Alineamiento de Secuencias - Parte B

 

Acodfakofdtms Acodfakofdt ms kþctopcfs `f sfeufdeoas Vd acodfakofdtm kþctopcf `f sfeufdeoas fs aqufc quf sf ccfva a eahm emd kas `f `ms sfeufdeoas. Fstas sfeufdeoas emkm fd fc easm `f cms acodfakofdtms pmr parfna puf`fd sfr A@D, AXD, m prmtfëda. Fd tm tm`ms `ms cms easms easms cms acbmro acbmrotkm tkmss `f acodfa acodfakof kofdt dtm m kþctop kþctopcf cf asukf asukfd d quf cas sfeufdeoas quf fstakms acodfad`m `fseofd`fd `f ud adtfpasa`m emkþd y cm quf sf odtfdta fs acodfar cas pmsoeomdfs jmkmcmbas.

 

Bfdfraco`a`fs Cas sfeufdeoas homcõboeas a kfdu`m sf abrupad fd lakocoas> -Bfdfs rfcaeomda`ms `f ud mrbadoskm (parácmbms) -Bfdfs rfcaeomda`ms fd `ostodtas `ostodtas fspfeofs (mrtõcmbms) (mrtõcmbms) -Ufeufdeoas `fdtrm `f uda pmhcaeoõd (varoadtfs pmcokõrloeas) @ms sfeufdeoas puf`fd tfdfr ud acodfakofdtm dm kuy hufdm fdtrf fccas, pfrm puf`fd acodfarsf vëa uda tfrefra -O`fdtoloeaeoõd -O`fdtoloeaeoõ d `f lakocoas y rfbomdfs emdsfrva`as

Apcoeaeomdfs `f cms acodfakofdtms kþctopcfs `f sfeufdeoas -Mhtfdfr -Mhtf dfr odlm odlmrk rkaeo aeoõd õd aefre aefrea a `f ca ludeoõ ludeoõd, d, fs fstru truetu etura ra y fv fvmcu mcueoõ eoõd d `f uda sfeufdeoa. -@ftfrkodar so ca sfeufdeoa `f odtfrïs lmrka partf `f uda lakocoa `f prmtfëdas. -Bfdfraeoõd `f árhmcfs locmbfdïtoems. locmbfdïtoems.

 

Acbmro Acb mrotkm tkmss utocoz utocoza`m a`mss para para fc aco acodfa dfakof kofdt dtm m kþctop kþctopcf cf `f sf sfeuf eufdeo deoas> as>

1.- Kïtm`ms fxaetms 8.- Acodfakofdtm prmbrfsovm 5.- Aprmxokaeomdfs otfratovas 0.- Kïtm`ms hasa`ms fd ca emdsostfdeoa emdsostfdeoa 6.- Kïtm`ms hasa`ms fd ca fstruetura fstruetura

Aetuackfdtf sf utocozad kïtm`ms `f acodfaeoõd otfratova. Fc sfrvo`mr wfh `fc FHO tofdfd `ospmdohcfs uda sfrof `f kïtm`ms emkm smd> Ecustac Mkfba Ecustac Mkfba Gacobd KALLP KVUECF

 

Yráetoea> Fd fsta partf utocozarfkms fc prmbraka KVUECF para rfacozar ud acodfakofdtm kþctopcf `f cas sfeufdeoas prmtfëdoeas quf a emdtoduaeoõd sf kufstrad> Fd fstf easm, acodfarfkms 6 sfeufdeoas prmtfëdoeas `f kofkhrms `f ca lakocoa FXL `f Araho`mpsos tjacoada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

BCPOBYQPA\FFYFPUUA\@EGCXKFY@C@CDAUY 4MAY116?1.1 FXL15 KUUU@U\DDB\DUXK_LXDYULUD\OCD@DRU@CYCU\@@UQ@KAO_DPCX@A\UUBRPYU\YY\PUYAF F@GYYAPGAUBUJAYXQGBKQ_XB\XXXYRBGLAAFOX@YGGDBAX\RCBP_FPYF@AA\A_@XAALQCX BUGAGCDLYJCOBUEG_FY\XOXYXXXUYFYU\U@QCPUFQGXFUJ\@@BFUUC\\YFC@LP\@QL_L@B UCCK@QUFEU_U@DXO 4MAY9?501.1 FXL16 KF_UQUUK_UUYUURUUUQFUCCRDFUELC@QUUFYQALLEYD_@_U@@LLULFUYFKKOGFFOQDB@\U DUFFFFG\BO@FFXU_XB\XGXYRBGLAAFOX@UPXDBOX\RCBPL@GAFFAACA_@QAALAPGBUCAPC

DLY\F\\XFUCGGKFD\DCJ@BBUY\KACGXGJUCXDXYXBGGXUUUUUUUUUUDUUUEUUUUUPUUPUX UUUGQU\\GQFUBPC\\LF@CBAF_CFQCCKUUE

 

Aeef`a ac sotom wfh `fc FHO y sfcfeeomdakms ca jfrrakofdta KVUECF

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Yara jaefr fc acodfak acodfakofdtm ofdtm kþctopcf odtrm`ueorf odtrm`ueorfkms kms cas sfeufdeoas sfeufdeoas prmhcfka fd fc eakpm `f fdtra`a –UPFY 1 - Fdtfr ymur odput sfqufdefs‛‛. Ymstfromrkfdtf, utocozad`m cms parakftrms pmr `flfetm, fnfeutakms fc acodfakofdtm jaeofd`m ecoe fd –Uuhkot sfqufdefs Uuhkot‛‛. Dmta> Pfdbad euo`a`m ac kmkfdtm `f pfbar cas sfeufdeoas, fstas `fhfd `f fstás `fhfd `f pfbarsf fc dmkhrf y ca sfeufdeoa fd párralms od`fpfd`ofdtfs. Emkm aparfef fd ca lmtm. Ymr quf `f cm emdtrarom, dm cfs pfrkotorá rfacozar fc acodfakofdtm.

 

Locf ‛. Fstf arejovm sfrá fc quf utocoefk Buar`f fd ud arejovm fc acodfakofdtm bfdfra`m fd fc eua`rm `f rfsucta`ms. Yara fccm pucsarfkms –@mwdcma` Acobdkfdt Locf‛ utocoefkms ms fd  HomF`ot , uda jfrrakofdta kuy odtfrfsadtf para vosuacozar y f`otar dufstrms acodfakofdtms kþctopcfs. Homf`ot  fs ud prmbraka bratuotm para f`oeoõd `f acodfakofdtms y adácosos `f sfeufdeoas. Fstf prmbraka eufdta emd varoas jfrrakofdtas quf vad `fs`f ca erfaeoõd `f acodfakofdtms jasta ca admtaeoõd `f pcásko`ms. Fd fstf easm, utocozarfkms fsta jfrrakofdta para f`otar fc acodfakofdtm kþctopcf rfeoïd erfa`m.

Buar Buar`f `f fc arej arejov ovm m para quf cm uhoquf fc arejovm

 

Vda vfz `fsearba`m fc prmbraka HomF`ot, vaya ac `meukfdtm quf buar`m `fc acodfakofdtm y áhracm emd fc prmbraka HomF`ot. Dmta. Ymsohcfkfdtf dm cfs `f mpeoõd `f ahrorcm emd HomF`ot. Yara fstm, `fhfd `arcf ecoeg `frfejm ac arejovm quf buar`armd f orsf a prmpof`a`fs. Ajë cfs aparfefrá ca mpeoõd `f  eakhoar   y `fhfd `f fcobor HomF`ot emkm mpeoõd para ahror fsf topm `f arejovms. Vda vfz quf cmbrfd ahror fc arejovm cfs `fhf `f aparfef aparfefrr uda vfdtada `f fstf topm

Yara vosuacozar cas rfbomdfs emdsfrva`as (akodmáeo`ms emdsfrva`ms), `fhfd `f `fscozar fc eursms jaeoa ca `frfeja, pmr tm`a ca sfeufdeoa, jasta fdemdtrar fdemdtrar cas rfbomdfs emdsfrva`as.

 

Fsta fs ca vfdtada prodeopac `f   HomF`ot . Fc acodfakofdtm `f dufstras sfeufdeoas sf kufstra fd ca partf efdtrac `frfeja `f ca padtacca y cas sfeufdeoas emrrfspmd`ofdtfs a ca ozquofr`a. Ymr `flfetm ea`a akodmáeo`m fs rfsacta`m fd ud emcmr `olfrfdtf, fstf fsqufka `f emcmrfs puf`f sfr eakhoa`m fd euacquofr kmkfdtm kf`oadtf ca utocozaeoõd `f cas `olfrfdtfs mpeomdfs `f ca harra `f jfrrakofdtas.

 

Emd fc lod `f vosuacozar kfnmr dufstrm acodfakofdtm, eakhoarfkms fc fsqufka `f emcmrfs prfsomdad`m cms hmtmdfs –Uja`f O`fdtotofs ad` Uokocarotofs od acobdkfdt wod`mw‛ wod`mw‛ y –Kmdmejrmkf –Kmdmejrmkf‛. ‛. Fc rfsucta`m mhtfdo`m `fhf sfr sokocar ac `f ca okabfd sobuofdtf.

Fd fsta rfboõd `f cas sfeufdeoas acodfa`as sf kufstrad cms akodmáeo`ms emdsfrva`ms fdtrf cas sfeufdeoas, fstm sf mhsfrva pmr smhras `f `olfrfdtf emcmraeoõd

Ecustac ac Emdsfd Emdsfdsus sus‛, ‛,   pm`fkms Fd ca uctoka uctoka codfa codfa `fc acod acodfako fakofdtm fdtm,, `fdmkod `fdmkoda`a a`a –Ecust mhsfrvar 5 topms `f earaetfrfs m ca ausfdeoa `f fccms, quf sobdoloead> • Astfrosem (*), od`oea quf fd `oeja pmsoeomd cms rfso`ums smd 199% o`fdtoems. •   @ms pudtms (>), od`o od`oea ea pms pmsoeom oeomdfs dfs fd cas quf sf jad rfacoz rfacoza`m a`m sustotue sustotueomd omdfs fs emdsfrvatovas. • Yudtm (.), od`oea sustotueomdfs kfdms emdsfrvatovas.

• Ausfdeoa `f earaetfrfs, od`oea quf dm fxostf ud emdsfdsm fd `oeja pmsoeomd

 

Euad`m jaefkms ud acodfakofdtm kþctopcf kþctopcf cm quf qufrfkms fvacuar fs fc dovfc y cubar `f emdsfrvaeoõd `f dufstras sfeufdeoas. Ymr tadtm, adacozar ca sfeufdeoa emdsfdsm fs uda kadfra aprmpoa`a `f emdmefr cas earaetfrëstoeas `f dufstrm acodfakofdtm acodfakofdtm.. Bfdfrackfdtf Bfdfrackfd tf (dm sofkprf), cas rfbomdfs D y E tfrkodac smd pmem e emdsfrva`as, mdsfrva`as, pmr fsta razõd fdemdtrakms fd cms `ms acodfakofdtms acodfakofdtms kas baps (jufems) y ausfdeoa `f sokocotu`fs fd `oejas rfbomdfs. Ymr ajmra, dm tfdfkms kïtm`ms fsta`ëstoems para fvacuar ca vaco`fz `f ud acodfakofdtm kþctopcf, emkm meurrf pmr fnfkpcm emd fc  F-vacuf fd HCAUP. vacmr  F-vacuf HCAUP. Uo trahanakms emd sfeufdeoas `f A@D fs láeoc jaefrsf uda o`fa `f cm hufdm quf fs fc acodfakofdtm acodfakofdtm pufstm quf þdoeakfdtf sf vacmra pmsotovakfdtf ca o`fdto`a` `f cms rfso`ums fd ea`a e a`a pmsoeoõd. Emd cas sfeufdeoas `f prmtfëdas fc asudtm fs kas emkpcfnm pmrquf sf vacmrad pmsotovakfdt pmsotovakfdtf f takhoïd cms parfeo`ms fdtrf akodmáeo`ms quf dm smd o`ïdtoems, pfrm quf smd quëkoeakfdtf sokocarfs y fstm emd`uef a quf cms acodfakofdtms `f cas sfeufdeoas ac azar  puf`ad emdlud`orsf emd acodfakofdtm acodfakofdtms s rfackfdtf s sobdoloeatovms. obdoloeatovms.

 

Parfa>

Bfdfrar ar ud ar arejo ejovm vm `f tf tfxtm xtm emd cas sfeufdeoa sfeufdeoass fd lmrka lmrkatm tm LAUPA AUPA `f cas •   Bfdfr

prmtfëdas YOD1, YOD8, YOD5, YOD0, y YOD6 `f Araho`mpsoms tjacoada •   Xfacozar ud acodfakofdtm kþctopcf `f cas prmtfëdas prmtfëdas prmhcfka fd KVUECF y f`otar fc acodfakofdtm fd HomF`ot, kmstrad` kmstrad`m m fd smkhrfa`m cms akodmáeo`ms emdsfrva`ms.