Bioinformatika.docx

Bioinformatika Tutorial 3: Blast

1. Berikut adalah tiga versi (mRNA, cDNA dan protein) suatu sekuen yang tidak diketahui sumber dan fungsinya:

mRNA acauuugcuu ugacuccuga uuggugguga aguccuuugg auggcaagaa gcaccuuugc ucaggcuccu ccccaccagu acaaguauca cuaaguccaa uaauaaaaaa

cugacacaac ggagaagucu ggcccugggc ggaucugucc agugcucggu cacacugagu gggcaacgug gcaggcugcc cuaagcucgc cuacuaaacu cauuuauuuu

uguguucacu gcgguuacug aggcugcugg acuccugaug gccuuuagug gagcugcacu cuggucugug uaucagaaag uuucuugcug gggggauauu cauugc

agcaaccuca cccugugggg uggucuaccc caguuauggg auggccuggc gugacaagcu ugcuggccca ugguggcugg uccaauuucu augaagggcc

aacagacacc caaggugaac uuggacccag caacccuaag ucaccuggac gcacguggau ucacuuuggc uguggcuaau auuaaagguu uugagcaucu

auggugcacc guggaugaag agguucuuug gugaaggcuc aaccucaagg ccugagaacu aaagaauuca gcccuggccc ccuuuguucc ggauucugcc

ctgacacaac ggagaagtct ggccctgggc ggatctgtcc agtgctcggt cacactgagt gggcaacgtg gcaggctgcc ctaagctcgc ctactaaact catttatttt

tgtgttcact gcggttactg aggctgctgg actcctgatg gcctttagtg gagctgcact ctggtctgtg tatcagaaag tttcttgctg gggggatatt cattgc

agcaacctca ccctgtgggg tggtctaccc cagttatggg atggcctggc gtgacaagct tgctggccca tggtggctgg tccaatttct atgaagggcc

aacagacacc caaggtgaac ttggacccag caaccctaag tcacctggac gcacgtggat tcactttggc tgtggctaat attaaaggtt ttgagcatct

atggtgcacc gtggatgaag aggttctttg gtgaaggctc aacctcaagg cctgagaact aaagaattca gccctggccc cctttgttcc ggattctgcc

cDNA acatttgctt tgactcctga ttggtggtga agtcctttgg atggcaagaa gcacctttgc tcaggctcct ccccaccagt acaagtatca ctaagtccaa taataaaaaa

Asam Amino MVHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFES FGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENF RLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH

2

Lakukan pencarian Blast dengan masing-masing sekuen, di http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/. Pilih program dan database yang sesuai. Gunakan blastn untuk nukleotida dan blastp pada swissprot untuk asam amino.

JAWAB :

Human messenger RNA for beta-globin Sequence ID: V00497.1Length: 626 Number of Matches: 1 Score 1157 bits(626) Query

1

Sbjct

1

Query

61

Sbjct

61

Query

121

Sbjct

121

Query

181

Sbjct

181

Query

241

Sbjct

241

Query

301

Sbjct

301

Query

361

Sbjct

361

Query

421

Sbjct

421

Query

481

Sbjct

481

Query

541

Sbjct

541

Query

601

Sbjct

601

Expect 0.0

Identities 626/626(100%)

Gaps 0/626(0%)

Strand Plus/Plus

ACATTTGCTTCTGACACAACTGTGTTCACTAGCAACCTCAAACAGACACCATGGTGCACC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ACATTTGCTTCTGACACAACTGTGTTCACTAGCAACCTCAAACAGACACCATGGTGCACC

60

TGACTCCTGAGGAGAAGTCTGCGGTTACTGCCCTGTGGGGCAAGGTGAACGTGGATGAAG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TGACTCCTGAGGAGAAGTCTGCGGTTACTGCCCTGTGGGGCAAGGTGAACGTGGATGAAG

120

TTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAGGCTGCTGGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTTG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAGGCTGCTGGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTTG

180

AGTCCTTTGGGGATCTGTCCACTCCTGATGCAGTTATGGGCAACCCTAAGGTGAAGGCTC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AGTCCTTTGGGGATCTGTCCACTCCTGATGCAGTTATGGGCAACCCTAAGGTGAAGGCTC

240

ATGGCAAGAAAGTGCTCGGTGCCTTTAGTGATGGCCTGGCTCACCTGGACAACCTCAAGG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ATGGCAAGAAAGTGCTCGGTGCCTTTAGTGATGGCCTGGCTCACCTGGACAACCTCAAGG

300

GCACCTTTGCCACACTGAGTGAGCTGCACTGTGACAAGCTGCACGTGGATCCTGAGAACT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GCACCTTTGCCACACTGAGTGAGCTGCACTGTGACAAGCTGCACGTGGATCCTGAGAACT

360

TCAGGCTCCTGGGCAACGTGCTGGTCTGTGTGCTGGCCCATCACTTTGGCAAAGAATTCA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TCAGGCTCCTGGGCAACGTGCTGGTCTGTGTGCTGGCCCATCACTTTGGCAAAGAATTCA

420

CCCCACCAGTGCAGGCTGCCTATCAGAAAGTGGTGGCTGGTGTGGCTAATGCCCTGGCCC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CCCCACCAGTGCAGGCTGCCTATCAGAAAGTGGTGGCTGGTGTGGCTAATGCCCTGGCCC

480

ACAAGTATCACTAAGCTCGCTTTCTTGCTGTCCAATTTCTATTAAAGGTTCCTTTGTTCC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ACAAGTATCACTAAGCTCGCTTTCTTGCTGTCCAATTTCTATTAAAGGTTCCTTTGTTCC

540

CTAAGTCCAACTACTAAACTGGGGGATATTATGAAGGGCCTTGAGCATCTGGATTCTGCC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CTAAGTCCAACTACTAAACTGGGGGATATTATGAAGGGCCTTGAGCATCTGGATTCTGCC

600

TAATAAAAAACATTTATTTTCATTGC |||||||||||||||||||||||||| TAATAAAAAACATTTATTTTCATTGC

626 626

60

120

180

240

300

360

420

480

540

600

hemoglobin subunit beta [Homo sapiens] Sequence ID: NP_000509.1Length: 147Number of Matches: 1 Score Expect Method Identities Positives Gaps 301 bits(770) 1e-103 Compositional matrix adjust. 147/147(100%) 147/147(100%) 0/147(0%) Query

1

Sbjct

1

Query

61

Sbjct

61

Query

121

Sbjct

121

MVHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPK MVHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPK MVHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPK

60

VKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFG VKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFG VKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFG

120

KEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH KEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH KEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH

60

120

147 147

2. Perhatikan hasil pencarian Anda. Apa makna Score, E-value and Identities. (Untuk yang terakhir ini lihat pada bagian yang dimulai dengan tanda ">" ) JAWAB: 

Score adalah jumlah keselarasan semua segmen dari urutan database yang cocok dengan urutan nukleotida. Nilai skor menunjukkan keakuratan nilai penjajaran sekuens berupa nukleotida yang tidak diketahui dengan sekuens nukleotida yang terdapat di dalam genbank. Semakin tinggi nilai skor yang diperoleh maka semakin



tinggi tingkat homologi kedua sekuens. Nilai E-value merupakan nilai dugaan yang memberikan ukuran statistic yang signifikan terhadap kedua sekuen. Nilai E-value yang semakin tinggi menunjukkan tingkat homologi antaR sekuens semakin rendah, sedangkan nilai E-value yang semakin rendah menunjukkan tingkat homologi antar sekuens semakin tinggi. Nilai E-value bernilai 0 (nol) menunjukkan bahwa kedua sekuens tersebut identik (Claverie



2003). Identities adalah nilai tertinggi dari persentasi identitas atau kecocokan antara sekuen query dengan sekuen database yang tersejajarkan

3

Berasal dari organisme apakah sekuen tersebut? JAWAB :

Berasal dari organisme Homo sapiens 4. Apa fungsi protein yang disandi oleh gen tersebut? JAWAB : Merupakan protein rantai beta globin yang merupakan penyusun dari rantai hemoglobin a. Apa sekuen lainnya yang mirip dengan sekuen ini, berasal dari organisme apa dan apa fungsinya? JAWAB : Sekuen hemoglobin subunit beta isoform X2 [Pongo abelii], hemoglobin subunit beta [Colobus angolensis palliatus], hemoglobin subunit beta [Rhinopithecus roxellana], hemoglobin subunit beta [Macaca fascicularis] 5. Apakah semua versi sekuen itu memberikan hasil yang sama? JAWAB : Iya, setelah dilakukan pencarian dengan pencarian BLAST, hampir semua sekuen menunjukkan hasil sekuen untuk beta globin.