mulate ated d and cycloheximide-treated cultures (P 0.001; Fig. 1E,G). The number of wash cycles also affected the precision of cell enumeration. The CV of the samples enume enumerate rated d after four wash cycles was twice as high as that of samples washe washed d only once (Fig. 1B,C). In addit addition, ion, it should be noted that wash cycles not only caused cell loss but also affected the viability of the cells under analysis (Fig. 1). The increase in both the percentage of annexin V-positive and 7-AAD –positive permeable cells caused by the wash cycles was detected
by both the proposed (Fig. 1E,G) and the traditional annexin V staining method (Fig. 1D,F). Minimal washing (one cycle) keeps both
3. Escribir un esquema, redactar un resumen y una lista de dudas -A partir del esquema se redacta un
resumen de cada sección. -Hacer una lista de dudas.
cn cas para a re ac n esquem t ca e
eas:
Mapa conceptual involves
apoptosis S
involves Cell fragmentation
V
Cell lessions
O vanish
Allow Apoptotic cell Identification
Allow
Late apoptotic cells Apoptotic cell quantification
biasses
Requires Estimation of
fragmented cells
Técnicas para la relación esquemática de ideas:
Árbol temático Prognosis LLC-B Sistemas de estadiaje estadiaje Binet y Rai Baja Masa tumoral Prognosis variable Criterios de Monserrat LLC-B Quiescente Prognosis variable Fenotipo de las células leucémicas
Bajo CD25 CD38
Alta Masa tumoral Mala prognosis
LLC-B No quiescente Mala prognosis
Alto CD25 CD38 Mala prognosis
Buena prognosis
Técnicas para la relación esquemática de ideas:
Diagrama de agrupamiento de ideas Estdio Ciclo celular y apoptosis
Diferenciación celular
Aplicaciones
Marcaje con CSFE
Protocolo Experimental
analisis Alicuotado
Sorting Marcaje
Cultivo
Sugerencias para la preparación en equipo
Reparto de la lectura de secciones, intercambio de resúmenes. Puesta en común de las dudas Unos resolveréis las dudas de otros. Primera tutoría: Se plantean y resuelven las dudas pertinaces. Preparación de la presentación . Segund Seg unda a tut tutorí oría a: Revis isió ión n y Ensay Ensayo o de pr prese esent ntac ació ión n (si queréis) se resolverán las dudas pertinaces.
Habéis aprendido • 1. Cómo abordar la lectura de un artículo. • 2. Qué buscar en cada lugar del articulo. • 3. Cómo descifrar una ilustración. • 4.
Distintas
maneras
información en esquemas.
de
representar
Bibliografía y webgrafía • McNeal, A (2000). How to read a scientific research paper . • Home page Problem based Learning • www2.uah.es/problembasedlearning/ •• Dirección www.alfredoprieto . tk donde te cuentan cómo hacer gráficos científicos de calidad:
http://cpc.cadmus.com/da/
Ejercicio • Buscar en Internet: • “ Cómo idear y realizar ilustraciones para publicaciones.” • Encontrareis una presentación Sobre el tema • Examinarlo y entregad las tres ideas mas interesantes que encontréis
Ejercicio lectura • Introducción de un artículo. • Marquen palabras y busquen significado. • Anoten ideas principales. • Hagan un esquema de la introducción. Oración
párrafo
sección
Termino
Oración
párrafo
